海瑞为官几十年，可以说纵横天下，这次来到了京城，发现苦于无对手，于是他把矛头对向了嘉靖。
嘉靖四十五年（1566年）二月一日，海瑞妻子正在家中等待海瑞回来吃饭，海瑞是回来了，可一同回来的还有一口棺材。妻子顿时吓坏了，赶忙问海瑞这是怎么回事。海瑞却淡定地说道：这是为我准备的棺材，我死之后，你只要把我埋了就行了，其它事你就不要过问了。他叫来自己的好友王宏海，叮嘱他料理自己的后事，之后他疏散了家里的佣人，整理自己的遗产。海大人的清廉真是名副其实，他为官多年，总共财产只有二十两银子！
之后他整理衣冠，等待着死神的降临。
天下苦嘉靖久矣！海瑞在目睹了嘉靖的一系列不作为之后，决定上书痛骂嘉靖。而他也早已料到，自己这封信一旦呈上去之后，后果极其严重！自己最终也难逃一死。
于是海瑞呈上了轰动天下的《治安疏》，此疏可以用“惊天地而泣鬼神”来形容！
这封奏疏洋洋洒洒三千多字，把嘉靖骂的体无完肤。大概说：您刚登基的时候还干了些好事，之后被邪念带到别的地方了，二十年不理朝政，还不见太子。由于受道士的影响，为了追求长生不老，不能和太子相见（二龙不可相见）。不理百姓，导致严嵩专政，怨声载道。为了获得长生不老，居然还去摧残宫女，导致了“宫婢之变”的发生，险些被宫女勒死！
此外，您整天待在西苑不回后宫，大臣都以为您缺少夫妇之情，所以没有儿子。您崇尚修道，给您修道的道士后来不都死了吗，这样荒唐的事情您还信，您还说自己是盛名之君，其实天下人早就看你不顺眼了（天下人不直陛下久矣）。您不是说严嵩是个忠臣吗，后来严嵩倒台您不是还把他的尸体挖出来了吗。
这封奏疏中最狠的当属：“嘉靖者言家家皆净而无财用也。”意思是说：您在位的时候，老百姓家家都是穷光蛋！
嘉靖所统治的朝局确实存在问题。他老人家天天不上朝，一心扑在了长生不老药上，天天吃着所谓的“灵丹妙药”，其实都是些化学物质，仰天大呼：“我真的还想再活五百年”。
朝政大权由严嵩把持，胆敢有反抗他的，立即捏造罪名交于锦衣卫处理，其结果无非两种：要么被杀，要么流放，搞的乌烟瘴气、鸡飞狗跳，整个朝廷全是他的爪牙。
外患更严重。南边福建、浙江一带经常遭到倭寇的烧杀抢掠。北边的俺答更过分，直接到京城来抢，史书上称为“南倭北寇”。
嘉靖是一个独断专行的性格。他在位期间，很多大臣也是敢怒不敢言，之所以不敢说话是因为害怕嘉靖的惩罚——“廷仗”。
所谓廷仗，就是脱了裤子打屁股。在嘉靖年间有很多因仗义执言而被活活打死的，发展到后来，大家也都不说话了。但还是有敢说话的，比如杨爵。
嘉靖期间，有一天下了大雪。严嵩等人表示：这是好现象啊，国家必迎来昌盛。只有杨爵上书说：国家已经到了生死存亡时刻了，皇上你却不管不问，任由严嵩等人祸乱朝纲。
嘉靖却听不进去。晚年的嘉靖只图个清静，安安静静的修道，谁都不要给我惹事情。而杨爵的这封奏疏无疑是惹恼了他。一怒之下把杨爵关进了监狱，在狱中，杨爵受到了各种酷刑折磨。他的两位同事看不下去了，纷纷上书要求宽赦杨爵，最后这俩哥们却被活活打死在狱中。
对此很多大臣都选择了保持沉默。你愿意怎么折腾就怎么折腾吧，不管我们提什么样的意见你也看不到。
海瑞不同，他是个天生的理想主义者，不存在事不关己高高挂起。他的良知不允许他继续沉默下去，如果他选择沉默，他会存在罪恶感。于是他写下了《治安疏》，这封奏疏也被称为《直言天下第一疏》。
嘉靖在读这封伟大著作的时候，气得浑身哆嗦。这么多年来还没有人敢这么骂他，主要骂他的人都被打死了，所以他清静了相当长的时间。我不就是修道吗？关你屁事，你只看见劳资修道了，劳资大晚上整理奏章的时候你看见了吗？还说我不回后宫，难道我睡哪个老婆也要向你汇报吗？
嘉靖确实气坏了，话都说不利索了，把奏疏往地上一摔，只喊出了一句：“抓住他，别让他跑了”。
他哪里知道，海瑞已经备好了棺材，只等锦衣卫了。
宦官黄锦向嘉靖说道：“我早就听说过这个人了，他这个人向来脑子不好使，听说他在上疏之前，知道自己必死无疑，早就准备好了棺材，遣散了奴仆，就等你来抓他了”。
嘉靖听完后默不作声，把奏疏捡起来后反复读了几遍，最后说：这倒是可与比干相比，但我不是纣王啊。
这句话很有水平。比干一生为人正直，在目睹商纣王的残暴统治后，非常着急，于是他到摘星楼上进谏纣王。商纣王说：我听说圣人的心有七窍，不知你有几窍呢？于是杀害了比干，刨其心。
嘉靖知道海瑞是个忠臣，一心为了国家，是为了国家的着想才上疏。嘉靖并没有杀他，而是把他关进了监狱。
嘉靖后来曾跟内阁首辅徐阶说：海瑞说得都对。朕已经病了很多年了，已经不能临朝听政了。但一想被海瑞骂的这么惨，不甘心，怒道：要不是我身体多病，不能够议政，岂能容海瑞在此放肆呢。
海瑞就这样被关进了诏狱。是诏狱可不是监狱，两者区别大了。监狱是刑部的，主要是审讯犯了罪的人。而诏狱是锦衣卫的，诏狱主要是关穷凶极恶的人，经常使用酷刑，很多大臣宁可得罪皇帝也不愿得罪锦衣卫，一旦进去之后，不留下点纪念品别想出来。有人曾说过这么一句话来评价诏狱，“我宁可在天牢待十年，不愿在诏狱待一日”。
在狱中海瑞接受了审讯，然而狱词送上去之后没有回音了，嘉靖也没有任何表示。户部的何以尚官员认为皇帝并不想杀死海瑞，于是上书请求释放，没想到嘉靖大怒，命令锦衣卫严刑拷打何以尚，务必问出是不是海瑞的同党。
之后嘉靖好几次都想杀掉海瑞，但都被徐阶救了下来。徐阶不会想到，今日之举却让他日后后悔无比，当然这是后话。
海瑞就这样一直关在了诏狱里，直到嘉靖四十五年（1566年）十二月十四日。此时距离他上书已经过去了十个月。
这天，嘉靖皇帝终究还是驾崩了，他一生致力于研究长生不老药，最后还是失败了，只能去阎王那里继续他的“未竟事业”。
诏狱的主事知道之后沉思良久之后，他做了一件事，他让人去置办了一桌丰盛的酒菜，亲自去款待海瑞。海瑞看到这一幕也纳闷，今天是什么日子？随后他便明白了，这是要送他上路。这顿饭很多人面对死亡压力都吃不下去，海瑞没有什么压力，这一天已经等了很久了，然后他就开始吃了起来，吃得差不多了他就看着主事等待上路。然而等了半天，也不见有什么反应，这时主事对他悄悄说：大人，您还不知道吧，皇上已经死了，您马上就能出去了。
于是接下来的一幕让主事“目瞪口呆”，各大史书也都记载了这诡异的一幕。
海瑞在听说嘉靖死后悲痛欲绝，开始了嚎啕大哭，哭完之后开始吐，把之前吃得全都吐了出来，吐完这顿吐上顿，吐完之后晕倒在地，一夜哭声不断。（“尽呕出所饮食，陨绝于地，终夜哭不绝声”）
看着眼前的这一幕，主事惊呆了，他原本想借此机会结交海瑞，将来好有人照应。可他万万没有想到，海瑞在知道皇帝死后非但不高兴，其伤心程度就跟死了亲爹一样。
后世学者大都认为，海瑞是出于“忠君情结”
所谓忠君，不管皇上做出什么样的事情，你都要忠于他。我虽然骂了你，那也是为了国家，我跟你又没有仇，骂你还不是为了你好，嘉靖挨了骂也得忍着，你能说他不对吗？你要是一怒之下杀了他，那得得罪多少言官，相反要是放了他，还能显出皇帝的宅心仁厚。
骂你是为了国家好，现在你死了，哭也是为了表达君父的情结。我们常说“君父”，就是要做到视皇上如父，皇上就是你的亲爹。
海瑞骂皇帝是出自真心，哭皇帝也是真心，又爱又恨，看上去很矛盾，其实并不矛盾。
具有讽刺意味的是，嘉靖这一生得罪了无数人，很多大臣也对他失去了希望，都知道你是个昏君。可嘉靖死后，给他哭丧的居然是自己曾经三番五次想要干掉的海瑞。
