诛杀魏忠贤只是万里长征第一步。
崇祯要辞旧迎新，东林党要报仇雪恨，一场政治清算再所难免。
拔出萝卜带出泥，魏忠贤这个大个萝卜底下连须子带泥土足足有一大团。
须子是有血缘关系和姻亲关系的人。
泥土是政治上的亲信和朋友，也就是所谓的“阉党”。
崇祯首先斩断了须子：
客氏被押赴浣衣局乱棍打死。
客氏之子侯国兴及魏忠贤侄子魏良卿被处死。
客氏之兄客光先、之侄客璠等发配充军。
崔呈秀父事忠贤，是魏忠贤最得力的盟友，因此也被列入第一批重点清除的对象。
魏忠贤死后不久，丁忧在家的崔呈秀被削籍，后崇祯又下令抓捕，崔呈秀自知难逃一死，于是在家中与宠妾萧灵犀摆了一桌“送终宴”，痛饮之后上吊自杀，上演了一出霸王别姬的好戏。
自杀并不能逃避处分，不久之后，崇祯颁布了魏忠贤、客氏和崔呈秀的罪名，并将他们开棺戮尸，斩首示众。
斩断了须子之后，下一步就是清洗那些依附在魏忠贤身上的泥土。具体的做法是“广泛撒网，重点逮鱼”。
天启七年十二月二十三日，崇祯颁旨，命内阁及部院大臣定阉党逆案，对阉党成员进行一次普查，重点是对“五虎”“五彪”等魏忠贤的亲信进行处理。
魏忠贤是反对东林起家的，他身边的“泥土”大都是东林党的对手，因此崇祯清除魏忠贤周围的“泥土”的同时，也简接为东林党报了仇，双方具有共同的利益。
为了做好清除阉党的工作，崇祯起用了一批被罢斥的东林党人，于是双方联合起来，对魏忠贤集团进行清洗。
天启年间制定的《三朝要典》就像是一个紧箍咒罩在东林党的头上，东林党人上台后，第一件事就是为自己洗涮罪名，进行翻案。
然而《三朝要典》是天启钦定的史书，书中还有御制序，想要毁掉就等于否定了先皇的结论，因此也不是一件容易的事。
崇祯元年起，朝臣围绕着《三朝要典》的存废展开了激烈的争论。崇祯最初对销毁《三朝要典》持审慎态度，随着越来越多与魏忠贤有关系的人被揭发，崇祯感到有必要进行一次大换血，这样就与《三朝要典》存在广泛的矛盾。
崇祯在落实一朝天子一朝臣方面的志向越来越大，他的目标不再是“拔出萝卜带出泥”，而是要将这棵萝卜连同他周围的泥土一同铲去。
五月，崇祯下令销毁《三朝要典》，并对相关史书进行了修改，为“钦定阉党逆案”扫清障碍。
崇祯元年上半年，“阉党”人物杨维垣、李恒茂、杨所修、田景新、孙之獬、阮大铖、徐召吉、张纳、李蕃、贾继春、霍维华等先后去职。
正如自杀不能逃避罪责一样，去职也不能逃避惩罚。
经过一年多的调查，崇祯二年正月十七日，崇祯正式下令有关部门确定逆案名单。在东林党人主导下，有关报部门报了三次名单，都被崇祯打了回去，原因是名单人员太少。在打击阉党这件事情上，崇祯己经走到了阉党仇敌的前面。
直到第四份名单呈上，崇祯才感到满意，三月十九日，崇祯公布了钦定逆案名单。共七类二百五十八人。
分别是：首逆同谋六人，结交近侍十九人，结交近侍减等十一人，逆孳军犯三十五人，谄附拥戴军犯共十五人，结交近侍又次等一百二十八人，祠颂四十四人。前两类人的处罚是论斩；第三类人遣戍；后四类遭罢黜或赋闲在家。
“阉党”遭到了毁灭性的打击，东林党梅开三度，再次兴盛起来。
对于“钦定阉党逆案”这件事，大多数人持肯定态度，但我认为这件事情的负面作用也是显而易见的。
崇祯对东林党的危害认识不清，他广泛打击东林的反对者，为东林翻案的做法在当时并不能取得广泛共识，造成人心涣散。
有些理由是站不住脚的，比如溜须拍马为官场上的常事，也要惩处。再比如说建祠是经过天启皇帝首肯的，以此为罪名是不妥当的。
明末学者，抗清志士夏允彝对此曾有评论：“此何等而草草罗入，致被处者屡思翻案，持局者日费提防，纠缠不己。迄南都再建，逆案翻而宗社墟矣。此当局者之咎矣”。
正如夏允彝所说，明朝从此陷入了翻案与提防的内讧中，不能齐心协力共赴时艰，直到明朝灭亡。
南明建立以后，仍旧“纠缠不己”，“日费提防”，不能建立广泛的抗清统一战线，最终“阉党”翻案成功，但此时国家己经成为一片废墟，亡国再所难免。
当时国家正值多事之秋，内忧外患不断，此次政治清算运动，使官员们的注意力都转移到政治斗争上来，人心不稳，影响了治国整军。
总之，崇祯清算运动打击面之大，涉及人员之多，历时之长，涉及人员职务之重，史所罕见，犯了扩大化的错误，消极影响十分深远。
被处理的官员包括外廷和内廷，一大批统治经验丰富的官员被驱逐，辽东战场上的主帅王之臣、阎鸣泰等人也被废弃。
这一方面动摇了帝国统治的根基，造成了内伤，明末的乱相，不能说于此没有关系。
另一方面，崇祯一朝人才奇缺，后来在对付后金和变民的战争中无人可用，崇祯不得不起用没有经验的新人，以致经济、政治、军事上失误频频。
崇祯多疑的性格和刻薄寡恩的御下之术此时己经暴露出来，在其接下来的统治过程中，仍然不时表现出来。
