自东汉末年以来，天下纷乱，群雄割据，四方扰攘，经过百余年的战争，晋武帝统一中国，天下归一。然而皇室政风黑暗，贪赃枉法，贿赂风行，以至于黎民怨声载道，外敌窥视中原。八王之乱使晋室元气大伤，内迁诸戎趁机作乱。在长安失守后，士大夫们衣冠南渡，皇族成员司马睿在建康称帝，延续晋之国祚。
南朝廷不思收复故土，朝廷日益腐朽，以至于天下人心思乱，盗贼蜂起。孙恩家族世代奉信五斗米道，三吴之地，信徒甚多。又逢当时会稽世子司马元显下令三吴各郡，公卿以下被转为荫客的官奴都移置建康，以补充朝廷兵员。此举引起各郡士庶不满。在孙恩的煽动下，终于在隆安三年，孙恩发动了叛乱。
孙恩部众从海上登录进攻上虞，上虞城破，斩杀上虞县令，而后大军包围会稽城。时会稽太守王凝之，王羲之次子，也奉信五斗米道，自以为法术高强，能书符念咒 役使鬼神。听闻孙恩大军以兵临会稽城下，即不出兵，也不设防，而是每日于静室祈禳。其属下请求出兵讨伐孙恩，王凝之淡定说到：“我已焚符书咒，借来阴兵守护各处隘口，每处有阴兵数万，这些叛贼何足为虑。”孙恩见城上没有守军，对麾下部众说：“今天命在我，敌不敢设防，我等应一鼓作气，攻破敌城。”
孙恩大军四门齐攻，守军弃城而逃。城破之时，王凝之尚在静室祈禳，听得屋外刀剑厮杀之声起，慌乱之间手足无措瘫软在地，想从后门逃走，但被杀来的孙恩大将蹇伪一剑砍下首级。战火迅速蔓延，晋军毫无防备，吴国内史桓谦、临海太守司马崇及义兴太守魏隐都弃郡城出逃。孙恩自命征东将军，振臂一呼，会稽、吴郡、吴兴、永嘉、义熙、临海、东阳及新安共八郡同时举兵响应，声势浩大，兵锋直指建康，朝廷危在旦夕。
朝廷急忙任命司马元显为中军将军，命令徐州刺史谢琰兼督吴兴，义兴军事，又谴刘牢之率北府兵共同讨伐孙恩。探马回报孙恩，只道晋军来袭，孙恩不以为意，对属下说：“晋军既无谋略，也无胆略，灭敌，弹指之间即可，天下已无大事，诸位就等着过几日和我穿着官服入主建康吧！”
不数日，谢琰率军奔战百里，奇袭下义兴，吴兴二郡。刘牢之谴兵攻下吴郡等地 钱塘江北已于晋军掌控。孙恩眼见大半之地已经失去，急忙派大将蹇伪领兵三十万驻守于钱塘江南岸，并对其说：“将军若能击退刘牢之，我割据浙东，总也能做个越王勾践了。”一日，刘牢之命参军事刘裕率十余人前往叛军占区侦查情报，且说那刘裕，祖籍在彭城县绥舆里，是汉高祖刘邦之弟、楚元王刘交的二十二世孙。早年随晋室南渡，长居晋陵郡丹徒县的京口里，由于早年家中贫寒，遭到乡里贱视。长大后，身高七尺六寸，风骨奇伟，雄杰有大度，不拘小节，加入北府兵后，履历战功，深受刘牢之赏识。
闲话少叙，刘裕率兵侦查，只见前方沙尘滚滚，原来是蹇伪率领一千兵士巡哨，两军相见，只道狭路相逢勇者胜，刘裕二话不说，引军前上，单骑策马直奔蹇伪而来，不三合，蹇伪败走，刘裕急追，忽马失前蹄，连人带马跌落河谷，同行士兵皆战死。蹇伪收拾部众，追下河谷，想要斩杀刘裕。待行至刘裕身侧，刘裕突然翻身猛起，大喊：“贼将授首！”声震河谷，引得蹇伪一惊。刘裕手起刀落，只一刀砍下蹇伪首级。而后挥舞长刀乱砍，衣甲平过，血如泉涌，叛军不敢前进，終四散而逃。刘牢之之子刘敬宣见刘裕许久未归，带兵寻找，正遇刘裕激战叛军，两军合于一处，叛军大败。
次日，刘牢之召集谢琰，刘裕等人于中军帐内议事，说：“敌大将已被我军所杀，其军士气必低落，我军可乘胜追击也。”于是令谢琰渡江攻打西城新安，刘牢之、刘裕领兵佯攻会稽，自领中军渡江攻取东城上虞，围攻敌贼。
那孙恩只认会稽为主城，不可有失，陈重兵于江南岸严防晋军，却不曾想新安，上虞之兵岂是晋军对手，不久皆被晋军所下。孙恩望而生叹，见会稽将要为死地，部下又无死战之心，只好对部众说：“此时暂逃，也不是丢人的事。”然后率兵南逃至永嘉，又因晋军紧追其后，仓促间只好带领二十万残众逃回海上去了。
东部战事未停，西侧战事又起。荆州世官大家桓玄凭借父叔多年治理荆州的威望，专横于荆州。又在司马道子、司马元显父子二人的利诱之下，杀败荆州殷仲堪、杨佺期等其他势力，真正拥有了荆州全境的控制权，于是向朝廷要求领荆江二州刺史。朝廷下诏以桓玄都督荆司雍秦梁益宁七州诸军事、后将军、荆州刺史、假节，另以桓伟为江州刺史。但桓玄坚持要由自己领江州刺史，朝廷惧怕桓玄，只好依从，加都督江州及扬州豫州共八郡诸军事，领江州刺史。桓玄又以桓伟为雍州刺史，朝廷碍于平定孙恩叛乱，无法节制。桓玄于是趁机在荆州任用腹心，训练兵马，并屡次请求讨伐孙恩，但都被朝廷阻止。
在刘牢之等人的商议之下，皆知孙恩此举不会善罢甘休，共同上奏朝廷希望让谢琰出任会稽太守，派兵留守，谨防孙恩。
谢琰部下诸将劝谏说：“叛贼近在海边窥探我等情况，应当为其打开改过自新之路啊。”但谢琰不从，说道：“当年苻坚百万大军尚且不是我的对手，如今孙恩小贼逃亡海上，怎敢再次前来？如果他敢来，那就是老天让我杀了他。”
不出所料，孙恩于隆安三年在举重兵出击，先破邢浦，扼钱塘江北，尽防晋军救援会稽。谢琰知朝廷软弱，怎会轻易出兵相援，遂令刘宣之出兵以退孙恩，自保会稽为上。正值七月盛夏，天热似火，孙恩屯兵于树荫山谷之中，欲待秋来进兵。刘宣之引兵前来，见孙恩屯兵之处，笑说：“孙贼土人，安识兵法，屯于山谷，火攻尽破，一战封侯可定矣。”遂即兵分三路，一路多备硫磺焰硝，持火炬，吩咐三更烧寨，一路绕敌后，阻敌归海，自引中军，但见火起，冲寨杀贼。
是夜，孙恩正于寨中与军士饮酒，忽帐前卫士闯进，大呼寨北起火。话音未落，听得战鼓声又起，马蹄声又起，呐喊声又起，刘宣之引兵冲寨，左冲右突，逢敌边杀，无人能挡，孙恩慌了阵脚，被军士搀扶往海边逃去。孙恩向东行约十里，又遇前时所伏之兵，又杀一阵，幸亏亲兵死命拼杀，方才得脱。孙恩登船往向残寨，火光冲天，金鸡报晓以为天明，只得独自生叹。
一面刘牢之多次上表请求发兵支援谢琰，只因朝廷由司马道子，司马元显父子把持朝政，恐刘牢之功绩超过自己，故多次压下。另一面谢琰也多次上表请求援军，朝廷只说援军已发，谢琰见求援无果，只得令刘宣之严守邢浦东海岸，自己领兵守会稽。
刘宣之沿海设防，孙恩虽每日派兵攻打，双方互有死伤，但仍未能攻破放线。孙恩见强攻不可，又生一计，令千于兵截断刘宣之补给路线，不出数日，刘宣之部果然大乱，孙恩亲自领兵掩杀，晋军大败，刘宣之惨死于阵中。
孙恩领兵南进，一路攻至会稽城下。谢琰对帐下督张猛说：“孙恩远道而来，今未立阵脚，吾今晚将亲往劫寨，汝可守城，以防不测。”傍晚，孙恩领兵巡寨，忽一阵疾风起，吹折一面黄旗，孙恩说：“此旗于寨中，为风所折，不主别事，莫非此夜有人劫寨。”遂留少许兵马于寨中，余众四面埋伏。
是夜月色暗红，谢琰领轻骑在前，以为得计。突入寨中，发现无多人马，只见四周火起，喊声齐举，方知中计。谢琰杀条血路，突围而走，回至城中，仅有十余骑跟随。
孙恩派兵攻打十余次，皆不能克，又恐刘牢之领兵前来，已有退兵之意。帐下一人自荐，唤作萧肃，对孙恩说：“主公无需多虑，吾有一计，不须数日，会稽城必为主公所控。”孙恩大喜，忙问何计。萧肃答：“谢琰麾下张猛，自恃勇武，对谢琰早已心生不满，吾将用一席话，将张猛为我军效力。”
次日夜，萧肃秘使张猛。对张猛说：“将军大才，何苦为晋效力，晋之国祚将終天下必为孙将军所有，他日不失封侯之位。”张猛默然，后对萧肃说：“先生一言，使吾如拨云见日，茅塞顿开，吾将斩下谢琰首级，以报孙将军。”
二日，张猛请谢琰于帐中饮酒，酒过半巡，谢琰以有醉意。张猛起身推说如厕，出帐外，左右卫士会意，一齐冲入，谢琰身中数剑而亡，割其首，开城门献于孙恩，会稽城遂破，三吴之地又沦陷于孙恩之手。
朝廷听闻谢琰被杀，甚为惊恐，只好再令刘牢之于京口南下抵御，并加封都督会稽无郡军事，又谴辅国将军孙无终，宁朔将军高雅之，冠军将军桓不才兵发江、广二州，北进牵制孙恩。
三军与孙恩相遇于余姚，孙恩固守余姚，三军连攻数日，皆不能克。孙恩留少许兵力守城，亲自出城南埋伏。高雅之大寨在南，三军再出击，孙恩袭之，高雅之不得以还兵战孙恩。双方短兵相接，孙恩军虽装备不精，但人数众多，激战之后，高雅之损伤惨重，只好向南撤兵。孙无终、桓不才已攻下余姚，得知高雅之败退，二人又领兵杀奔孙恩而来，又激战一阵，双方皆不能胜，各自领兵归去。
直到秋十一月，刘牢之自京口领兵前来，孙恩自知不是刘牢之对手，只好再退兵回海上。
隆安五年二月，孙恩岂知天命如何，第三次登陆，攻打句章。那句章为刘牢之所守，哪能轻易易手。刘牢之临阵见孙恩，忍不住大骂：“蝇蚋，三番攻吾城，何物等流！”两军混战，孙恩终不敌，败走转攻海盐。
海盐守将刘裕四周深沟高垒，内筑内城屯资。孙恩出大军攻城，刘裕令兵士各执火箭齐发，城上矢石如雨，孙恩兵大败，四散而逃。孙恩眼见几次进攻无果，恼羞成怒，亲自着甲执剑攻城，刘裕弃外城守内城，孙恩得意，继续猛攻内城。听得外城一声炮响，又听那内城鼓角齐鸣，外城伏兵起，内城大军出，内外夹击，孙恩军大乱，践踏而死者不计其数。
孙恩死里逃生，不得已再退兵攻沪渎。袁山松一年前就于此修筑沟垒以御孙恩，奈何只有四千士卒，孙恩发五万兵四面攻城，城外箭如雨发，城内壕沟混战。连战四日，袁山松及四千士卒斩敌三万，力竭而亡，孙恩攻下沪渎。
六月，孙恩走海道至建康城东丹徙港，此时已有带甲之士二十余万，楼船以千计，连天接海，甚为雄伟。此举引起京师震动，建康城内外戒严，百官入局台省，守军各驻要地。司马道子心腹司马尚之时任豫州刺史，闻讯领兵前来，协助入卫建康。
孙恩于丹徙登陆，不曾想刘裕率轻骑自海盐赶来，双方厮杀一阵。孙恩见立足未稳，部下坠崖溺海者极多，只好返回船上。孙恩重整旗鼓，想要急袭建康，怎奈海上急风起，船慢难行。此时刘牢之以从会稽赶到建康，孙恩不敢继续前进，退走郁州，建康危机解除。不过，桓玄在早前打着勤王旗号讨伐孙恩，现已逼近建康。虽然京师下令解严，但是桓玄紧紧控制了行进的所有地区，又令心腹严守各处要地，对朝廷人员紧握于手中。
刘裕继续引兵追赶孙恩，连战连捷，孙恩被逼沿海退走。刘裕率军追击，于十一月在沪渎、海盐再败孙恩，斩杀敌军以万计。孙恩转至临海郡，临海太守辛昺主动出击大败孙恩。眼见部众已经所余无几，孙恩仰天长叹，只好投海自杀。
自隆安三年至隆安五年长达三年之久的孙恩只乱至此结束，三吴之地百姓苦晋室压迫，孙恩前来以为得救，怎奈孙恩又劫掠一番，逼迫造反。杀败孙恩，官兵又劫掠庆祝一番，三吴之地三年战火频频，真可谓民不聊生。
元兴元年，司马元显不甘于桓玄威逼，起兵讨伐。当时桓玄已封锁长江漕运，又因孙恩之乱刚刚平息，故以为司马元显无力讨伐，便一直在荆州等待时机，蓄势待发。然而收到在京堂兄桓石生的通报后，桓玄甚惧，打算坚守江陵。忽一人一语点破玄机，又使这战火继续燃烧。
