方孝孺径自回到了自家府第，他决定以身殉国，当下愤怒的在书房挥笔写下遗书：天降大乱孰知其由，奸臣得逞谋国用犹。忠臣发愤血泪横流，以此殉国复又何求？呜呼，哀哉！
方孝孺绝命书刚刚写好，便有燕军闯入府内，一燕军将领道：“方先生，得罪了！”这将军人高马大，脸庞削瘦，甚是威武。
方孝孺问道：“你是何人？”
那将军道：“靖难大将军朱能。”
方孝孺道：“原来是朱大将军，早就听闻燕庶人手下有两员猛将，堪称是燕庶人的左膀右臂。一位是张玉，此人已为铁铉铁大将军设伏擒杀。另一位便是你朱能？”
朱能道：“方先生知道的真不少，过奖了。”
方孝孺怒道：“我呸，助纣为虐，残暴嗜杀，你的双手沾了多少无辜百姓的鲜血，你将来必定不得好死！”
朱能怒道：“我纵然是死也不会比你惨，来人，带下去。”两名燕军上前押住方孝孺双手。
方孝孺喝道：“放手，我自己会走。”
燕王朱棣终于如愿以偿攻下应天城，他亲自领着一干亲信卫队杀入皇宫，此时皇宫内正大火冲天，燃着大火的地方正是皇帝的寝宫，朱棣忙命人赶去救火，口里连叫道：“皇上，皇上，您千万不能有事啊！”
他心里却道：“允炆小儿若真的投火自尽了，那是最好不过，省得本王亲自动手，也免去了本王落得弑君的恶名。”
大火终于扑灭，亲信卫队从一片凌乱的废墟当中抬出来一具烧焦的不成样子的焦尸来。
朱棣上前蹲下看了一眼那具焦尸，见到那具焦尸脖子上挂着的一块被烟火烧黑了的玉，他小心的取下玉来，将那玉用衣袖擦拭干净，见玉上写着四字：龙御天下。此玉正是当年太祖皇帝赠与建文帝的那块玉，朱棣自然是认得，朱棣看清了此玉，突然嚎嚎大哭起来，口里大叫道：“皇上宾天了！”说罢跪在那具焦尸前连连磕头嚎哭不止。
亲信卫队们见燕王跪下嚎哭，也赶紧的齐齐跪下痛哭不止。
朱棣边哭边道：“皇上啊，您为何要寻此短见？教朱棣如何面对九天之上的皇考，朱棣起兵实是迫不得已，实为清君侧，诛小人，皇上何以要听信小人之言，而不信自己的皇叔，臣自是忠心耿耿，又岂会加害皇上您，如今您骤然西去，教我大明江山该怎么办啊？”
亲信卫队们听到朱棣此言，忙齐声道：“皇上驾崩，正是国不可一日无君，我等肯求燕王，顺应天意，登基为帝，以保我大明江山万年。”
朱棣怒叱道：“再敢说此大逆不道之言，休怪本王不饶你们。谁继任为新皇帝自有太后主持大局，岂容你们在此胡言乱语？”
亲信卫队们吓得不敢再多言，朱棣见此，才道：“说到太后，本王才想起太后皇嫂来，来人，随本王一起去见过太后。”说罢命部分亲兵卫队守护好皇上的遗体，自己领着一部分亲兵卫队直往东宫太后那去。
半道上，正迎头赶上吕太后领着一众宫女和小太监往皇帝寝宫这边而来。原来吕太后得知了皇帝寝宫起了大火，心焦无比，急急的亲自领着人而来。
朱棣见到吕太后，忙弯腰行过礼，道：“请恕臣弟戎装在身，不能磕头行礼。臣弟见过太后娘娘。”他身后的亲兵卫队忙跟着弯腰行礼。
吕太后见到朱棣，道：“燕王，是你？”
朱棣道：“正是臣弟，臣弟正要赶往太后娘娘那，不想在此半道上得见太后，臣弟正有一不幸之事要告知太后，皇上他宾天了。”
吕太后陡闻此噩耗，差点悲痛的晕了过去，大哭道：“儿啊！”
朱棣也跟着哭了起来，许久才止住哭声，道：“皇上宾天，天下悲痛，但朝中大事还需要太后您主持大局，臣弟恳请太后保重凤体，结哀顺变。”
吕太后暂忍悲痛，道：“燕王，你如今已如愿攻下应天，篡位成功，皇上始终是你的亲侄子，你为何非要取他性命不可？”
朱棣忙道：“太后明查，臣弟岂敢做如此大逆不道之事，臣弟起兵，实为皇上诛小人，是为皇上护驾，只是皇上听信了小人之言，误以为臣弟要谋夺他的江山，这才会投火自尽。”
吕太后道：“你是忠是奸，你自己心里比谁都清楚，皇上已经宾天，接下来是不是该轮到我这老太婆了？”
朱棣忙道：“太后何至于也如此误解臣弟？臣弟真的没有谋害皇上，请太后明查啊。”
吕太后道：“本宫暂且信你，皇上的遗体何在？”
朱棣道：“臣弟此行正是要请太后到皇上寝宫去辨认下那具烧焦的尸体是否是皇上的遗体。”
吕太后问道：“你何以肯定被烧死的是皇上？”
朱棣从怀内取出那块玉来，吕太后接过那玉，顿时又伤心的嚎哭起来。
朱棣等吕太后稳定了悲伤情绪才道：“请太后亲自去看看皇上的遗体。”
吕太后由宫女们搀扶着，直往皇帝寝宫而去。
吕太后到了皇帝寝宫时，见到那具焦尸，当即扑了过去，手抚着焦尸，痛哭不已。一滴滴的泪洒在焦尸身上。
朱棣道：“请太后结哀，还望仔细辨认清楚才是。”
吕太后看着焦尸许久，才道：“不错，是我皇儿的遗体。”说罢又痛哭了起来，哭得是伤心欲绝，突然的哭晕过去。
朱棣见状，忙命宫女和小太监送吕太后回东宫去。
亲信卫队首领纪纲见吕太后等去得远了，才向朱棣道：“燕王殿下，如今连太后都说此焦尸是皇上的遗体，看来是确定无误了。”
朱棣心中窃喜，却又总觉得有甚么不对，言道：“此焦尸究竟是否是皇上的遗体，还得太医来验过方能确定。纪纲，你快去找宫中的太医来查验一番。”
纪纲领命下去，好一会，纪纲带着一名太医过来，是太医院的刘院判，刘院判精于外伤治疗和检验科，朱棣命他仔细的验过焦尸身份。
刘院判对着焦尸仔细的查验，足足半个时辰，这才检验完毕。
朱棣急急的问道：“刘院判，你检查的如何，此焦尸是否真的是当今皇上？”
刘院判迟疑了好一会，才道：“下官不敢欺瞒燕王，此尸经下官认真检查，发现骨骼偏小，应是女人，绝不是当今皇上。”
朱棣听罢大惊万分，心感不安，心道：“允炆小儿竟然使出金蝉脱壳之计，他究竟人在何处，为何搜遍了整个皇宫都不见他的踪影？”
朱棣对着刘院判再次问道：“你当真确定此焦尸是具女尸？”
刘院判道：“下官在太医院当职二十年，自问检验之术还算过得去，下官敢肯定此焦尸是具女尸。”
朱棣突然大喝道：“一派胡言，本王说你就是个庸医，连太后娘娘都亲自证实此焦尸乃是皇上无疑，你却说这是具女尸？”
刘院判吓得当即跪下，道：“燕王明查，下官不敢胡言乱语，此焦尸确是女尸无疑啊！”
朱棣向身旁的纪纲使了个眼色，纪纲心领神会，拔出腰间利剑对着刘院判后背狠狠刺去，刘院判“啊”的惨叫一声，不明不白的死了。
朱棣命人将刘院判的尸体即刻处理了，对太医院宣称是刘院判验明皇上遗体无误，感念皇上往日圣恩，竟当场自尽随皇上去了。
朱棣又命纪纲全城逮捕朝中的大臣，务必要从朝臣们的口中探明建文帝的去处。
纪纲领命下去，领着亲信卫队逐一的去京城大臣们的府邸抓人，好多大臣在纪纲尚未赶到时便先自殉国，也有很多大臣尚来不及自杀或一时犹豫，被纪纲逮住严刑逼问。这些建文朝旧臣们，虽是书生文弱，却是生得一副铁骨，任纪纲如何的严刑逼供，虽身体受尽摧残折磨，却是始终不透露建文皇帝的半点消息。纪纲纵是手段凶残，却也一时间拿这些大臣无可奈何，只好命人将他们押入大牢，听候燕王发落。
朱棣大军占领京师已成定局，而建文皇帝又投火自尽，正是国不可一日无君，各地藩王和朱棣手下的一干将军以及归降于燕王的建文帝旧臣齐齐到东宫太后那请旨，请太后下懿旨，册立燕王为新君。
吕太后迫于形势，只好颁下懿旨册立朱棣为新皇帝。
朱棣经过四年的靖难之役，而今得偿所愿登上皇位，他生的是虎背熊腰，双眼如炬，鼻似鹰钩，透着天生的残暴和野心。他身上最突出的地方当然还是他的长髯，当年他府内的第一谋士道衍和尚曾经预言：长髯过脐，当为帝王。如今他的胡须果然长到肚脐处，而他也终于登上帝位，正是应验了道衍和尚的预言。
靖难之役功成，该是封赏有功之臣的时候了。一干奋死在战场杀敌的靖难将军们在殿下等候听封。
御前太监宣读旨意：大将军朱能封为成国公，丘福为淇国公，柳升为安远侯，蒙族人火真为同安侯，李远为安平侯，亲信卫队首领纪纲为锦衣卫指挥使········又封赏建文朝降将李景隆仍旧为曹国公，老将耿炳文为安乐侯········
