药材在采集以后，经过初步的加工处理或复杂的炮制过程之后，就可以入库或使用。在没人使用之前的保管与养护阶段是很重要的。在贮藏过程中，主要应避免虫蛀、发霉、变色、气味散失、枯朽、风化、融化粘连等变异现象。
一般造成药物变质的因素主要是：
温度：药材在温度方面都有一定的适应范围。温度过高过低都会使药材质量发生变化。当温度在35度以上时，含脂肪的药物就会因受热而使油质分离，从而少油；含挥发油多的药物也会因受热而使芳香气味散失；动植物胶类和部分树脂类药物，受热后又易于发软、粘连成块或融化。
温度在20～35度时，由于有利于虫害、霉菌等孽生繁殖，而使某些药物生虫、发霉以至变质。
湿度：湿度是指空气中水蒸气含量多少的程度，也就是空气潮湿的程度。药物本身能否保持正常的含水量，与空气的湿度有密切关系。一般药物的正常含水量约10~20％。如空气中水蒸气多，药物大量地吸收水分而使含水量增加（受潮），就容易发生霉烂变质现象。
空气：空气含有多种成分，其中以氧气最容易与药物的某些成分发生化学变化，而影响其质量。通常所见到的丹皮、黄精等的颜色变深，就是因为它们所含的鞣质、油质及糖分等与空气中的氧气接触发生变化而形成的。
日光：日光对某些药材的色素和叶绿素有破坏作用，能使药材变色。所以红色和绿色的药材，不宜在阳光下久晒。
各类药材的保管养护工作的主要方法：
易生虫药材对易生虫的药材，在保管过程中除了要勤检查以外，还必须从杜绝害虫来源、控制其传播途径、消除繁殖条件等方面着手，才能有效地保证其不受虫害。因此，贮存这类药材，如党参、款冬花、薏苡仁、乌蛇等，首先要选择干燥通风的库房。库内地面潮湿的，应加强通风，并可在地面上铺放生石灰、炉灰、木炭等；架底垫木高到40cm以上，在垫木上最好销上木板芦席或油毡纸等以便隔潮。另外，对不同药材可以采取密封、冷藏、熏蒸、对抗等适当的养护措施，以保证药材不虫蛀。
易走油发霉药材药材少油发霉，能够影响药效，特别是发霉严重的，霉烂变质后能完全失去疗效。药材发霉，是指在药材上寄生和繁殖了霉菌，称为“霉变”。对这类药材的保管，最忌闷热。如牛膝、天冬、白术等保管不善，都可产生走油或霉变，故应置于通风干燥处，严防潮湿。
易变色及散失气味药材部分花、叶、全草及果实种子类药材，由于所含的色素、叶绿素及挥发油等，受温度、湿度、空气、阳光等的影响，易失去原有的色泽和气味，如莲须、红花、丁香等。在贮存保管中应根据药材的不同性质以及具体条件，进行妥善养护。贮存场所要干燥阴凉，严格控制库的温、湿度。贮存时间不宜过长，并要做到先进先出。最好单独堆放，以免与其它有特殊气味的药材串味。
易融化、怕热药材易融化、怕热药材主要指熔点比较低，受热后容易粘连变形，或使结晶散发的那些药材，如阿胶、儿茶、樟脑等。对这类药材必须选择能经常保持干燥阴凉的库房，并将药材包装好或装容器里。
易潮解、风化药材含有盐类物质的结晶体药材，在潮湿的地方或空气中湿度大，都会受影响而逐渐融化。当开始融化时，一般称为“返潮”或潮解，如芒硝、大青盐等。对这类药材应选择阴凉、避风和避光的库房，或在室内适宜的地方保管；包装物以能防潮不通风为宜。
需要特殊保管的药材对毒剧麻药、易燃性药材及贵重药类应根据各自的特殊性质进行分别保管。
毒剧麻药：如砒石、水银、斑蝥、轻粉等，应专人、专库（专柜）、专帐保管，并且注意湿度、温度等影响。贮存供应办法，应按毒麻药管理条例进行。
易燃性药材：如火硝、松香、硫黄等遇火或高温易燃烧，如数量较多的应放在危险品仓库贮存，数量少的也应单独存放，并应远离电源、火源，也应有专人保管。
贵重药材：如人参、鹿茸、羚羊角等，在贮存中，由于成分性质不同，可发生各种不同变异现象。如人参易生虫、麝香易受潮走味等。所以对贵重药类应专柜、专库、专帐、专人负责保管。一般用固定的箱、柜、缸、坛等密闭后，贮存在干燥、阴凉、不易受潮受热的地方贮藏。
