中华民国元年一月一日（1912年1月1日），中华民国临时政府成立，定都南京。蔡孑民任教育部长。许寿裳被蔡孑民邀请到南京帮忙，便找机会推荐周树人来工作。
“蔡先生，目前一切草创，未具规模，草拟各种规章，日不暇给。我向先生推荐一人，可好？”许寿裳趁工作间隙对蔡孑民部长说。
“你推荐谁？”
“周树人，我的一个老同学，也是老同事。”
“唔，我久慕其名，未见其人，正拟驰函延请，现在就托先生代函敦劝，早日来南京。”
教育部长同意了。于是，许寿裳从南京两次给周树人发函，转达蔡孑民部长殷切延揽之意，请周树人速往南京工作。不久，周树人便来到南京，在临时政府教育部任职，两个挚友复又聚在一起。
周树人和许寿裳，白天，两人同桌办公，晚上，两人联床共话。老朋友今日重相聚，有说不尽的话。两个人谈起在东京的“伍舍”，一起在庭院里种花草，一起逛神田一带的旧书铺，一起访银座的规模宏大的丸善书店，一起到章太炎先生处去听讲；又谈及辛亥革命以后故乡绍兴的“革命”情形，实在感到那些事多么的滑稽可笑。闲暇时，两人同去图书馆，周树人借来《沈下贤集》抄录，后来在《唐宋传奇集》中所收入的《湘中怨辞》、《异梦录》、《秦梦记》，就是在这时期抄写的，这是后话。
一次，周树人和许寿裳一同去逛满清驻防旗营废址，只见一片焦土，在一处没有门窗的破屋子里，有两个年老的满族妇女，见了他俩像老鼠见了猫似的，惊惧地连连说没有什么，没有什么。周树人讲起在矿路学堂读书时的事，学生骑马过旗营时受到满人的欺侮，言下仍有余恨。
不久，蔡孑民接到命令北上迎接袁世凯。次日，来了一位次长景耀月代理部务。此人好大喜功，只知扩充自己的势力，用人惟亲。一天，这位次长忽然提出要办杂志，将此项任务交给周树人。他也太不识人，周树人没有理睬他。于是，趁蔡孑民不在部里，他暗中列了一份名单，送请大总统府任命，其中，竟然没有周树人的名字。幸好，蔡先生此时回来，赶快把这件事撤销了，否则将闹成大笑话。
不久，教育部移到北京，周树人和许寿裳也要北上。4月中旬，周树人和许寿裳同返绍兴，5月初，两人一同由绍兴启程前往北京。同行的有蔡谷清和许寿裳的侄子许世璇。他们从上海登轮船北上。上船之前，周树人买了一部有正书局出版的《红楼梦》，准备在船上翻阅。上船以后，在分配舱位时，周树人突发妙语说：“我睡上铺，谷清是被乌龟背过了的，我不愿和他同居一间。”此话一出，许寿裳和蔡谷清哈哈大笑。原来，从前在北京时，蔡谷清曾到八大胡同妓院吃花酒打茶围，忽然遇上暴雨，院中积水甚深，没有办法出门，便由妓院男子背负涉水而归。说笑之后，周树人和许世璇住一间，许寿裳和蔡谷清住一间。
到达北京后，他们同住进宣武门外南半截胡同绍兴会馆。先前，许寿裳的哥哥许铭伯已经住在这里的“嘉荫堂”，于是，许寿裳便和哥哥同祝许世璇住在对面的“绿竹舫”，周树人则住在“藤花馆”。周树人和许铭伯一见如故，谈得很投机，从此交往很密。一天，周树人见许铭伯书桌上放着多册《越中先贤祠目序例》，便索取了一册拿回去看。这部《越中先贤祠目序例》系会稽人李慈铭编撰，祠目从西汉的西域都护郑吉开始，直至清代为止。
周树人籍隶会稽，对于乡邦文献也很留意。三年后，辑成《会稽郡故书杂集》。这部书撰集先贤逸文，“叙其名德，著其贤能，记注陵泉，传其典实，使后人穆然有思古之情，古作者之用心至矣！其所造述虽多散亡，而逸文尚可考见一二。存而录之，或差胜于泯绝云尔。因复撰次写定，计有八种。诸书众说，时足参证本文，亦各最录，以资省览。”书中所说的八种，就是谢承的《会稽先贤传》、虞预的《会稽典录》、钟离岫的《会稽后贤传记》、贺氏的《会稽先贤像赞》、朱育的《会稽土地记》、贺循的《会稽记》、孔灵符的《会稽记》、夏侯曾先的《会稽地志》。这部书中“贤俊之名，言行之迹，风土之美，多有方志所遗，舍此更不可见。”因此，为后人瞻仰先贤留下了一份宝贵文献。这部书刊行时，用的是他的二弟周作人的名字，由此也可见他对弟弟的情意，此为后话。
