孙承宗带着朱有孝的期望上路了，李信作为孙承宗的弟子也跟着去混经验、混资历去了，多数人都是认为李信是混经验、资历，但是李信自己却不这样认为，他希望发挥自己的能力，让不服气的人服气，要给他们一个极大的惊喜，自己来证明朱有孝的眼光是很准的。
戚金则带着三万神机营人马边训练边行军，一路顺保定、邯郸、信阳，直奔武汉。到了十一月初，孙承宗、戚金带领的三万大军已经抵达武汉，训练的目的已经达到，随行的三万后勤人马也先后抵达。
湖广巡抚魏光旭带领总兵官和副将、参将们一起拜见孙承宗，告知部队所需的船只、粮食等诸多后勤物资已经准备齐全，随时可以启动。
孙承宗决定先取重庆，因为重庆是奢崇明最早起兵叛乱的据点，其次取得重庆以后既可以南下直捣奢崇明的老巢永宁，还可以西下救援成都，更重要的是稳固重庆之后，可以当做后勤基地。神机营战力强悍，前提是保证有足够的物资供应。为了避免因为后勤供给不足造成失利，建立一个稳固的后方基地是必须的，作为军事大家，孙承宗未虑胜，先思稳是必要的，何况朱有孝是让他彻底平定四川，建立稳固的朝廷统治。
孙承宗、戚金带领大军从长江逆流而上，其艰难可想而知，一个三峡就让孙承宗费尽了脑汁，好歹损失不太严重，但是在时间上可就拖延到了十二月初。抵达重庆以后，孙承宗并没有让戚金攻城，而是先派兵秘密占领了江津城，以确保重庆的奢崇明败兵不会逆江而上再返回永宁，孙承宗的意思就是打歼灭战，不是击溃就算是胜利。占领江津以后又派兵夺取璧山县城，目的是坚决不让奢崇明的部队向南溃退，免得绕道返回永宁。形成包围圈以后孙承宗这才开始夺取重庆的战役。
其实对于孙承宗所率领的明军来说，重庆并不太难攻，只是为了尽量少杀伤无辜百姓，孙承宗采取的是围三缺一战术。明军沿嘉陵江而上，抵达重庆东北部，分兵北门、东门加好迫击炮，又命令士兵缓缓抵近城墙，接着开始排炮轰击两个城门以及城门两边一百五十步范围的城墙。
守卫重庆的是奢崇明的女婿樊笼，樊龙认为重庆号称山城，地势险要，城墙坚固，明军要想攻下重庆势必先围困，然后才能慢慢的一点一点的才有可能攻下来，没有半年六个月想攻下重庆根本不可能。但是明军要是攻上半年，永宁的援兵早就到了，成都城恐怕老丈人也早就夺取了，所以这家伙布置完防守，一点也不担心明军破城。
孙承宗和戚金二人各自指挥一半人马，分别攻击北门和东门。他们采取的战术是一样的，根本就不是列好队伍射箭、架云梯的传统攻城方式，而是排炮轰击城门两侧各一百步范围，城里用抛射的方式轰击。十排炮击过后，再看城墙上一个叛军也看不到了，城门已被炸开，以五列三排间隔十步方式进入城门洞内，进入城内以后马上变成三五七三排前后掩护的突击队形，遇到少量叛军，直接排枪射击，遇到大量叛军立刻三个小队每排十五人，迅速组成排队枪毙的队形。后面的‘二踢脚’小火炮每三人一组，共计三组对叛军的支援部队，进行隔离打击。
战役的结果是双方指挥者谁也想不到的，孙承宗、戚金想不到的顺利。樊龙想不到的溃败速度。东门、北门几乎是同时攻破，十轮炮击过后，城门洞开，明军进城后排枪射击，一百步以内，排枪射击之下几乎无人能够幸免，举着长枪、大刀的叛军非死即伤，小队全军覆没，大队死伤惨重。面对明军全击发枪的排射，叛军根本就没有接触的机会。两刻钟，也就是三十分钟的时间，叛军就全线溃败了，等樊龙反应过来准备组织撤退的时候已经晚了，只好带着残兵败将向南门涌去。
涌向南门的叛军为了抢先出城，挤得人仰马翻，随后明军的‘二踢脚’小炮赶到，一阵排射帮他们解决了问题，于是叛军就整队整队的投降了，就连樊龙也没有能够逃脱，这家伙有点太贪了，竟然想带着一车子银子逃跑，结果悲剧了。
拥有三万多叛军守护的重庆，在孙承宗、戚金的新式军队的攻击下，在不到一个时辰的时间里全军覆没，从南门里逃出去的叛军，在江津又受到了拦截，面对排枪射击，他们乖乖的选择了投降，至于璧山县城的明军根本就没有使用上。在整个战役结束后清点战果，明军的伤亡几乎可以忽略不计，三万叛军守军被俘二万五千多人，伤亡四千多人，俘虏多的原因是叛军被明军的新式枪炮吓得跑不动了，大部分不再反抗，选择投降。
对待俘虏，孙承宗和戚金有些争议，要以着戚金把他们全杀了算了，孙承宗则说朝廷军队是仁义之师，再者杀俘不详，打算全放了。这时李信说话了，要求把这些俘虏交给他处理。无论孙承宗还是戚金，都没有敢小看李信，因为李信是皇帝亲自塞进来的。虽然是孙承宗的学生，对孙承宗也非常尊敬，对戚金也非常尊重，态度也非常谦卑，这二人仍然不敢小视这个年轻人。
接下来李信就把自己的打算给二人说了，二人欣然同意了李信的要求，把二万五千多俘虏交由李信管理。为什么李信要找这麻烦事呢？是因为来时朱有孝给他说了两句话，“攻心为上，攻城为下”，“收民心，分豪田”。李信在路上琢磨了老长时间，终于明白了朱有孝为什么专门把自己叫到一边交代了这句话，孙承宗官太显眼，不适合干这活，戚金是武将，根本就想不通这话。于是，李信在思考了一路之后，终于想出了两句口号：杀了奢崇明，奴隶不受穷。跟着朝廷走，百姓都富有。
李信让亲兵们把俘虏分成几波，其中一小波是小头人、小土司，中间一波是这些人打手，最大的一波是普通的反叛土兵。然后李信就把这些普通的土兵集中起来问话，首先李信问他们为什么反叛朝廷，回答是五花八门，有的说朝廷收税太重，我们都没有饭吃，于是就造反，有的说朝廷歧视我们彝人，鼓动汉人抢我们的土地，有的说头领叫我们出来，我们就得出来，不然就会杀死我们。接下来李信问他们，他们打完仗以后是不是就能保证有饭吃，保证头人们分给他们土地，能不能以后不在随便杀他们，买卖他们的儿女。他们的回答是一致的——不可能。
