孔有德在岛上无所归依，姥姥不疼舅舅不爱，于是找到了孙元化这个后妈，希望能在这个富有的后妈家里享享福，然而他把孙元化当目的，孙元化却把他当工具，这个后妈并不想培养他上大学，让他享清福，而是把他当作劳动力使唤。
孔有德刚向孙元化宣誓效忠，孙元化就给了他一个效“犬马之劳”的机会，给他派了一个大活。
这个把孔有德逼反的大活不是别的，正是我们前面介绍过的大凌河之战。
崇祯四年（1631）八月，皇太极率军围困大凌河。
城门失火，殃及池鱼，明兵部督促登莱巡抚孙元化火速派兵前去增援。
孙元化环顾左右，孔有德来自前线，曾经打过，初来乍到，只有先干活，才能吃饭，因此，他派孔有德带领三千水军泛海直趋敌人后方的耀州，来个围魏救赵。
孔有德本想离战争远点，没想到却自投罗网。如果在皮岛，朝廷对他鞭长莫及，他还可以打打太极，来到登莱反到没有一点虚与逶迤的空间。
孔有德的肠子都悔青了。
活干不了，又不能不干，那只有偷奸耍滑了。于是孔有德和他的三千水军在海上遭遇狂风，被吹了回来。
对于孙元化来说，背黑锅他可以来，送死只能是孔有德去，于是他又派孔有德率军从陆路赶赴关外。
上有政策，下有对策。孔有德的对策就是尽量拖延时间。
孔有德的部队一路上像乌龟一样磨蹭不前，走到山东邹平就开始原地踏步，屯兵不前达一个多月，后来在朝廷的催促下不得己又继续爬行。
孔有德的意图非常明显，那就是尽量拖延时间，争取在战争结束之后抵达辽东，这样他们就不用打仗了。
然而皇太极在大凌河打得是持久战、阵地战，一直持续了好几个月，孔有德没有拖到战争结束，倒是把自己先拖垮了。
当部队走到河北吴桥时，粮食己经吃完了，天气转寒，天降大雪，将士肌寒交迫，怨声载道。此时的孔有德己经走到了十字路口，要么去辽东吃饭，要么就地抢劫，孔有德必须在两者之间作出选择。
我们可以替孔有德考量一下。
如果去辽东，即使没有战死，也会因战败受到处分，而山东兵与辽东兵关系向来不睦，相信那帮辽东兵是不会给他们受处分的机会的。
如果造反，搞得好可以割踞一方，搞得不好可以遁入海岛，再不济可以投降后金，总之，不仅可以保全生命，而且可以保持荣华富贵。
还用选择吗？对于孔有德这帮亦正亦邪，半兵半匪的投机分子来讲，他们没有礼仪廉耻的思想负担，只的趋利避害的本能反应。
在本能的趋使下，在部将李九成等人的怂恿下，孔有德长叹一声：“大将军（毛文龙）功名卓卓，犹且不免，我辈死固晚矣。时事如此，尚可为耶！”然后高举造反大旗，纵兵虏掠。
通过上述过程我们可以看到，孔有德造反有逼上梁山的一面，但是军人不能因为仗难打就逃避兵役，况且杀害毛文龙是袁崇焕的个人行为，朝廷一向对毛文龙不薄，他把毛文龙之死归咎为朝廷，并以此为造反的理由，略显牵强。
尤其值得注意的是，孔有德投降后金之后，积极勾引后金打击明军，清兵入关后又充当镇压明人挽救民族危亡的抗清斗争的急先锋，双手沾满了同胞的鲜血，这些都超出了逼上梁山的范围。综上可以看出，孔有德的本质与他的名字相反，恐怕没有什么德行可言。
事实上，孔有德不愿意去辽东打仗，还不仅仅是因为怕死，而是早就有意投靠后金，所以不能跟后金闹翻。
种种迹象表明，孔有德和亲后金的刘兴治是一路人。
孔有德的死党耿仲明是刘兴治手下的亲信，二人都是在刘兴治被杀之后离开皮岛投奔登莱巡抚孙元化。原因之一就是因为刘兴治死后，其旧部人马受到新任总兵黄龙等人的排挤。
留在皮岛的耿仲明胞弟耿仲裕图谋叛乱，暗通后金，被黄龙逮捕入狱。耿仲明为救出耿仲裕，指使耿仲裕的部下以讨饷为名围攻黄龙衙署，并将黄龙捆绑，后黄龙被部下亲信救出，黄龙一怒之下将耿仲裕处死，并上疏朝廷请治耿仲明唆使之罪，在孙元化的庇护下，耿仲明没有受到处分，但他从此与黄龙结下梁子，谋叛的念头更加强烈了。
孔有德发动吴桥兵变后，倒戈杀回山东半岛，连陷临邑、陵县、商河、青城诸城，率兵直趋登州。消息传来，耿仲明欢欣鼓舞，积极准备暗中接应。
登莱巡抚孙元化是明代杰出的科学家，曾与徐光启、利玛窦合译古希腊数学著作《几何原本》，协助徐光启完成《勾股义》的编写。独立撰写《泰西算要》、《几何用法》、《几何体论》、《西学杂著》等科学著作。他所著的《西法神机》是中国第一部介绍西洋铸炮、制火药、筑炮台等方面的军事科技著作；另一部著作《经武全书》则提出了许多精辟的用兵之道。
然而理论与实践是两码事，理论上高不可攀的孙元化在实践上却愚不可及。
孙元化的缺点就是对人性的复杂性和人际关系的复杂性认识不足。
当孔有德、耿仲明、李九成这些居心叵测的野心家前来投奔之时，孙元化未加思索，便将其引为肱股，孔有德被任命为步兵左营参将，耿仲明则被派往登州要塞，这无异于引狼入室。
他的愚蠢之处不仅在于把狼当作看家狗，更在于当狼露出狰狞面目的时候，仍想把它变成一条狗。
孔有德叛乱以后，这位东郭先生一厢情愿地以为可以用招抚的方式和平解决问题，没有配合采取有力的军事行动，甚至对自己身边的孔有德死党也不加防范。
当孔有德的军队杀向登州的时候，孙元化再次用人失察，派出东江旧将张焘率辽兵出城迎战，与张可大部共同夹击孔有德。没想到张焘与孔有德旧情复发，张焘的兵卒随即被孔有德和谐，而失去友军的张可大部被打得大败而逃。
登州被叛军包围以后，孙元化仍幻想招抚孔有德，就在他把孔有德当目的，倾情招抚的时候，孔有德却把他当工具，进行诈降。崇祯五年（1632）一月，他让部下300余人诈降混入登州城，与在城里的耿仲明等密谋策划，深更半夜突然打开城门，里外夹攻占领了登州城，活捉了孙元化。
总兵张可大退守水城顽强抵抗，终因寡不敌众，数日后水城陷落，张可大杀死妻妾后自尽。
孔有德等人感念孙元化曾经收容和庇护过他们，放孙元化一条生路。然而志在效法朱元璋，推崇治乱世以重典的崇祯皇帝却不肯放过他，崇祯五年（1632）三月，孙元化、余大成等人被逮至京师问罪，虽经徐光启等人多方营救，未果。
七月二十三日，余大成等人被遣戍充军，孙元化与张焘一同被处死。
一代名儒、杰出的科学家、西洋火炮专家、明军中先进生产力的代表、纸上谈兵的赵括，迂腐的东郭先生——孙元化，退出了历史的舞台。
