东汉末年，因朝廷和地方政令混乱不堪，农民生活困苦。张角、张梁、张宝兄弟三人于魏郡创立黄天泰平，又称太平道，张角自称“大贤良师”。十数年间遍及青、徐、幽、冀、荆、扬、兖、豫八大州，从众数十万。信众中不乏豪犟、官员、宦官等，所以汉室并未多加理会。
184年（甲子年），张角相约信众在3月5日以“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”为口号兴兵反汉。
张角大弟子马元义到荆州、扬州召集数万人到邺准备，又数次到洛阳勾结宦官封胥、徐奉，想要里应外合。
起义前一个月，张角门徒唐周告密，供出京师的内应马元义，马元义被车裂，官兵大力逮杀信奉太平道信徒，诛连千余人，并且下令冀州追捕张角。
由于事出突然，张角被迫提前一个月在二月发难，史称黄巾起义或黄巾之乱。张角自称“天公将军”，张宝、张梁分别为“地公将军”、“人公将军”在北方冀州一带起事。全国七州二十八郡都发生战事，黄巾军势如破竹，州郡失守、吏士逃亡，震动京都。
汉灵帝惊慌失措之后，以外戚何进为大将军，率左右羽林军镇守京师；又在函谷关、大谷、广城、伊阙、轘辕、旋门、孟津、小平津等各京都关口，设置都尉驻防；下诏各地严防，命各州郡准备作战、训练士兵、整点武器、召集义军，如刘备就受到商人张世平、苏双资助组织起义军投靠校尉邹靖讨贼立功。
皇甫嵩上谏要求解除党禁，拿出皇宫钱财及西园良马赠给军士，提升士气，而吕彊又对灵帝上言：“党锢之祸积怨日久，若果与黄巾合谋，恐怕已经无救了。”
汉灵帝大赦党人，要求各公卿捐出马、弩，推举众将领的子孙及民间有深明战略的人到公车署接受面试。
卢植领副将宗员率北军五校士负责北方战线，与张角主力周旋；皇甫嵩及朱隽各领一军，控制五校、三河骑士及刚募来的精兵勇士共四万多人，讨伐颍川一带的黄巾军，朱隽又上表召募下邳的孙坚为佐军司马，带同乡里少年及募得各商旅和淮水、泗水精兵，共千多人出发与朱隽军连军。
庚子日，张曼成攻杀南阳郡守褚贡，响应张角。
汉军首战并未得利。四月，朱隽军就被黄巾波才所败而撤退，皇甫嵩唯有与他一起进驻长社防守，被波才率大军围城，汉军人少，士气低落。又汝南黄巾军在邵陵打败太守赵谦，广阳黄巾军杀死幽州刺史郭勋及太守刘卫，黄巾军并未因汉室的动作而有败退的迹象。
五月，京师见皇甫嵩被围，派曹操率军救援。皇甫用计火攻围城的黄巾军，又与朱儁、曹操等率军三面夹击，斩杀数万人，汉军大胜。
六月，南阳太守秦颉斩杀了张曼成。黄巾军改以赵弘为帅，以十多万人占据宛城。
皇甫嵩与朱隽、孙坚继续进击汝南、陈国的黄巾，追击波才到阳翟，最后在西华大败彭脱，余军逃往宛城。
另一方面，卢植数战间大破张角，斩杀万多人，张角撤到广宗。卢植围困张角，将可攻下城池，正值灵帝派左丰视察军情，有人劝卢植贿赂左丰，但卢植不肯，左丰便向灵帝诬告卢植作战不力。灵帝大怒，用囚车拘拿卢植回京治罪。并命皇甫嵩北上东郡；朱隽则攻南阳的赵弘；而以董卓代替卢植。而与此同时，五斗米道在巴郡叛变，未受汉室重视。
朱隽与荆州刺史徐璆及秦颉共一万八千兵围攻赵弘，但连续三个月不能攻克，京师有奏议徵朱隽回师，幸而张温上表说情，灵帝才未予追究。朱隽急攻赵弘，赵弘被杀，由韩忠代替。朱隽又设计打败韩忠。
黄巾军受挫，士气低迷，向汉军乞降。 但朱隽不予受降，认为百姓会因此有利为贼，无利乞降，并急攻敌军。最终大破黄巾军，斩杀万多人，杀死韩忠。这举动令黄巾军不安，又推孙夏为帅屯兵宛中城。朱隽再次急攻，孙夏败走，汉军追至西鄂精山，斩杀孙夏及万多人，黄巾军解散，平定宛城一带。
另一方面，皇甫嵩到达东郡仓亭，大破、生擒卜己，斩杀七千多人。而董卓进攻张角不成功，无功而还。
张角病死，皇甫嵩北上广宗与张梁战斗。首战不克，翌日，皇甫嵩乘夜进兵，在黎明时份突袭，成功大破敌军，斩杀张梁及三万多人，余者逃走到河堤时溺死者五万多人，焚烧车辎三万多辆，虏获人数甚多。而张角则被破棺戮尸，运首级回京师。
十一月，皇甫嵩与钜鹿太守郭典攻打下曲阳，成功斩杀张宝，俘虏十多万人，黄巾之乱平息。
