第三十五回 海棠淘汰赛
无疆和宝钗听完故事后，赞叹宝玉、黛玉的巧妙战术，和他们勇于挑战自我的魄力，神奇宝贝被没收的失落稍微缓和了一些。但想到长长一个月，还是有些焦急。
几天后，贾探春为首的“海棠神奇宝贝联盟”友谊赛正式开始，采用淘汰赛制。在大家的请求下，无疆和宝钗暂时拿回神奇宝贝参赛。本以为最终决战是无疆对宝钗，结果史湘云成为最后的黑马，先是克服属性劣势，用皮卡丘的钢尾击败宝钗的化石蝎，然后靠着“闪电交替”不断更换神奇宝贝，让无疆难以应对败下阵来。
作为冠军，贾母答应她任选一样道具作为奖励，她并没有选雷之石和磁铁，而是请薛姨妈购买珍贵的“电珠”，皮卡丘带上后能发挥最大的威力。
无疆回到岁凛轩后，发现一个神秘包裹，里面正是之前被暗夜团夺走的圣石探测罗盘。他悄悄藏起来，没有和任何人说，包括宝钗。
第三十六回 单刀闯长白
第二天，贾府发现无疆神秘失踪，还带走了他的神奇宝贝和圣石探测罗盘。贾政又一次大发雷霆，但也无济于事。
无疆带来到冀州，跟随罗盘指示来到了长白山。在这里镇守的暗夜团头领是贾珠，贾宝玉的亲哥哥，若干年前病死，擅长使用冰系神奇宝贝。他非常骄傲，自封为“寒冰王子”，其实在此之前已经找到了光之圣石，但没有带回暗夜团，故意把罗盘送给无疆，就是想在对他最有利的雪山击败无疆。
两人激烈交锋，无疆在冰系道馆积累了经验，打败了贾珠的铁甲贝、冰鬼护。随后贾珠说这只是开胃菜，派出了急冻鸟。神兽的力量无比强大，立刻取得了压倒性优势，无疆只剩下爆裂果一只神奇宝贝，也被打得奄奄一息，急冻鸟吐出锁链缠住了无疆，准备在寒风中将他冻死。
第三十七回 雪山绝境反击
无疆浑身被寒冰锁链紧紧缠住，感觉到彻骨之寒，意识也逐渐模糊起来。“哼哼，鸟为食亡，贾府的训练师也逃不过这个定律啊。”贾珠露出得意而狡黠笑容：“我承认你很了不起，魏无疆，要不然，也不能几次阻拦我们暗夜团，但今天，长白山就是你的坟墓，急冻鸟，冷冻光线！”
无疆闭上双眼，他想道“或许这就是注定吧，打倒暗夜团的任务，只能交给你们了。”就在急冻光线离他心脏只有几厘米时，几片树叶从天而降，击碎了寒冰锁链。接着出现的，是一位穿着一袭白纱衣的美丽女子。
即使寒冷已经使无疆视线模糊，但还是一眼就认出了这张熟悉的不能再熟悉的面孔“宝钗，你怎么来了？”，虽然语气是如此的惊讶，但还是掩饰不住喜悦之情。宝钗擦了一下额头上的汗珠，“终于赶上了，没事吧。我说你呀，要吃多少苦，才能改掉轻敌的毛病？”说完，把无疆扶下来。
“薛宝钗，真是及时呢，这下子刚好把你们一网打尽，省的本王子费劲。”贾珠极力掩饰着自己的惊讶。“邪恶的暗夜团，刚才是我轻敌了，现在加上宝钗的帮助，这次，你没有胜算！”
“是吗？我看未必吧。急冻鸟，用暴风雪”
“来吧！爆裂果，爆炸火焰！”
“妙蛙花，阳光烈焰！”
三个技能交织在一起，产生强烈的爆炸，似乎整座长白山都震颤了。
第三十八回 长白山的真情
即便两只神奇宝贝同时使出绝招，也只是让急冻鸟受了轻伤。无疆见识到神兽真正的力量，平生第一次感到恐惧。但薛宝钗没有认输，挡在无疆身前，即便神奇宝贝不是对手，也一只只派出，一只只被击败。
此情此景让无疆想到鬼屋的时候，自己也是为了保护宝钗奋战到最后一刻，心中的火焰再次燃烧，爆裂果感受到了这份感情，进化为轰炸果，而自爆也升级为大爆炸，使出全力造成的爆炸，直接击倒了急冻鸟，冲击波将贾珠推下悬崖，光之圣石脱手，被无疆捡到。
两次忤逆贾府，两人也知道没有回头路。无疆想到投奔史府，毕竟之前在那里，得到了史鼎和史鼐的盛情招待，宝钗虽有疑虑，但也没有更好的办法，于是答应。
第四十回 史府疑云
史鼎和史鼐果然接纳了无疆和宝钗，不仅给他们提供了最高等的食物和住处，还表示这是贾府误会他们了，下次亲自出面向贾政解释，无疆很是感动，敞开心扉，说了自己和暗夜团从头到尾对抗的经历。
史鼎十分佩服他，并说了自己和弟弟一直以来的梦想，人们日出而作日落而息，到了晚上非常不方便，自古以来恶人、罪行都发生在晚上，这次暗夜团就是最好的例子。如果白天一直延续，就能杜绝邪恶，所以史家一直在培养电气系神奇宝贝，为的就是在晚上照亮世界。
无疆被这伟大的梦想折服，把冷子兴的研究，和找到光之圣石的事情全说了出来，史鼐又惊又喜，说自己整个家族寻找半生都无果，无疆是他们家甚至世界的救星。无疆接受了史府合作的邀请，四人一起去寻找到光明柠。宝钗责备他不该透露秘密，但无疆认为此时此刻只有史府才能对抗暗夜团，必须要借助他们的力量。
第五十回 光明柠现身
一行人来到了安徽黄山的光明顶，传说神奇宝贝光明柠的栖身之地，准备使用圣石召唤光明柠。宝钗问了史鼎和史鼐最后一个问题，如果打败了暗夜团，他们会怎么做。两人异口同声回答当然是为世界扫除黑暗，进入永恒的白昼。
宝钗冷笑着驳斥他们：世界是阴阳和谐的，只有一方面的势力必然会带来灾难。他们让世界进入永恒白昼，并不只是为了打倒暗夜团，而同样是成为世界的主宰者！
史鼎和史鼐眯着笑的双眼终于睁开，眼露凶光：竟然被你识破了，我们也没什么好瞒着的了。没错，我们就是要复兴史家，成为光明的化身，史湘云的爸爸就因为抵触我们，才被逐出史府潦倒而死。不光如此，你们带着捕捉光明柠的“白洞之球”却不自知，看来与光明柠无缘呀。
宝钗这才发现，之前在青埂峰游园会中，得到的纯白色球，竟然就是白洞之球。无疆这才发现自己被骗了，义愤填膺，和宝钗共同组合双打对战，一番艰苦对决，打败了顽皮雷弹、电龙和雷丘。此时史鼎不耐烦了，派出了杀手锏——闪电鸟，无疆没想到他们也有神兽，又一次开始恐惧，宝钗也预测自己不是对手，只得投降，交出了白洞之球。
史鼎和史鼐唤醒了光明柠，并用闪电鸟与它对战，捕获了它。光明柠身体周围有一圈电弧，也呈弥散状态。宝钗警告他们，据她分析，神兽苏醒后，还需要一段时间训练，才能发挥最强实力，之前暗夜团也说过“觉醒”之类的话。可史鼎根本不相信，认为自己对电气系神奇宝贝的驾驭，配上传说中神奇宝贝是天下无敌的，准备回府休整后直接找暗夜团决战。
第五十一回 贾府被抄
无疆宝钗无奈，只得靠暴风茄的飞空术返回贾府，没想到贾府此时正遭遇危机。皇宫派忠顺王和仇都尉（仇琛）正在抄家。原来，皇帝给开国功臣的家族奖赏了神兽，成为家族历代的传承，宁国府是火焰鸟，荣国府急冻鸟，史府是闪电鸟。贾政想把贾珠培养成继承人，让他成为了急冻鸟的训练师，但他去世后，急冻鸟不知所踪，这是一大罪。更过分的是，宁国府为了不义之财，竟把火焰鸟高价出租，彻底惹恼了皇帝，于是下达了抄家令，不仅抄没家产，还让京城联盟彻底解散，四天王（四大家族代表——薛姨妈、王夫人、贾赦、贾母）和冠军贾政的神奇宝贝被没收，并且让道馆馆主也交出神奇宝贝。
无疆大声呵斥四天王的不作为，而自己不愿意低头。神奇宝贝都精疲力尽了，于是借用了每位道馆馆主的王牌组成一支队伍，拼尽全力打退了飞扬跋扈的忠顺王和仇都尉，暂时保住了道馆和其他人的神奇宝贝，虽然知道皇宫还会派更强大的部下来，但起码有了喘息的时候。
回到贾府一片衰败——家庭穷困潦倒，贾母卧病在床，宝玉最喜欢的丫鬟晴雯死去，更重要的是黛玉也发了肺病，只能在潇湘馆静养，宝玉也放弃旅行和华丽大赛的梦想，在怡红院住着，时不时去照看黛玉。
第五十二回 虎兕相争
皇宫还没对贾府采取措施，危机立刻降临了。秦可卿为首的暗夜团四头领，带领黑暗豆，从西面上空来到京城，瞬间天昏地暗。忽然东边一阵刺眼的光芒，史鼎和史鼐，假装是救世主，带着光明柠也来了。两方势不两立，都认为自己占据绝对的真理，大战一触即发。
两只传说神奇宝贝战斗时，天空一会明亮一会黑暗，陷入一篇混沌。地面、民居甚至皇宫都被严重摧毁，双方知道对手是宿敌不好对付，准备发挥全部的实力。黑暗豆周围的黑雾聚拢，变成一只巨型兕（犀牛）的形状，秦可卿自己在犀牛头部。光明柠也开始操控电弧，聚拢成虎的形状，但还不完整，因为史家操之过急，光明柠还没能完全觉醒。
黑暗兕逐渐占了上风，看准时机，用前额的尖角刺穿了光明虎。光明虎失去战斗能力，身周的闪电消散，从空中落到了地上。黑暗兕以京城为中心，不断释放黑暗能量，全国陷入永恒的黑夜，各地蛰伏的暗夜团蜂拥而出，勾结当地盗贼、土匪等恶人，四处掳掠无恶不作，而他们的恶、幽灵、毒系神奇宝贝在夜间战力激增，一般人根本不是对手。就连皇帝都困守在皇宫里，世界变成了民不聊生的黑暗地狱。
第五十三回 仙人下凡
绝望之际，一位秃头僧人和一位跛足道士来到了贾府，他们公开了自己的身份——茫茫大士与渺渺真人，是沟通天界与凡间的仙人。起初没人相信，但他们开始变换模样，正是在青埂峰游园会遇到的和尚和道士，为了指引他们拯救危机才下凡的。
众人相信后，询问有何办法，大士说，其实世界上还有第三只传说中的神奇宝贝——神圣莓。但唤醒它的难度更大，需要四件宝物——代表“情”的通灵宝玉、代表“理”的奇缘金锁、代表“才”的金麒麟、和代表“义”的斩邪剑。
前三样宝物分别在贾宝玉、薛宝钗、史湘云手中，而斩邪剑藏在京城的死牢的最深处，那里有四位高手——阴虫蛊师静虚尼姑、鸩毒妖女夏金桂、傀儡鬼王马道婆、丧心恶霸张华，他们没有任何理想，纯粹以害人、下毒、杀人为乐，就连暗夜团都不懈与他们为伍。必须由四位心怀正义，愿意为同伴牺牲的训练师前去对战他们，取回斩邪剑，完成仪式！
第五十四回 训练师贾宝玉
无疆、宝钗、湘云毫无疑问是这样的训练师，但还有一位是谁？宝钗二话不说指出了宝玉，大家都非常讶异，宝玉明明是协调家，不擅长对战。事实上，宝钗早就看出宝玉是实力数一数二的训练师，并说出了原因：第一，当初离开贾府成为协调家，贾政大动肝火，如果不是天赋异禀，为何一定要让他成为训练师呢？第二，和黛玉远行参加华丽大赛，路上危险重重，必然有相当的实力才能化解；第三，在杭州，巧妙击败瑞珠，反应的速度和火恐龙的战斗力都不容小觑。
宝玉事到如今也不再隐瞒，自己7岁前酷爱神奇宝贝对战，被认为是最有可能超越贾珠的继承人，只是因为林黛玉来到贾府，她厌恶对战而喜欢华丽大赛，自己从此开始隐藏实力成为协调家。对宝玉来说，黛玉就是一切，现在也要守护她所在的世界，他派出了自己的神奇宝贝：火恐龙、臭臭花、皮皮、尼多力诺、雪拉比，那正是他参加帅气、美丽、可爱、强壮、聪明五组的神奇宝贝。
宝玉从包里拿出了几颗进化石，说道：“我本想让你们以最佳的状态参加华丽大赛，但现在世界陷入危机，为了守护它，也守护黛玉，就请你们成为无往不胜的战士吧！”在进化石的作用下，臭臭花进化为霸王花，皮皮进化成皮可西，尼多力诺进化成尼多王。宝玉用手搭在火恐龙肩上，它进化成了喷火龙，各个显得龙精虎猛。
无疆和湘云讶异，一直在身边的宝玉竟然是如此厉害的训练师，但更多是惊喜，有了强力的伙伴，四人一起向死牢进发。
第五十五回 死牢
进入死牢后，首先对战静虚，擅长使用虫系神奇宝贝，宝玉派出喷火龙击败了她，没有想象中困难。然而，被击败的神奇宝贝竟然立马恢复了，又一次发起攻击，用“黏黏网”缠住了喷火龙。原来，死牢的黑暗气息，对恶人们来说就像是神奇宝贝中心一样，能立刻恢复战斗能力，所以他们根本不需要“打败”挑战者，只需要靠着无限回复耗死对手。
宝玉让大家先向前走，自己和静虚相持。大家想要留下并肩作战，但还是以大局为重，第二层湘云对战的夏金桂使用“猛毒”，第三层宝钗对战的马道婆使用“诅咒”，都是不是直接伤害，而是逐渐消磨对手的招式。配合死牢中的无限回复，结果必定是胜利。虽然大家知道这点，但还是坚持与他们苦战，为的就是给无疆争取时间，击败底层的张华。
张华擅长恶系的神奇宝贝——噩梦神达克莱伊，但招式却是“催眠”与“食梦”，不仅消磨对手还能回复自己的体力，最为卑鄙。无疆一只只神奇宝贝渐渐失去战斗能力，辜负了队友的信任，懊悔不已。就在这时，上方一阵巨响，炸碎了死牢的顶盖，无数道闪电照亮了死牢，原来是霹雳瓜感受到了无疆的心境，赶回来救阵。霹雳瓜和达克莱伊生死角逐，用“灭世雷霆”（疯狂伏特组合绝招）击败了它，死牢其他人也应声认输。
无疆拔出斩邪剑，获得了第四件宝物，但更重要的是，消灭了自己的恐惧，神兽并非无法战胜的。
第五十六回 召唤——第三只传说神奇宝贝
四件宝物集齐后，大士和真人带领他们到神圣莓的栖息之地，被称为“最接近天空的圣地”——西藏布达拉宫。四人分东西南北四面站立，准备开始召唤仪式。忽然真人示意仪式先不要开始，带无疆避开众人，告诉他：召唤仪式最重要的环节，就是通灵宝玉和奇缘金锁产生共鸣，但这也会影响到主人，宝玉和宝钗将会在仪式后爱上对方，你能接受这个结果吗？
无疆很诧异，但更为坚定地说：“现在世界面临危机，哪怕我们四个粉身碎骨都在所不惜，怎么会因为儿女情长功亏一篑呢？”真人赞叹他的魄力，于是四人开始仪式，念动咒语。
随着一道圣光刺破天际的阴霾，神圣莓从天而降，并且已经是觉醒后的形态——圣光在身体周围形成龙的形状。它用心灵感应告诉无疆，上古时期光明柠和黑暗豆就在争斗，愈演愈烈造成物种大灭绝，当时是它结束了大战，但没有杀死两只神奇宝贝，只是将它们封印在西川蜀道和光明顶。没想到为今天埋下了祸患，愿意和无疆一起平息战乱。
仪式后宝钗十分虚弱，宝玉关切地扶起她，无疆让两人赶紧回贾府修养，自己和神圣莓赶回京城。
第五十七回 神圣莓终裁黑暗豆 魏无疆一挫暗夜团
回到京城后，暗夜团愈加肆虐。但神圣莓一路势如破竹，所有神奇宝贝不能伤它分毫。直达宫廷，与黑暗豆展开殊死较量。暗夜团四头领助阵，但仍然不是对手，巨龙直接将黑暗豆吞没，令其失去战斗能力。天空重现光明。
神圣莓利用圣光的力量，超度了四头领和她们的神奇宝贝，永远地离开了这个世界。但此时谁也没注意到，暗中有一位身穿黑纱裙的神秘女子，拾走了落在地上已经破损的黑暗圣石，低语道：“没想到我一直以来的计划就这样失败了，但我还没输，圣石还有最后一种用途，我要让贾府给暗夜团陪葬！”
神圣莓经过这一战，同样元气大伤，用自己剩余的力量创造更强的结界，再次封印了光明柠和黑暗豆。让他们均衡地控制昼夜，而无法再次苏醒而争斗。封印完成后，自己回到布达拉宫的天空，归隐了。临走前赞叹无疆“有一颗无畏的心，是真正的斩邪剑主！”
