有一天，大师把他的门下弟子法海、志诚、法达、神会、智常、智通、志彻、志道、法珍、法如等人叫来，对他们说：“你们和其他的徒众不同，我灭度以后，你们都是住持一方弘法教化的禅师。我现在教你们如何说法，才能不失本宗顿教法门的宗旨。说法时，应先举述三科法门，运用三十六相对法，如有出没就会落于两边，说一切法不要背离了自性。如果忽然有人向你问法，说话都要双句相对，彼此来去相互为因，最后两边的对待全部去除，更没有其他可着之处。
所谓三科法门，就是阴、入、界。阴是五阴，就是色、受、想、行、识，入是十二入，也就是外面的色、声、香、味、触、法六尘，和自己的眼、耳、鼻、舌、身、意六门。界是十八界，也就是六尘、六门、六识。自性能含容万法，所以叫作含藏识；如果起了分别思量，就是转识。由转识生起六识，出于六根门头，对外接触六尘，就这样，十八界都是从真如自性而起用。自性如果邪，就产生十八邪；自性如果正，就产生十八正。如果表现出恶用，就是众生用；如果表现出善用，就是佛用。用自哪里来呢？由自性而来。
相互对待的诸法，外境无情方面有五对法：天和地相对，日和月相对，明和暗相对，阴和阳相对，水和火相对。这是五对相对法。
法相、语言方面有十二对法：语和法相对，有和无相对，有色和无色相对，有相和无相相对，有漏和无漏相对，色和空相对，动和静相对，清和浊相对，凡和圣相对，僧和俗相对，老和少相对，大和小相对；这是法相和语言的十二对相对法。
自性起用方面有十九对法：长和短相对，邪和正相对，痴和慧相对，愚和智相对，乱和定相对，慈悲和狠毒相对，持守净戒和为非作歹相对，直和曲相对，实和虚相对，险和平相对，烦恼和菩提相对，常和无常相对，悲和害相对，喜和嗔相对，舍和悭相对，进和退相对，生和灭相对，法身和色身相对，化身和报身相对；这是十九对相对法。”
六祖说：“三十六对法如果懂得如何运用，就能使道贯穿于一切经法，而且出入不落于两边。真如自性随缘起用，和人言谈时，对外要能即于一切相而不执著一切相，在内要能即空而不执著空。如果完全著相，就会助长邪见；如果完全着空，就会增长无明。执著空见的人，有的诽谤佛经，肯定地说‘不用文字’。既然说不用文字，那么人也不应该有语言，因为这语言本身就是文字的相。又说‘直指之道不立文字’，就是这‘不立’两个字，也是文字。又见到别人在说法，就诽谤别人所说着在文字。你们应该知道！自己执迷还罢了，又诽谤佛经。千万不可诽谤经法，否则将造下无量无边的罪业！如果外着于相，而造作有为法来寻求真道；或者到处建立道场，而辩论有无的过患，像这样的人，即使历经多劫也不可能明心见性。只许依照正法修行，又不可什么都不想，这样反将造成佛道上的障碍。如果只是听人说法而不实地修行，反而会使人生起邪念。因此要依照正法修行，说法不要住相。你们如果能够悟解，并且依照这样去说、去用、去行、去作，就不会失却本宗的宗旨了。
如果有人问你法义，问‘有’，就用‘无’来答；问‘无’，就用‘有’来答；问‘凡’，就用‘圣’来答；问‘圣’，就用‘凡’来答。就这样，二边对待法的相互为因而离却二边，就显出了中道义理。像这样一问一答，其余的问题也完全依照这样作答，就不会失却中道的理体了。
假如有人问：‘什么叫做暗？’就回答他说：‘明就是因，暗就是缘，光明消失了就黑暗。以光明来显现黑暗，以黑暗来显现光明，一来一回相互为因，而成中道义理。’其余的问题都可以这样回答。你们今后传法，要依照这种方法转相教导传授，不要失却顿门宗旨！”
惠能大师在唐睿宗太极元年（712），也就是后来改元的延和七月时，命门下弟子到新州的国恩寺建塔，又派人催促早日完工。到了第二年夏末，终于落成。七月一日，六祖集合徒众，对他们说：“我到八月就要离开这个世间了，你们如果有什么疑问，须趁早发问，我当为你们解答，消除你们心中的疑惑。一旦我去世以后，就没有人教导你们了。”
法海等人听了这话，都伤心地流泪悲泣，只有神会神情如常不动，也没有流泪哭泣。
大师说：“神会小师却能懂得善与不善平等，不为毁谤或赞誉所动摇，不生悲哀或快乐的情绪。其他的人都做不到这一点，你们这几年在山中都修的什么道？你们现在悲伤涕泣，是为谁担忧呢？如果是忧虑不知道我的去处，我自己是知道要去哪里的；如果我不知道自己的去处，也就不会预先告诉你们了。你们悲伤涕泣，是因为不知道我的去处；如果知道我要去哪里，就不应该悲伤涕泣了。法性本来就没有生灭去来，你们都坐下来，我为你们说一首偈，叫做真假动静偈。你们诵得此偈，就能与我的心意相同；依照此偈去修行，就不会失却宗门的宗旨。”
所有的徒众都一齐向六祖作礼，请大师说偈。偈语是这样说的：
一切万法皆非真，不要颠倒看作真。
若是当作真实看，此见完全不是真。
若能自心识得真，离了假相即心真。
自心不能离假相，既已无真何处真？
有情本来就解动，木石无情才不动。
若是偏修不动行，则同木石顽不动。
如寻自心真不动，不动自存于动中。
不动若是顽不动，无情却是无佛种。
能善分别诸法相，于第一义而不动。
只要能作这样看，此见就是真如用。
告诉诸位学道人，着力必须要用意。
勿在大乘宗门下，却仍执著生死见。
彼此谈论若相契，就应共论佛法义；
所言若实不相契，也应合掌使欢喜。
宗门原本是无诤，有诤就失真道义。
固执违逆诤论者，心性便转入生死。
当时徒众听完偈语，都一起向六祖顶礼，并且都能体会大师心意，人人收摄散乱的心，依照正法修行，更不敢有所诤执。大家知道六祖不能久住世间，法海上座于是再礼拜大师，请问道：“和尚灭度以后，衣法将要传给什么人呢？”
大师说：“自从我在大梵寺说法，直到今天所说，记录流通，名为《法宝坛经》。你们守护此经，转相传授，度化一切众生。只要能依照此经说法，就叫做正法。我现在只为你们说法，不再传付祖衣。因为你们的信根都已纯熟了，决定不再存有疑虑，足以胜任弘法大事；但是根据达摩祖师传授的偈意，祖衣不应该再传。达摩祖师的偈语是这样说的：‘我来东土的本意，是为传法度迷情。一华开展为五叶，菩提道果自然成。’”
六祖又说：“各位善知识！你们人人各自清净心意，听我说法：如果要想成就佛的一切种智，必须了达一相三昧和一行三昧。如果能在一切处而不住一切相，并于一切相上不起怨憎或喜爱，也没有执取和舍弃的心念，不计较利益成败等事，安闲恬然平静，清虚圆融澹泊，这就叫做一相三昧。如果在一切处，无论行住坐卧，都怀有一颗纯净正直的心，不必在道场中别有举动造作，即已真实成就净土，这就叫做一行三昧。如果能够具有这二种三昧，就好像地下种子，由含藏到长养，终使果实成熟。一相三昧和一行三昧也是如此。我现在所说的法，譬如及时雨，普遍润泽大地上的一切生物；你们的本有佛性譬如一切种子，遇到这及时雨的滋润，都能发芽生长。凡是承受我的旨意的人，一定能证得菩提，依照我所说去行持的人，决定能够获证妙果。听我说偈：‘心地含藏诸种子，普获法雨皆发萌。顿悟华情行持后，菩提妙果自然成。’”
六祖说完偈语，又说：“佛法没有二法，心也是这样只有一种。佛道清净，没有什么可以执著。你们切勿偏着‘看静’和偏落‘空心’，自心本来清净，原本无可执取和舍弃。你们要各自努力，随缘珍重！”
这时，徒众都向六祖顶礼而后退出。
六祖在七月八日那天，忽然对门下弟子说：“我要回去新州去，你们赶快去准备船只！”
大家坚决哀请挽留，六祖说：“诸佛随缘应化出世，尚且还要示现涅槃，有来必定有去，这是正常的道理。我这肉身骸骨也应该有所归宿。”
大众说：“师父！您现在去了新州，什么时候可以再回来？”
六祖说：“叶落归根，生来本无法可说。”
大家又问：“正法眼藏传给了什么人？”
六祖说：“有道的人得我法，无心的人自宗通。”
又问：“以后有没有事难？”
六祖说：“我灭度后约五六年时，应当会有一个人来偷取我的头。听我预记：‘取头顶戴如养亲，为了口腹代人行，遇到满字的事难，州县当官是杨柳。’”
又说：“我灭后七十年，将有二位菩萨从东方来，一位是出家人，一位是在家人，同时兴盛佛法教化，建立我的宗派，修建佛寺，昌隆法嗣。”
门人又问：“自从佛祖应现以来，不知一共传授了几代？愿请垂恩开示！”
六祖说：“应化世间的古佛，已经无数无量，无法计算了。现在只以七佛为始来说：过去庄严劫时，有毗婆尸佛、尸弃佛、毗舍浮佛；现在贤劫时，有拘留孙佛、拘那含牟尼佛、迦叶佛、释迦文佛。这就是所说的七佛。
释迦牟尼佛首传正法眼藏给摩诃迦叶尊者，二传是阿难尊者，三传是商那和修尊者，四传是优婆毱多尊者，五传是提多迦尊者，六传是弥遮迦尊者，七传是婆须蜜多尊者，八传是佛驮难提尊者，九传是伏驮蜜多尊者，十传是胁尊者，十一传是富那夜奢尊者，十二传是马鸣大士，十三传是迦毗摩罗尊者，十四传是龙树大士，十五传是迦那提婆尊者，十六传是罗睺罗多尊者，十七传是僧伽难提尊者，十八传是伽耶舍多尊者，十九传是鸠摩罗多尊者，二十传是阇耶多尊者，二十一传是婆修盘头尊者，二十二传是摩拏罗尊者，二十三传是鹤勒那尊者，二十四传是师子尊者，二十五传是婆舍斯多尊者，二十六传是不如蜜多尊者，二十七传是般若多罗尊者，二十八传是菩提达摩尊者，二十九传是慧可大师，三十传僧璨大师，三十一传是道信大师，三十二传是弘忍大师，一直到我惠能是第三十三代祖。从上面所说的诸位祖师，都各有所禀承。你们以后也要代代相传，不可有误。”
六祖大师在唐玄宗先天二年，即开元元年癸丑岁八月初三当天，在新州国恩寺用过斋饭，告诉所有徒众说：“你们各依位次坐下，我要和你们道别。”
法海说：“和尚留下什么教法，可使后世迷人藉以得见佛性呢？”
六祖说：“你们用心听着！后代的迷人如果能够识得众生，就是佛性；如果不能识得众生，即使历经万劫，想要觅佛也是难遇难逢。我现在教你们认识自己心中的众生，见自己心中的佛性。想要求得见佛，只在能够认识众生，因为是众生迷失了佛性，不是佛要来迷惑众生。自性如果能够觉悟，众生就是佛；自性如果迷失，佛也就是众生。自性若是平等，众生就是佛；自性若是邪险，佛也就是众生。你们心里如果阴险不正，就等于佛在众生中；如果一念平等正直，就等于众生成了佛。我们自己心中本来就有佛，这自性佛才是真佛。自己如果没有佛心，到何处去寻找真佛呢？你们自己的心性就是佛，再不要有所怀疑！心外并无一物可以建立，万法都是从我们自心里变现出来的，所以经文里面说：‘心念一生则种种法随之而生，心念一灭则种种法随之而灭。’我现在留下一偈与你们告别，这首偈子叫作自性真佛偈。后代的人如果了解此偈的旨意，自然能够见到自己本心，自然能够成就佛道。”
这首偈是说：“真如自性是真佛，邪见三毒是魔王。邪迷的时候，魔王住心房；正见的时候，真佛坐心堂。自性起邪见三毒同时生，那就是魔王住在心房。有了正见，三毒心自然去除，这时魔王就如实变成真佛。法身、报身及化身，三身本来就是出自一身。如果向自性中能自见三身，那就是成佛的菩提因。本是从化身而生清净法性，清净法性常在化身中。清净法性使化身行于正道，将来报身圆满功德无穷。淫性本是由净性而生，除去淫欲就是净性身。性中各自远离五欲，见自清净本性刹那就是真佛。今生如能遇到顿教法门，忽然悟到自性，就是亲见世尊，如果想要修行寻求作佛，不知要向何处求真。如果能在心中自见其真，有真就是成佛的因。不能见到自性而向外觅佛，起此心念总是大痴人。现在已经留下顿教法门，要救度世人必须先行自修。告诉你们及将来学道的人，不作这样的见解实在是太愚迷了。”
六祖说完此偈，告诉大众说：“你们要好好安住，我灭度以后，不可和世俗人一样地悲伤涕泣，接受人吊祭慰问时，若穿着孝服，就不是我的弟子，也不是如来的正法。只要能识得自己本心，就能见自心本性原来无动无静、无生无灭、无去无来、无是无非、无住无往。因为恐怕你们心里迷惑，不能领会我的意思，现在再次嘱咐你们，使你们能得见自性。我灭度以后，依我所说修行，就好像我在世时一样。如果违背我的教法，即使我在世间，对你们也是没有什么益处。”
接着又说了一首偈语：“静止不动不修善，悠闲自在不造恶，断绝见闻心安静，心无拘束无所着。”
六祖说完了偈语，端坐到三更时分，忽然告诉弟子说：“我去了。”刹那间就示寂了。当时异香充满室内，天空白虹连属地面，树木也变成了白色，飞禽走兽都发出了哀鸣。
十一月，广州、韶州、新州三郡的官僚以及门下的出家、在家弟子，争相要迎请六祖的真身去供养，无法决定该往何处。于是就焚香祷告说：“香烟所指向的地方，就是大师的归宿。”
当时香烟一直飘向曹溪。十一月十三日，众人把六祖坐化的神龛以及五祖传下的衣钵都由新州国恩寺迁回曹溪宝林寺供奉。
次年七月二十五日，六祖的肉身出龛，弟子方辩用香泥涂上六祖的真身。这时弟子们忆起六祖曾经说过“取头”的预记，于是先用铁片和漆布围护六祖的颈部，然后送入塔内供奉。六祖真身入塔时，塔内忽然出现一道白光，直冲天上，经过了三天以后才消散。韶州刺史把六祖的事迹报告给朝廷，皇上就敕令立碑纪念六祖的道行。
惠能大师世寿七十六岁，二十四岁时受五祖传衣，三十九岁时披剃受戒，说法利生共有三十七年。得法嗣法的有四十三人，其他悟道超凡的就不知其数了。达摩祖师所传以为凭信的祖衣、唐中宗御赐的磨衲宝钵以及方辩所塑的六祖法相，连同大师所用的道具等，永远作为宝林寺的镇寺之宝。流传《法宝坛经》，用以显扬顿教禅门的宗旨，兴隆三宝，普遍利益一切众生。
