洪承畴当然不会让袁崇焕失望的，这家伙是进士出身行武职，自然足智多谋，见到半个时辰也没有打下城门，就在城四周转悠，终于在东门和北门之间找到了破绽，他发现叶尔羌城的土炮藏的比较隐蔽，迫击炮炸不开城门，也炸不开城墙，但是土炮却不能移动。于是他命令两千步骑兵绕到这里，用击发枪清理城墙上的敌兵，在五十丈的范围之内城墙上不能站起一个敌兵，然后命令步骑兵冲到城墙下面挖出一个小地洞，虽然都是石头，可也禁不住人多，终于还是挖到了城底下一丈深的地洞，接着命令爆破兵将所有炸药全部放了进去，接出引线，等到到了安全距离之后点燃。
因为洪承畴是就此一搏的心态使用炸药的，他也不知道具体威力有多大，就只见惊天动地的爆炸声过后，城墙出现了一段十丈宽的大坑，砖石都不知道飞了多远，然后两千步骑兵迅速冲进城里，护住缺口、填平道路，给后续的骑兵让开道路，这次因为时间紧迫，洪承畴也顾不得伤亡了，让骑兵迅速进城，顺着大街快速冲杀，步骑兵随后跟进清理残余。还别说这次洪承畴还真是做对了，叶尔羌城的士兵大部分都在城墙上防守，见到城破了，就纷纷下城向这里涌来，骑兵队步兵，根本就是屠杀。打开东城门，李鸿基的骑兵快速顺大街占领其他的三个城门，叶尔羌城连开城门逃跑的机会也没有了。
郝永忠进了城之后，带着骑兵绕着城墙根是啥了一圈又一圈，直到再也看不到一个活人，然后带兵冲向了汗府，这里的卫队早就保护着阿卜杜热依木逃跑了，郝永忠就让士兵把这里乱七八糟的人都看管起来，本来想立个头功，结果很郁闷，更郁闷的是，不大功夫李鸿基就押着阿卜杜热依木去见洪承畴了。
看着被押得的阿卜杜热依木，洪承畴问道：“李鸿基，这人是谁？”
其实从衣服上完全能认出这人是谁，李鸿基很聪明的答道：“不知道，一直不投降，杀掉算了！”
就这样，两人谁也不愿意立功，悄悄的就把这家伙给杀了，这时郝永忠也过来见礼，洪承畴想起于阗城的事情，看了看二人，咬咬牙：“屠城吧！”
“什么，还有人反抗，凡是反抗的一律格杀。”二人心领神会，都他妈是嗜杀之人。
血腥的黄昏，到处一片哀号。郝永忠、李鸿基二人重新回到城中，告诉士兵可以格杀无论，其中的暗示不言自明，两个时辰以后，除了年轻的女人以外，其他的全消失了，然后就是清理这些尸体，忙活到半夜才算完工，再去休息。
第二天早晨天刚麻麻亮，洪承畴整顿人马，留下刘宗敏带三千守城，其余的全部去会和袁崇焕。却说袁崇焕带着步骑兵依靠简单的工事和优势的火枪、手摇机枪、迫击炮,大量的杀伤着进攻的叶尔羌汗士兵，虽然有首领在后面压阵，这些被洗了脑袋的士兵也是悍不畏死，但这并不代表他们不死，一天的进攻下来就将近两万人。第二天早晨一起床，还没有吃早饭呢，这些不怕死的悍兵就开始了第一波攻击，袁崇焕指挥着明军沉着应战。就在战斗最激烈的时候，洪承畴部从叶尔羌汗国士兵的后面杀了上来，这面的士兵很快就溃散了。袁崇焕趁机将五千骑兵交给洪承畴，洪承畴也不客气，以郝永忠、李鸿基各带一队人马，朝两人相反的方向两边齐动，有一种横扫千军如席卷的气势，不到两刻钟的时间，叶尔羌汗国士兵就彻底被冲击垮了，到处都是四散的失去控制的散兵。
这些溃散的士兵不都是骑兵啊，往沙漠里跑只有死路一条，但是也只能往哪里跑，明军就在后面死命的追击，一直把他们赶到了沙漠的深处，生死由命去了，让后收兵直达叶尔羌城，稍加休息，填饱肚子，留下一万人袁崇焕自己守城，顺便清理残敌，其余的有洪承畴率领就杀向喀什。喀什城的士兵已经被抽调一空，面对来势凶猛的洪承畴，它就像一个被脱光的少女，根本就没有任何抵抗能力，就算城墙再高大，没有士兵也一样得失败。喀什城里居住的多是工匠和富商，洪承畴一点也不客气，仍然是屠城，除了里面的汉人、羌族人，其他的族裔除了年轻的女人留下，其他的一概杀死。羌族人也是汉人的一个分支，和汉人一样的血统，是大明朝的子民。
洪承畴的屠城政策吓坏了叶尔羌汗国的军民，强悍的战斗力量让人望而生畏，接连失去几座重要城市的叶尔羌汗国人，彻底对洪承畴产生了畏惧心，附近的大小城镇里的居民纷纷逃离。当袁崇焕再让洪承畴出兵征服阿克苏城的时候，阿克苏就剩了一座空城，里面的人不管男女老幼全部早就弃城而逃了，包括曾经被赶进大沙漠里逃得了性命的。他们逃跑的方向就是天山深处，至于能不能出去就不是别人考虑的了。
经过袁崇焕的西域战役，尤其是洪承畴的残酷杀戳，在南疆的***教势力基本上被根除了，剩下的除了信仰佛教的蒙古人，剩下的就是汉人、羌人、以及朱有孝认可的是女娲造人时扔得较远的原著居民，比如土谷浑人。总而言之吧，朱有孝的民族主义观念非常强烈，这些人都算他认可的炎黄子孙。
大的战役已经结束，剩下的就是围剿残余的漏网之鱼，现在已经到了深秋的季节，马上就要进入冬季，在寒冷的季节里枪支的使用受到限制。朱有孝下令暂且停止进行新的战役，开始对新的统治地域进行巩固，方式无非是文化教育，继续向这一带移民等。现在大明的一亿多人口基数还是很大的，何况现在的人们的思想已经非常开化，“树挪死，人挪活”的观念深入人心，何况条件有非常优惠，谁愿意在老家哪的一亩三分地上受苦呢？还有的好处就是通过移民政策彻底打乱了固有的农村的地方宗族势力，为进一步的民主、自由思想打下了良好的基础。再有一个好处就是不同地域的人互相结婚，促进了人种的变异，使得后代更加聪明、强壮。
袁崇焕、卢象升二人在天山南北各自利用不同的方式取得了相同的结果，不但收复了明朝原来的地域，而且还开拓了新的疆土，朱有孝自然要表示赏赐、封官进爵，这都不在话下。不过袁崇焕的区域里杀戮过重，人口减少很多，朱有孝就只能从陕西一带移民，填充这些区域。卢象升按照朱有孝的意思，对于蒙古人以收服为主，原因是为了以后要对付俄罗斯人。北方的气候太冷了，中原地带的人根本承受不了，何况在朱有孝知道的历史上，只有蒙古人在对俄罗斯的进攻上火烧过莫斯科，其他的无论是拿破仑还是希特勒都失败了，他们失败的原因并不是军事实力不够，而是对于气候适应的能力不够。而四个卫拉特都是出身于叶尼塞河上游，对于寒冷的适应能力应该比俄罗斯人不差。还有被赶到漠北的林丹汗，这个吃了两天饱饭就忘了饥的家伙，朱有孝还没有来得及收拾他，以后或等明年吧，让孙传庭把这家伙收拾掉，免得以后有麻烦，原来想的让他对付俄罗斯人，看起来希望不大，缓冲地带就算了，直接把他们封在乌拉尔山脉以西算了，免得他再横跨欧亚。
