千古奇冤，
东江一毛；
同室操戈，
相煎何急。
袁崇焕在辽东统一事权，并与后金进行秘密通信之后，紧接着干了一件震惊中外的事情——诛杀毛文龙。
自从辽东有事以来，从军就成为一个高风险、高回报的行业。
如果干得不好，就会身败名裂，甚至性命不保，因此很多人都畏葸不前，唯恐避之不及，特别是一些身居高位，将要退休的领导，干得好也提拔不了多少，干不好可能身家性命都保不住，因此不愿冒这个风险。
但对于年轻的、职务低的人来讲，从军就是一个获得快速提拔的好机会。比如袁崇焕，1622年从军前只是一个七品芝麻官。到辽东先后任正六品主事、正五品佥事、正四品兵备道，仗还没打就连升三级，1626年宁远战役后任正三品的辽东巡抚，一年一个台阶，此次复出后任成为正二品的督师。这哪是坐直升飞机呀，简直是坐火箭。
坐火箭上来的还有毛文龙。毛文龙是杭州人，早年生凭不详，后通过其舅沈光祚介绍给辽东巡抚王化贞，在其手下任职。当时辽东己经落入努尔哈赤手中，努尔哈赤在辽东实行高压统治，辽东人民奋起反抗。
王化贞利用辽东人民对后金的不满，派毛文龙到辽东收集流民，策动组织反抗后金的活动，创建敌后抗金根据地，开展游击战争。
毛文龙具有较强的生存能力和组织能力，他白手起家，在敌占区和敌后方亲冒矢石，无中生有，取得了不俗的成绩，把白区工作搞得有声有色。
1621年5月，毛文龙奉命率军丁200余名到辽东发展，7月毛文龙带领新旧家丁、屯民等偷袭后金鸭绿江边的镇江堡成功，活捉后金守将佟养真。
王化贞十分欣喜，提请朝廷任命他为副总兵，命他镇守镇江。此后，汤站、险山一带的城堡相继降明，方圆数百里内望风归附。
毛文龙的活动引起了后金的注意，努尔哈赤派阿敏、皇太极带兵往攻，毛文龙抵挡不住逃入朝鲜境内，阿敏率军追入朝鲜，明军损失惨重，毛文龙仅以身免。后朝鲜害怕毛文龙引火烧身，将其驱逐到鸭绿江入海口附近的皮岛，明朝称之为东江。
皮岛位于山东、辽东和朝鲜之间，战略位置重要。毛文龙到皮岛后，召集流民，创建部队，发展生产、筹备器用、开展贸易，将皮岛建设成为敌后抗金根据地，明朝因此提拔他为平辽总兵，人称“毛帅”。
1623年毛文龙率部将张盘等攻下金州，朝廷提拔他左都督挂将军印，赐尚方宝剑，设军镇于皮岛，号“东江镇”。毛文龙以皮岛为根据地不时对后金发动小规模进攻。
毛文龙雄踞皮岛以后，受到了很大的争议，有冒功的嫌疑，但毛文龙无疑是功大于过，其在皮岛上的作用最少有两点：
一是存在即威胁。因为皮岛屿在后金的后方，后金在采取军事行动时不得不有所顾忌，从而起到牵制的作用。
二是为辽东人民提供避难所。正是因为有了这个去处，辽东人民能大量逃亡。人口对后金来讲是战利品，没有人口，也就无人从事生产，土地荒芜。
崇焕在上任以后就开始精心策划，认真组织除掉毛文龙。
他首先从经济上卡毛文龙的脖子。一是实行海禁，不许登州、莱州通往东江的私船出海。
二是控制毛文化的粮饷、军械。凡是朝廷运往东江的物质，都必须受蓟辽督师衙门的节制、转发与核查，运送路线不再由登州、莱州直接运往东江，改为由山海关起运至宁远近海的觉华岛，经督师衙门挂号，再转运至东江。
这样一来，袁崇焕控制了毛文龙粮饷装备供给渠道，而且切断了他海上贸易的命脉。
对此，毛文龙也做出了激烈的反应，他向皇帝上疏说：这是“拦喉切我一刀”。他以岛兵哗变相威胁索饷，并谋划派兵到登莱抢劫。另一方面，他亲自到这宁远去参见袁崇焕，希望能够改善与袁崇焕的关系。
袁崇焕在宁远会见了毛文龙，出于种种考虑，他并没有在自己的地盘上杀毛文龙，为了显得光明磊落，也为了防止岛内发生动荡，他决定在皮岛诛杀毛文龙，于是他以检阅东江官兵的名义，和毛文龙约定在双岛再次会面。
5月25日，袁崇焕从宁远出发，走水路于29日到达双岛。毛文龙也从皮岛赶来迎接，6月1日，双方在袁崇焕的督师船上进行了会晤，此后双方进行了几天的交谈，袁崇焕提出了许多节制东江、统一事权的想法，毛文龙均予婉拒。
袁崇焕劝毛文龙解甲归田，他说：“你在边塞辛苦这么多年了，你老家杭州西湖是个好地方，不如回家享享福吧。”然而毛文龙并不接受这个建议，他说：“我早有这个想法，但我有灭后金的办法，灭了后金，朝鲜文弱，可以袭而有之。”袁崇焕说：“朝廷没有那么长远的规划，应该有人能够代劳。”毛文龙说：“在这个地方谁能代替得了我？”双方不欢而散，于是袁崇焕决心除掉毛文龙。
6月5日，袁崇焕传令在岛上举行射箭比赛，优者给赏，随行参将谢尚政号令各营兵四周摆围，将毛文龙及其随行部将与士兵隔离开，然后将毛文龙及其部将召入帐中，当着毛部将的面，突然翻脸，将毛文龙逮捕，宣布了毛文龙的十二条罪状，然后拿出尚方宝剑，说道：“皇上赐尚方剑正是为此”，然后令旗牌官张国柄用尚方剑将毛文龙斩于帐前。
袁崇焕杀毛文龙这件事，在当时和现在，都是一件令人诧异的事情，许多人认为袁崇焕杀毛文龙的理由不充分，是自毁长城，这种看法不无道理。这也是后来崇祯皇帝杀他和人们反对他的一个重要原因。
袁崇焕给文龙列的罪名有十二条，这些罪名大多不符合事实，有些是通病，有些微不足道，都不能作为诛杀大将的理由。我们来逐条驳斥：
一、九年以来，兵马钱粮不受经略、巡抚管核；——毛文龙孤悬海外，有许多困难，经略巡抚鞭长莫及，后勤有一定独立性，有其特殊原因。
二、全无战功，却报首功；——“全无战功”不符合事实。“却报首功”，袁崇焕在宁远战役中造成觉华岛伤亡巨大还报功受赏。
三、刚愎撒泼，无人臣礼；——吹毛求眦。
四、侵盗边海钱粮；——有过登陆登莱抢掠，这主要是对袁崇焕实行海禁的抗议。
五、自开马市，私通外夷。——这事袁崇焕后来干得比谁都欢。
六、亵朝廷**，树自己爪牙。——袁崇焕督师用祖大寿、何可纲都是自己人。
七、劫赃无算，躬为盗贼；——言过其实，扣屎盆子。
八、好色诲淫；——作风问题是通病，不只是毛文龙有这个问题。
九、拘锢难民，草菅人命；——事实上皮岛收集难民，为难民提供了避难所。
十、交结近侍；——袁崇焕在宁远为魏忠贤建祠。
十一、掩败为功。——毛文龙多次袭扰后金，有牵制之功。
十二、开镇八年，不能复辽东寸土。——包括袁崇焕在内的督抚没有一人复辽东寸土。
通过分析我们可以看出，不能说毛文龙一点毛病没有，但是罪不至死。袁崇焕对毛文龙的过错无限放大，对毛文龙的功劳却绝口不提，只看一面，不看另一面，完全是“欲加之罪，何患无词”的做法。
袁崇焕杀毛文龙后，对其部下进行了安抚，改编了东江军队，分四协，分别由毛文龙子承禄、旗鼓中军徐敷奏、游击刘兴祚、副将陈继盛统辖。陈继盛代管东江一切事权。
第二天，袁崇焕为毛文龙举行祭礼，在他的灵柩前说：“昨天我杀你，是朝廷大法，今天我祭你，是我辈的私情。”
办完这些事情之后，袁崇焕扬帆起锚，启程返回宁远。
