第五章 刘裕荡尽宵小，东晋将立新号
六月，刘裕大军水陆并进到达南燕境内大岘山以南。此时南燕皇帝慕容超才反应过来要抗击晋军，于是召集群臣商议对策。
虏将军公孙五楼说：“晋军轻装而行，是为速战，所以我们不能与之对战。应该据守大岘山，使其无法通过，迁延日久，待到其士气低落，然后挑选精壮骑兵二千人，沿海滨南下，断绝其运粮通道，再令段晖率兖州军队沿山地向东进军，攻敌后方，此为上策。令各地的守宰官员依靠险要自行固守，坚壁清野，让来敌人无可补给，待敌没有粮草，一月之间，敌可控制也，此为中策。放贼过大岘山，出城迎战，此为下策。”
慕容超说：“今年，吉星聚顶，按照天道推测，我们不必作战，自会胜利。按照人间事理来看，他们远道而来，疲惫不堪一定不能耽搁太久。我据守五州之地，百姓富庶，骑兵万计，怎能割倒庄稼，迁移百姓，首先向敌示弱呢？不如放他们进入大岘山，再派精骑前去攻打，何必担心打不败他们。”
刘裕率军穿过大岘山，因未见南燕军队，于手指天说：“大军已过险境，士有必死之心，田中余粮充足，我军将不愁补给，贼虏尽在掌握之中。”
听闻刘裕过大岘山，慕容超先遣公孙五楼、贺赖卢及左将军段晖等，率步骑兵五万进据临朐，自率步骑四万继后。
公孙五楼率骑前出，控制临朐城南的巨蔑水，与晋军前锋孟龙符遭遇。厮杀一阵，公孙五楼战败退走，孟龙符亦死于阵中。
慕容超亲引大军与刘裕决战， 刘裕以战车四千辆分左右翼，兵、车相间，骑兵在后，向前推进，与慕容超所派精骑激战，至于日落时分，胜负未决。
此时胡藩对刘裕说：“贼屯军城外，留守必寡，今往取其城而斩其旗帜，此韩信所以克赵也。”
刘裕采纳参军胡藩之策，派兵绕至燕军之后，乘虚攻克临朐。慕容超听闻领兵后撤，晋军掩杀，大败燕军，斩段晖等十余将。慕容超逃还广固。
刘裕紧随其后，攻克广固外城。每日派人向城中招降。
司徒慕容惠说：“现在晋军乘胜逼人，其势难以抵挡。后秦虽然和赫连勃勃相持，但还不足为患。况且秦燕二国联合抗敌，已经成了唇齿相依的形势，现在我们有外患，后秦一定会来救援。然而自古以来请求救援，如果不派大臣去就请不来重兵，所以赵国的小臣请了三次，楚国不出兵；平原君一出使，援兵到来而解围。尚书令韩范道德威望都很高，是燕秦两国都尊重的人，适宜派去请求救援，用以度过现在的艰难。”于是派韩范和王蒲向姚兴请求救兵。
姚兴使臣面见刘裕说：“慕容家这个邻居一直与我们关系很好，如今晋国攻打甚急，我大秦以在洛阳屯兵十万铁骑，尔等倘若不退兵，我军将长驱直入。”
刘裕听后，对使臣说：“你回去可告诉姚兴，我本想灭了燕国后息兵三年，但他如果想要现在就找死，那就让他来吧。”
刘裕有又让士卒向广固城中喊话：“赫连勃勃大败秦军，你们已经没有救援了。”
慕容超又派使者出使刘裕，使者说：“燕王愿将大岘山以南献于晋国，望将军可退兵，两国重新修好。”刘裕不从。
东晋义熙六年正月初一，慕容超登上天门，在城上召见群臣，杀马犒赏将士，文武百官都有升迁封授。慕容超宠幸的姬妾魏夫人跟着登上了城头，看到晋军的强盛，握着慕容超的手，两人相对哭泣，百官无不悲伤。
尚书悦寿对慕容超说：“天地不仁，助敌寇为虐，战士患病。日益衰弱，困守空城，外援没有希望，天时人事，也可以从此知道了。假使国运已尽，尧舜让位，转祸为福，敬奉圣明。最好是追随许、郑的踪迹，以保全宗族的继承人。”
慕容超叹着气说：“兴和衰都是天命。我宁愿挥舞宝剑战死，也不能衔璧投降去求生。”
不久，刘裕从四面进攻，悦寿开城投降，慕容超和身边的数十人出城逃跑，被刘裕的军队抓住。慕容超被押送到建康斩首，南燕灭亡。
在刘裕返回建康，以三千之兵杀败卢循十五万叛军之后，受太尉。而刘毅本自讨卢循失利，又因刘裕获功，更加厌恶刘裕。
此时，刘毅还割据着豫州、江州，其弟刘藩占据兖州，势力范围包括长江中上游的大部分地区。义熙八年四月，刘毅以患病为由请堂弟刘藩去做他副手，刘裕答允，但乘刘藩自广陵入朝时将其抓捕。
刘裕于朝上对众人说：“刘毅平日因功自傲，蔑视朝廷，又兼其控制三州之地，其势不在小。今番又欲让其弟前往，分明是有谋反之心，我将亲率军前往征讨。”
随后，命王弘、王镇恶、蒯恩等率兵进至豫章口，包抄江陵，切断刘毅援兵的进军之路，并在江津烧毁舟船而向前挺进。
王镇恶等攻克江陵外城，刘毅固守内城，精锐士卒尚有数千人，两军一直战至太阳西斜。王镇恶将刘裕招抚城内士兵和百姓的书信送进城内，众军知道刘裕已到，无不失去斗志。天色已暮，刘裕命王镇恶焚烧四周城门，齐力攻打，刘毅部众便纷纷逃散。刘毅从北门出城单骑而逃，自缢身亡。
刘裕随后率军攻克江陵，逐步消灭了刘毅的残余势力，吞并豫、江二州。刘裕到江陵后，鉴于江州、荆州凋敝残破，法令残缺不全，百姓疲惫匮乏，为赋税劳役所困，难以为生。下令减免税役，并推广到全国，同时对未作军用的州郡县的屯田、池塘、边塞之税，一律免除。对于那些原来因战争需要被征发的奴隶也一律放还。至此刘裕在东晋深得民心。
消灭刘毅后，刘裕又图伐蜀。早在义熙元年，桓玄篡位不久失败，益州刺史毛璩命令谯纵率领诸县氐族士兵，沿涪江东下，去江陵征讨桓玄的侄子桓振。但是蜀地士兵不愿离乡，侯晖、杨昧发动兵变，以武力逼谯纵反叛，推举他为首领，出兵涪城，攻杀毛璩的弟弟毛瑾。谯纵遂自称梁、秦二州刺史，兵指西南的成都。毛璩闻变，自略城徒步赶回成都，令参军王琼带兵3千前去讨纵，又令弟毛瑗带兵4千继后，谯纵遣弟谯明子及侯晖领兵对敌。两军在广汉相遇大战，侯晖战败退绵竹，谯纵命谯明子设伏二道以待王琼。王琼身陷重围，才发现中伏，至毛瑗兵到，才杀出理围。但部队伤亡惨重，无力再战，只好退回成都。谯纵兵抵成都，益州营户李腾开门迎纵兵。谯纵杀毛璩、王琼、毛瑗等，自称成都王，谯蜀政权建立。以从弟谯洪为益州刺史；以亲弟谯明子为巴州刺史、镇东将军，率兵驻白帝城，以防东晋。
刘裕不顾众人反对，，超擢朱龄石为益州刺史，命其率臧熹、蒯恩、刘钟和朱林等共领二万人伐蜀。
出发前，刘裕与朱龄石根据前次刘敬宣走内水相持失败的教训，订下诱蜀人防内水，主力走外水的速战之策。为了防止风声早播、蜀人审得虚实，刘裕具一锦函，旁书”至白帝乃开”。
至白帝时，朱龄石公布密函：“大军一律经外水攻向成都，臧熹、朱林在中水攻取广汉，命弱兵搭乘十多艘高舰由内水兵向黄虎。”
此后朱龄石就率大军加快速度行军。而谯蜀果如刘裕所想，设主力防备内水，命谯道福在涪城驻以重兵，别遣侯晖及谯诜领万余屯彭模，依水两岸建城垒作防御。
朱龄石未遇谯蜀军阻拦，直入成都，谯纵自缢，谯蜀灭亡。后大军北上攻灭仇池，收复汉中。
在义熙八年刘裕征讨刘毅时，晋宗室司马休之占据荆州。他拥兵自重，由于先前就经营过荆州，颇得当地人心。东晋荆、扬二州，地广兵强，又是建康门户，对中央形成巨大威胁，这不得不让刘裕有吞并荆、扬的想法。
义熙十年，司马休之之子司马文思在建康招集轻侠，令刘裕十分厌恶。后来，司马文思欲谋杀刘裕，被刘裕发觉，刘裕将司马文思交给司马休之，让他处置。然而，司马休之并没有杀司马文思，只是上表废除其谯王爵位，并写信向刘裕道歉。这举动令刘裕对其大感不满，立刻就命江州刺史孟怀玉戒备。
义熙十一年，刘裕收杀司马休之在建康的次子司马文宝及侄儿司马文祖，并出兵讨伐司马休之，自加黄钺，领荆州刺史。司马休之则上表刘裕罪状，派兵抵抗。当时雍州刺史鲁宗之自感不被刘裕所容，故与司马休之联结，合兵反击刘裕。
刘裕前锋徐逵之初战败于鲁轨，众将除蒯恩外皆战死，刘裕大怒。然而当他到时，鲁轨及司马文思率军在悬岸峭壁上列阵，令刘裕难以登岸，刘裕与部将胡藩率兵冒险攀登，司马文思等竟不能抵挡，刘裕就乘对方后撤的机会登岸进攻，终击溃司马休之的军队。
四月，刘裕击败司马休之军四万人，攻克江陵，直捣襄阳，荆、扬二州尽被刘裕吞并，司马休之及鲁宗之北投后秦。
自桓玄作乱以来，南方各大割据势力，全部灭亡，南方归为一统。东晋境内，全由刘裕势力统治。而刘裕在消灭司马休之后，更获剑履上殿、入朝不趋、赞拜不名的殊荣。
义熙十二年正月，刘裕加领平北将军、兖
州刺史、都督南秦州诸军事。至此，他一人已经都督徐州、南徐、豫、南豫、兖、南兖、青、冀、幽、并、司、郢、荆、江、湘、雍、梁、益、宁、交、广、南秦共二十二州。
义熙十二年一月，后秦皇帝姚兴逝世，姚泓继位，内部叛乱迭起，政权不稳。刘裕认为这是灭亡后秦的良机。
八月，刘裕以刘穆之任尚书左仆射，内总朝政，外供军粮，自己率大军分四路北伐。九月，扺达彭城。龙骧将军王镇恶、冠军将军檀道济领兵由淮、淝转向许、洛，后秦诸屯守皆望风降附，晋军进展神速。十月，王镇恶军占领洛阳。
义熙十三年正月，刘裕留其子刘义隆镇守彭城，自率大军北上。此时北魏派十万重兵驻守河北，并以游骑骚扰晋军。
刘裕在行军中，虽常设奇阵或用大弩强槊击败魏军，但进军速度缓慢。王镇恶军由洛阳进抵潼关后，为后秦主力守险阻拦；檀道济军的粮道也为秦将姚绍截断。晋军一时处于危境。幸得当地百姓的帮助，才转危为安。王、檀向刘裕求援，而刘裕却为北魏军牵制，自顾不暇。
三月初八，刘裕以左将军向弥率部分兵力屯于黄河重要渡口碻璈，自率大军进入黄河；魏军以数千骑兵沿黄河北岸跟随刘裕军西行，防止晋军于黄河北岸上陆向魏进击，凡漂流至北岸的晋军人员，均被魏军擒杀。刘裕数次派兵上岸攻击魏军，刚一登岸， 魏军便逃离岸边。为击败魏军的袭扰，刘裕命数千勇士，车百乘，由丁旿和宁朔将军朱超石率领，携带强弓利箭，登上黄河北岸，列阵而进。魏军立即前来进攻，魏将长孙嵩率骑兵三万四面围攻晋军。晋军拼力死战，魏将阿薄干被斩，魏军败退，并被晋军追击，斩俘一千余人。
四月中旬，刘裕进至洛阳，为防止魏军的袭击，在洛阳停军两个月，部署后方的防卫。七月，刘裕全面击退魏军，河南全境被收复，刘裕随后进至陕城；前锋沈田子攻入武关，进屯青泥。
八月，刘裕至潼关，与诸部会合，采纳王镇恶提议，命他率水军从黄河入渭水，逼向长安。正值秦将姚难由香城率军西撤，王镇恶跟踪追击。姚泓率兵由霸上到达石桥，接应姚难；以镇北将军姚疆和姚难合兵守卫泾上，迎击王镇恶军。王镇恶命将军毛德祖击败秦军，姚疆战死，姚难逃回长安。东平公姚赞得知晋军迫近长安，便率军由定城退往郑城。刘裕大军随之逼近。
姚泓为缓解两面受敌的危局，谋划先消灭沈田子军，再抵御刘裕，于是率步骑数万急趋青泥。沈田子军本为疑军，不过千余人，但各自为战，骁勇异常，数次出击竟使姚泓败还长安。此时，王镇恶突破潼关防线，率师直进，一举攻陷长安，姚泓率群臣投降，后秦灭亡。
刘裕率军抵达长安，想在此稍作休整，经略关中。不料，建康城内却传来噩耗。
