孔有德叛军攻克登州的消息传来，东江震动，一些对现实不满的东江旧将如旅顺守将陈有时，广鹿副将毛承禄等先后起兵响应。
众人建议孔有德称王，联合各军作战。此举名义上是尊崇，实际上是要彻底断绝其后路，让其反态大露，罪不可赦，从而固其反志。
孔有德对此心知肚明，他不想把自己放在火盆上烤，按照朱元璋高筑墙、广积粮、缓称王的成功经验，他拒绝了众人的美意，只称都元帅，李九成为副元帅，耿仲明、陈有时、毛承禄等为总兵官。
孔有德不愿在名义上与明朝闹得“不可调和”，是一个明智之举，这为他后来实施“诈降”保留了余地。
叛军攻克登州后，以此为基地，招降纳叛，四出攻掠，扩大战果，一时山东大乱。
明廷急令谢琏为副都御使接替孙元化巡抚登莱，擢参政徐从治接替余大成任山东巡抚，驻守莱州城，同时调兵遣将，对叛军进行围堵。
崇祯五年（1632年）二月，叛军乘胜进攻军事重镇莱州，徐从治、谢琏和莱州知府朱万年带领莱州军民顽强抵抗。徐从治亲上城楼指挥战斗，不幸被叛军炮火击中，伤重不治。他的死更激发了莱州军民守城的决心。
莱州城坚炮利，尽管叛军将其包围了四个月，依然无法得手，而城内虽己弹尽粮绝，军民仍坚持抵抗，拒不投降，双方僵持不下。
就在这时，明总兵刘同柱从北京南下，邓圮、王洪率川兵万人北上，刚刚在大凌河吃了败仗的辽军也开向山东，对叛军形成夹击之势。
情急之下，孔有德再次进行诈降，希望智取莱州。
尽管谢琏等人鉴于孙元化的前车之鉴，坚决反对招抚，但是大学士周延儒与兵部主事张国臣等人却认为不妨再给孔有德一次机会。
几经交涉，最终双方决定在莱州城外举行受降仪式。
然而就在谢琏、朱万年以及两名太监出城对孔有德宣读招抚诏书的时候，孔有德突然发难，将四人抓捕，并急令攻城。朱万年情急之下，大喊关闭城门，被叛军杀死。
好在城内守军有所准备，及时关闭城门，孔有德的阴谋没有得逞。
没有什么比公平和正义遭到践踏，法律和制度遭到破坏造成的损失更大，因为这样会失去人心，使社会变成一盘散沙。这是一切不安定因素的源头。
官军上兵伐谋，想不战而屈人之兵，但是官军的招抚往往以牺牲公理和正义，践踏法律制度，姑息养奸为代价，这实际上是饮鸩止渴，自欺欺人，问题没有彻底解决，暂时掩盖起来，将来会带来更大的麻烦。
官军没有认识到这一点，孔有德却深知一日为娼，终生是妓的道理，他是无论如何也不会受抚的，诈降不成，他就撤回登州，继续与明军周旋。
孩子屡教不改，不打是不行了，崇祯任命朱大典为督师指挥官军全线出击。
刚刚在大凌河惨败的辽军正需要一场战功来将功赎罪，找回自信，因此表现异常神勇。大凌河之战的长腿将军、祖大寿的妹夫兼大舅哥吴襄一马当先，连克招远、黄县，解了莱州之围。
九月，官军将孔有德叛军围于登州城中。十月，官军开始攻城，战事进行得很激烈，叛军二号人物，副元帅李九成被官军火炮击毙，官军中也有多名战将伤亡。
崇祯六年（1633年）二月，官军加大的攻城的力度，叛军损失巨大，孔有德和耿仲明看到登州难保，就乘夜色渡海，打算经旅顺附近海域投奔后金，皮岛总兵黄龙预料到叛军在走投无路的情况下会渡海投降后金，因此在海面上布下重兵，严阵以待。叛军在海面上与官军狭路相逢，双方在海上大战二日，叛军损失惨重，毛文龙义子毛承禄被擒，孔、耿二人率残部沿海岸向东逃窜，伺机登陆。
官军水师一路尾随，穷追猛打，叛军狼狈不堪。最后，在后金的接应下，叛军终于从鸭绿江入海口登岸，投降了后金。
对于孔、耿二人的归降，皇太极是极其欢迎的，给予他们相当的礼遇，还保证了他们在政治、经济和军事上的独立性，使他们能够在后金的土地上当土皇帝。
皇太极对明朝降人的欢迎是有原因的。
明朝官兵虽然不俱备后金兵那种原生态的勇猛，但是明朝在经济、政治和文化上比后金发达得多，后金对明朝的文明十分仰慕，然而明朝却不愿搭理后金，皇太极只能从明朝降人那里感受明朝的先进性。
对于皇太极来说，明朝降人代表先进生产力和先进文化，如果再能从根本上代表后金的利益，那就非常完美了。
因此他下大力气为明朝降人营造一个自治区，吸引他们到这里来安居乐业，孔、耿二人是第一批享受这种优惠政策的明朝降人，他们的到来起到了示范和宣传作用，此后那些在明朝错综复杂矛盾中混不下去的人都愿意效法，尚可喜就是其中之一。
尚可喜原本也是毛文龙旧部，但是他跟孔有德、耿仲明可能不是一派，当年孔、耿二人被黄龙挤兑去登州的时候，尚可喜却成了黄龙的亲信干将。
黄龙打击孔、耿二人不遗余力，他驱逐旅顺的叛军陈有时，切断了孔有德、耿仲明叛军的退路，并在海上进行截击，让叛军吃尽了苦头，在此过程中，尚可喜出了大力，工作做得十分可喜。孔有德对黄龙恨之入骨，耿仲明更是与黄龙有杀弟之仇，两人都想报仇雪恨。
孔有德、耿仲明投降后金以后，多次怂恿皇太极出兵攻打驻在旅顺的黄龙，企图借刀杀人。皇太极知道八旗兵不善于守城，即使攻下也很难固守，对此建议并不感兴趣。但是在孔有德等汉族将领的一再劝说下，也改变了主意，崇祯六年（1633年）六月，皇太极派贝勒岳托、德格类率军万余，以孔有德、耿仲明为向导，攻打旅顺。
旅顺明军拼死抵抗，但最终失败，总兵黄龙自杀，尚可喜幸免于难，其弟尚可义战死，尚可喜众多亲属被俘。
黄龙死后，尚可喜失去靠山，新任总兵沈世魁与尚可喜关系不睦，双方互相猜疑，龃龉不断，矛盾逐渐不可调和。崇祯七年（1634年）二月，尚可喜率岛民数千户投降后金，受到了皇太极的热烈欢迎。
由于孔有德、耿仲明、尚可喜都是在走投无路的时候投降后金，并且受到了有意邀买人心的皇太极的高度礼遇，因此三人都对皇太极感激涕零，心甘情愿地为其卖命，成为皇太极的忠实鹰犬。
