当贺人龙押着土谢图汗回到营地的时候，这场战役已经彻底结束，土谢图汗部落的士兵除了溃散逃跑的，向明军投降的以外，死伤并不算太多。除了攻取第一个营寨时，为了起到震慑作用外，对另外的两个营盘冲过来的骑兵发射迫击炮只起到了打乱队形的作用，真正被炸死的并不多，再加上贺人龙彪悍的斩首出击行动，让他们失去了作战意志，最终收降的俘虏有四万多人，死亡人数不超过两万人。
土谢图汗属于被俘虏的敌人，他失去了谈判的机会，孙传庭也没有杀他，而是把他交给了谟啰呗玛，谟啰呗玛按照游牧民族的习惯，作为战胜者他有权利接受失败者的一切财产，但是还是根据孙传庭的意见，释放了所有俘虏，并且告诉他们自己已经接受了大明的谈判条件，将来要按照大明的管理方法管理大草原，不会再像以前那样无条件收取个人的任何东西，不过将来要实行牛羊马匹的圈养，在这一带开始定居生活，修建民房，不得随意游牧，免得破坏牧场的生态平衡。其实有些道理他自己也不明白，什么不得破坏生态平衡，他自己也觉得原来不也是这么过来的么，反正孙传庭说了，就这样说下去慢慢再理解好了。
谟啰呗玛和孙传庭商议是不是让他和奥巴一起去会见哲布尊丹巴活佛，让哲布尊丹巴活佛接受大明的建议，开展佛教活动自由，但是必须接受朝廷的管理，要像乌斯藏那里的活佛一样，可以成为民间团体，但是不得干预政治事务。
孙传庭同意了谟啰呗玛的要求，并且答应他可以让哲布尊丹巴活佛可以以住锡地为中心，建设一座讲经诵佛的寺院，并且给予一定的土地最为生活来源，如果还有什么别的要求，也可以提出来，要尽量满足他的合理要求。
事情有时会发生意想不到的变化，谟啰呗玛和奥巴还没有出发，就传来了意外的消息。就在孙传庭和谟啰呗玛商议这件事情的第二天，大厅外面有人通报，说是有哲布尊丹巴活佛的弟子求见。孙传庭见用到的是求见的词语，就判断发生了不太好的事情，因为正常的词语应该是会见，就是打算商量事情。于是，就立即名人将来人请到大厅询问。
事情还是因林丹汗引起的，原来林丹汗把土谢图汗推到自己前面做挡箭牌，自己就带领部落直奔哲布尊丹巴活佛的住锡地，他的目的是让哲布尊丹巴活佛帮他说服札萨克图汗，还有附近的逐渐接受佛教的部落，扩大自己的势力。哲布尊丹巴活佛可不是普通的活佛，它是后世藏传佛教的四大转世活佛之一，几乎和后世西藏地区的达赖、班禅活佛齐名，尤其哲布尊丹巴活佛还是第一代活佛的前身，他肯定是一位务实的智者，不然的话作为一个外地人，他是无法融入当地生活的。据后来的记载，哲布尊丹巴活佛是四川理塘的藏族人，受四世达赖喇嘛的委托前来喀尔喀蒙古传教，而四世达赖喇嘛却是土默特蒙古达延汗的孙子，这是一种比较复杂的权力斗争互相妥协的结果。
哲布尊丹巴活佛从乌斯藏地区来到这里已经十多年了，对于这里的复杂势力了解的比较充分，再加上他崇高的地位，对于外界的了解也是绝对多于普通的蒙古人，无论是朱有孝带领下的大明快速的兴旺扩张情况，还是李信的兵不刃血迅速取得乌斯藏大方式，这些情况哲布尊丹巴活佛多做了仔细的形势分析，以他那高超的智力肯定会偏向于和大明合作，林丹汗不会是大明的对手。所以在孙传庭向喀尔喀三部出兵的时候，他就打算出面协调，不料明军进军速度太快，还没有来得及沟通，已经被孙传庭收服了两位，而林丹汗的到来，让事情发生了以外的变化。本来他还想说服林丹汗接受明朝的统治，没想到林丹汗却凭借正统嫡系的名义要求他协助对抗大明。哲布尊丹巴活佛自然不会听从林丹汗的要挟，于是便被林丹汗劫持西行，好歹还有弟子逃脱，这就有了向孙传庭求救的事情发生了。
孙传庭了解到这些事情的来龙去脉，自然要派兵相助，更何况西边的札萨克图汗势力需要解决，如果哲布尊丹巴活佛能够说服札萨克图汗，事情就简单多了，不用流血的征服，更会让民众心里容易接受。暂且让谟啰呗玛和奥巴、宰桑*布和管理这里的政事，曹文诏管理军事，孙传庭自己就带着贺人龙、硕垒一起去追赶林丹汗部落。
再说毛文龙和朱由检他们，自从出兵以后，二人根据地图所指定的地方建起了两座城堡，建设的主力军就是那几万倭国俘虏。要依照毛文龙的想法，这些俘虏随便给他们吃点，只要饿不死就行，不干活就使劲揍，折腾死拉到。朱由检却发现这些俘虏比较听话，而且只要指定出任务，他们都可以认真的完成，从来也不讲什么条件，这可是极大的优点，良好的服从性可不是一般的民族所具有的习惯。朱由检因此决定要善待这些俘虏，不但要让他们吃饱喝足，而且还给他们提供了比较好的生活条件，为了让他们不骚扰附近的女人，还特地给在朝鲜的熊廷弼写信，让他送来一千多倭国的女人，除了留一些作为军妓，余下的就奖赏给干活最卖力的人做老婆，朱由检这一招还真不错，整个城堡的建设就有了非常大的进展。
安排好这两个城堡的建设以后，毛文龙、朱由检就带着五千山地步骑营士兵直奔北海西侧的地方，到了后世的伊尔库茨克城，这里是两个河流的交界处，地理环境非常好，两人决定在这里建一座城堡作为基地，这座城堡就起名叫镇北城，就又调集过来两万倭国人俘虏开始建城，仍然是以石头为原料的坚固城堡。
附近还有不少当地的居民，毛文龙、朱由检按照孙传庭的命令，和他们开始友好的相处，收购他们的皮毛，交易给他们需要的食盐、粮食、铁器等比较先进的东西，虽然言语上不是太通顺，但是大概意思还是能够互相明白，也有从科尔沁草原西部出身的士兵迅速掌握了和本族有些类似的这种方言，开始做起了翻译，逐渐的和附近的人交流越来越多，偶然之间还发现了一些金发碧眼的西方人，他们也来做皮毛生意，这就引起了毛文龙的注意，便命令山地步骑营的士兵悄悄的打听他们的消息。
经过一段时间的接触，毛文龙就开始向西、向北派兵侦查，也向萨彦岭以南的图巴人发出友好邀请，加强联系，因为现在的图巴人属于札萨克图汗的领地范围，毛文龙的任务是堵截林丹汗，所以他只能耐心等待南路的进展。
终于在五月底的时候传来了消息，林丹汗带着部落从南部匆忙带着部落冲向了图巴人的领地。原来孙传庭派出的贺人龙和硕垒带领亲卫队，采取猛虎掏心的战术，就是类似后世的斩首行动，以迅雷不及掩耳之势攻击了哲布尊丹巴活佛的住锡地，解救出了被林丹汗扣押的活佛，失去了活佛的林丹汗被逼无奈，只好放弃了那里，带着部落冲向了图巴人领地，准备抢占这一片的地盘。
毛文龙就带着四千山地步骑营士兵，留下朱由检看守修建镇北城堡，按照侦查好的地形前去伏击林丹汗。这是一块山间盆地，在盆地的入口处毛文龙设下埋伏，等到林丹汗的残兵败将老少只有不到三万人进入盆口以后，毛文龙带着手下的骄兵悍将直接就杀了上去。林丹汗也不是傻子，看到凶猛的毛文龙直接就向回逃窜，根本就不和他照面，气的毛文龙大骂。
走投无路的林丹汗后有追兵，前有拦路虎，他就做了最聪明的选择，向孙传庭投降去了，放弃了挣扎，结果反倒要比土谢图汗的要好，没有捞上仗打的毛文龙气急败坏，只盼着札萨克图汗进行抵抗。
