黄巢出身盐商家庭，善于骑射，粗通笔墨，进士不第，曾组织盐帮，与朝廷缉查私盐进行过多次武装冲突。乾符二年（875年），王仙芝、尚让等在长垣起兵。黄巢在冤句与子侄黄揆和黄恩邺等八人起兵，响应王仙芝。
黄巢军最初东攻沂州不克；转攻山东、河南等地，攻占阳翟、郏城等八县；进逼汝州。乾符三年九月，攻克汝州，杀唐将董汉勋，俘汝州刺史王镣，直指东都洛阳。王镣是宰相王铎堂弟，王镣为王仙芝写信给蕲州刺史裴偓，表示愿意接受“招安”。是年年底裴偓诱降王仙芝，愿授左神策军押牙兼监察御史之职，黄巢坚决反对，大骂仙芝“始吾与汝共立大誓，横行天下。今汝独取官而去，使此五千余众何所归乎？”随后以杖击伤仙芝头部，头破血流，其众喧哗不已。招安不成，蕲州刺史裴偓逃奔鄂州，不久两军分裂，三千余人从仙芝，仙芝乃大掠蕲州，黄巢引兵二千北上。乾符四年（877年）二月，黄巢率军攻陷郓州，杀节度使薛崇。
三月，又破沂州。仙芝一度攻破鄂州，王、黄又再度合兵攻宋州，不久又分兵，仙芝转攻郢州，唐朝招讨副都监杨复光再次诱降，仙芝遣尚君长、楚彦威等人洽降，中途为唐招讨使宋威所劫持，宋威贪功，妄报战胜，尚君长等人移送长安被杀，仙芝大怒，降敌之事再次未遂。朝廷以宋威“杀尚君长非是”，镇压“无功”，解除其兵权，擢升曾元裕为招讨使，又调西川节度使高骈任荆南节度使。乾符五年初，张仙芝军攻破荆南罗城，由于沙陀兵援军到达，焚掠江陵而去，转至申州。
乾符五年（877年）二月，王仙芝在黄梅兵败被曾元裕部斩杀，余部奔亳州投靠黄巢，推黄巢为黄王，自称“冲天大将军”，转战黄淮流域，又进军长江下游一带。
乾符五年（878年）三月，黄巢军进攻汴、宋二州，为东南面行营招讨使张自勉所阻，转攻卫南、叶、阳翟等地，朝廷征调义成兵三千人守卫东都附近的伊阙、武牢等地，河南一时势壮。黄巢率军渡江南下，与旧部王重隐相呼应，攻下饶、信等州。同年十二月，进入福州，转入广东。乾符六年（879年）九月，攻克广州，俘唐岭南东道节度使李迢。又分兵西取桂州，控制岭南，自称“义军都统”，并发布檄文，斥责朝廷“宦竖柄朝，垢蠹纪纲，指诸臣与中人赂遗交构状，铨贡失才”。广州是唐朝最大的对外贸易港口和重要的财赋供应地之一，黄巢军在广州大肆滥杀无辜，阿拉伯、波斯等***商人被杀者有二十余万。
由于岭表气候湿热，黄巢军多患瘴疫死者，诸将“劝请北归，以图大利”，农民军士气低落，黄巢乃决意北还。是年自桂州编木筏，沿湘江而下，进逼江陵，北向襄阳。唐廷得知黄巢将北上，遣宰相王铎为南面行营招讨都统，屯兵江陵，又任命李系为行营副都统兼湖南观察使，统兵十万屯驻潭州，“以塞岭北之路，拒黄巢”。此时农民军连下永州和衡州，抵潭州城下，李系惊恐，紧闭城门。黄巢挥兵力战，一日而下潭州，唐军十万人血染湘江。尚让乘胜追击，以五十万大军进逼江陵，王铎奔襄阳，黄巢兵不血刃占据江陵，北趋襄阳。山南东道节度使刘巨容和淄州刺史曹全晸合兵，大破之于荆门，俘斩十分之七八，黄巢与尚让收余众渡江东走，这时刘巨容以“朝廷无信”停止攻势，曹全晸正要渡长江时，朝廷命泰宁都将段彦谟代曹全晸为招讨使，全晸攻势亦止，段彦谟杀宋浩及其二子。诏任命段彦谟为朗州刺史。黄巢转掠江西，饶、信、池、宣等十五州。
广明元年（880年）三月，高骈派骁将张璘渡江南下，狙击黄巢，黄巢退守饶州。张璘乘胜进军，五月，黄巢又退守信州。春夏之际，岭南大疫，黄巢军兵力损失惨重，“死者十三四”，张璘穷追不舍，黄巢佯降，又贿张璘大量黄金，恳求他手下留情，高骈上奏朝廷，声称黄巢军“不日当平，不烦诸道兵，请悉遣归”。宰相卢携以朝廷名义，遣散了诸道唐兵。黄巢得知唐诸道兵已北渡淮河，立即与高骈绝交，五月又北上，乘胜攻占了睦州、婺州，张璘于信州战死，六月，相继攻克池州、睦州、婺州和宣州等地，七月强渡长江，兵势甚盛。
广明元年（880年）八月，黄巢军击败曹全晟，渡过淮河，淮北相继告急。高骈慑于其威势，坐守扬州，保存实力。各州县望风而降，十月，黄巢攻陷申州，入颍州（、宋州、徐州、兖州。十一月，黄巢至汝州，十七日攻下东都洛阳，留守刘允章率百官迎接；十多天后从洛阳挥兵西进，仅激战六日，十二月初三，攻下潼关，初四攻下华州，后抵霸上。
初五（881年1月8日），唐僖宗带随从宦官田令孜等仓皇逃奔四川成都，田令孜恐僖宗见责，独归咎卢携，贬卢携为太子宾客。卢携仰药死。
中和元年（881年），黄巢军进入长安，金吾大将军张直方率众迎接黄巢大军进城，“整众而行，不剽财货”，群众达百万军，入城后，军纪严明，闾里晏然，晓谕市人：“黄王起兵，本为百姓，非如李氏不爱汝曹，汝曹但安居无恐。”向贫民散发财物，百姓列席欢迎。
广明元年十一月（881年1月16日），即位于含元殿，建立了大齐政权，年号金统。原朝官员，四品以下留用，余者罢之，以尚让为太尉兼中书令，赵璋为侍中，孟楷、盖洪为尚书左、右仆射，皮日休为翰林学士。不久，其部属“杀人满街，巢不能禁”，唐宗室留长安者几无遗类，唐室官员惶惶不可终日，《秦妇吟》言：“华轩绣毂皆销散，甲第朱门无一半”；“内库烧为锦绣灰，天街踏尽公卿骨”。又没收富家财产，号称“淘物”，宫室皆赤脚而行。
次年，唐军曾一度攻入长安，齐军暂时撤出，驻军霸上，唐军入城后烧杀掳掠，不得民心，齐军当夜反攻，将唐军驱逐出城。这一次黄巢恨城民协助官军，于是纵兵屠杀，血流成河，谓之“洗城”。黄巢未派大军追击唐僖宗，让唐军有喘息机会，黄巢说到底只是一般流寇气息，军队所过之地，只顾著吃粮，极少建设，百姓净尽、赤地千里。
中和二年（882年），四川的唐僖宗反攻，九月，齐军将领朱温在同州与王重荣交战中，投降唐军，被任命为右金吾大将军，赐名全忠。沙陀族李克用又率援军助唐，率兵一万余人南下，齐军大将赵璋战死，华州、兰田相继失守。黄巢于中和三年四月撤出长安，逃入商山，沿途抛弃黄金珠宝，唐军争宝竟不急追。后以齐将孟楷为先锋，攻逼蔡州，唐军守将秦宗权战败投降，六月围攻陈州，遭遇刺史赵犨顽强抵抗，大小数百战，始终未能攻拔其城。齐将孟楷挺进河南途中，中俘牺牲。黄巢闻知孟楷遇害，大怒，部队屯于溵水，“掘堑五重，百道攻之”，誓为孟楷报仇。为了应付全军粮食，黄巢以人肉为粮糗，数百巨锤，同时开工，成为供应军粮的人肉作坊，无论男女老幼，悉数纳入巨舂，称之为“捣磨寨”。
黄巢围陈州几三百日，啖食数十万人。唐军在陈州附近的西华大败黄思邺，齐军退军故阳里。陈州之围遂解。黄巢引兵向汴州行进，尚让以五千精锐直逼大梁。
中和四年（884年）春天，李克用率兵五万，自河中南渡，连败齐军于太康、汴河、王满渡。黄巢只好转战山东。中和四年（884年）三月，朱温大败黄巢于王满渡，黄巢的手下李谠、葛从周、杨能、霍存、张归霸、张归厚、张归弁等投降朱温；而黄巢残部向东北逃亡，又遇李克用于封丘，时遭大雨，黄巢集散兵近千人奔兖州，“克用军昼夜驰，粮尽不能得巢，乃还。”
六月十五日，武宁节度使时溥派李师悦率兵万人，与降将尚让紧追其后。是年六月十七日（7月13日），黄巢在狼虎谷为部下林言所杀（一说自杀，也有黄巢最后出家的说法。清代学者聂剑光《泰山道里记》载：“黄巢死于泰山……九顶山南有大冢，俗称黄巢墓。”
