出乎桓温乃至所有人的意料，这场叛乱其实与海西公并无多大的瓜葛，也全无他等想象中的势大，一切都是一个名叫卢悚的人搞出来的。
卢悚，彭城人，天师道教徒也。其时天师道繁盛，不但拥有大量底层民众信徒，而且得到了统治阶级的尊崇，上至皇室中人，下至许多世家大族子弟，譬如琅琊王氏、孙氏（就是日后的海贼王孙恩所属的家族，孙家里头包括孙恩本人在内，很多都是天师道的重要成员）、陈郡谢氏、高平郗氏、义兴周氏等等，不一而足，皆奉其道义。只是其内部组织松散，良莠不齐之下，每多生事。
卢悚本不过是个普通教徒，然而此人脑子灵活，最擅搞事。拿今天的话来讲，这厮根本就是个妄人，他自称大道祭酒，在彭城聚集徒众八百多家，从此野心日增，生起了“做一番大事”的想法。
听说司马昱昏倒朝堂，卢悚立刻感觉到自己的机会到了，他先是派遣弟子许龙跑去吴县，寻机会接近海西公，诈称持有太后密诏，请司马奕复辟。司马奕倒是心动了一下，亏得家中有个侍女极有见识，劝道：“郎主当初就是因为皇帝的身份这才遭了祸，如今侥幸留得性命，如何还敢轻举妄动，自己惹祸上身？何况真是太后下诏的话，肯定会派遣相熟的官员前来，怎么能指望一个毫不相识的外人？此事定然有诈！”
海西公司马奕醒悟过来，于是向负责监视他的吴国内史刁彝告发许龙，结果许龙见机得早，脱身逃走了。许龙回来和卢悚这么一报告，卢悚顿时急了，然而这厮又是个胆大包天的妄人，不但没有逃窜，反而迅速调集了几百名死忠的弟子赶往建康附近聚集，伺机起事。
本来建康宫内有五千禁卫驻防，外城又有骁骑军梭巡，卢悚与手下的几百狂热信徒可谓全无机会。可巧司马昱病势加重，桓党与王党在建康城里展开了一番明争暗斗，结果便把五千禁卫给调去了京口，卢悚闻讯大喜，赶忙调兵遣将，整备武器，随时打算动手。
好消息接踵而来——司马昱突然驾崩，桓温闻讯自姑孰匆匆出发，百官尽数出城往新亭相迎，骁骑军更是全军龟缩在丹阳郡城里头，无一人外出。。。卢悚仰天狂笑：“此天助我也！建康空虚至斯，此时不动，更待何时？”当下拥集徒众，打起海西公司马奕的旗号，一举冲入了建康宫北门广莫门，四处烧杀起来。
王谢召集来护卫宫廷的内卫本就人数不多，今日又派了半数前去新亭，宫中所留不过百余，防卫薄弱已极；又遭卢悚贼众突袭，猝不及防之下丢盔弃甲，节节败退。好在内卫皆是忠心之人，虽败不乱，保护着太后与新君直退到了云龙门之后，仗着云龙门一带地势狭窄、宫墙高大，大伙儿先顶住了门，继而在高墙上射箭御敌，总算稳定了形势，没让贼众再杀进来。
内卫头领又派出几个身手敏捷的卫士，翻过墙头突围出去找骁骑军求援。结果今日骁骑军得段随下了死令，若非他亲自下令，任何人不得出丹阳郡城半步，违者皆斩！卫士们死活央求也无济于事，只好借了马匹赶来新亭求救。
事出突然，贼众们又到处点火，宫中早已乱成了一团糟，内卫们也搞不清到底来了多少叛贼，因此方才话里就讲得不甚清晰，这才让桓温“痛下决心”，派出了骁骑军入宫平叛。
结果段随急急赶回去，拉上部队疯也似地杀至建康宫，正打算血战一场，却发现敌人不但人数不多，战力也只是稀松平常，此刻久攻云龙门不下，反被射倒了不少，早就士气低落，阵脚散乱。于是骁骑军只一轮冲击，贼众便如冰雪消融，瞬间七零八落。
一炷香时间，建康宫里的叛乱即告被镇压。数百贼人十停死了八停，余人包括贼首卢悚在内，尽皆被俘，只有许龙发挥了其一贯高超的逃命大法，趁乱匿去无踪。
段随不敢怠慢，命令骁骑军众将士仔细搜寻宫中，以防尚有贼人隐匿；又分派人手四处灭火、清理宫室。。。忙了个不亦乐乎。
再后来桓温带着五百铁卫也赶到了；百官听说叛乱已经平灭，纷纷钻出头来，向着建康宫汇集；太后带着战战兢兢的新君回到太极殿，迎来了大司马还朝后的第一场朝会。
朝会开启，第一件大事自然是受命辅政的录尚书事、大司马桓温拜见新君。当然，桓大司马可不会毕恭毕敬地行什么大礼，反而是新君上前嘘寒问暖，一副诚惶诚恐的模样。桓温对新君的表现还算满意，撇撇嘴，说道：“温当择日前往高平陵，拜祭先帝！”新君唯唯称是。
大约司马昱觉着自己这皇位待不长久，去年甫一登位便着手修筑自己的陵墓高平陵，规模并不算宏大，到了这时也将将修成了。倒好！果然他一命呜呼，用上现成的了。王谢手脚也快，昨日连夜将司马昱的遗体送去了陵中，还美其名曰：“国家多事之秋，遵先帝遗愿，宜简葬。”桓温见不着司马昱最后一面，按礼总要去陵前拜祭一番。
大司马与新君交流已毕，接下来这朝会便与新君关系不大了，基本上成了桓温的一言堂。
卢悚竟敢冒天下之大不韪，聚众冲杀皇宫，可谓罪大恶极。桓温将其定性为“妖人”，即刻斩首示众，并诛其族；追随他的信徒同样推出斩首，一个不留；又派人前往吴县，追查海西公是否参与了此次变乱。
亏得家中有一位聪慧的侍女，海西公不曾稀里糊涂地跳上卢悚这艘小破船，又得吴国内史刁彝为他作证，桓温便不再追究。经此一事，司马奕越发小心谨慎，故意沉溺酒色之中，整日里喝得烂醉如泥，不问世事，免得朝廷再对他生出疑心。先前桓温诬他生了痿疾（阳痿），司马奕竟也甘于屈辱，但有妻妾生下孩子，他便全部溺死。时人闻之，皆心生哀怜，朝廷也不再对之防备。虽说过得如此凄惨，但也正因如此，司马奕居然活到太元十一年（公元386年）才去世，也算是善终罢。这些都是后话，按下不表。
桓温杀尽卢悚及其党徒，这还不算完。他借题发挥，又揪出了尚书陆始，以“替慢罪”（即玩忽职守罪）革职查办，打入大牢。陆始是江东望族的代表人物，与南渡大族素来不对付，也是桓温的眼中钉。这次桓温还朝，与王谢“暗战”了一番，自知暂时不宜去动王谢，可也不肯空手而归，便拿江东望族开刀。王谢保住了自己，也不愿再多事，何况江东望族与他们之间并不和谐，同样是一堆矛盾，于是便任由桓温出手不加阻拦，这也算是政治角力中的一种相互妥协罢。
大约桓温觉着收拾陆始这件事办得相当简洁顺畅，脑子一热，又顺带着处置了一帮与陆始交好的朝臣，多半属于江东望族，一桩卢悚案好歹让他铲除了不少异己，心中好过许多。
这一下江东望族不干了，纷纷跳出来指责卢悚之乱里头，禁军宫卫亦负有不可推卸的责任，这是盯上毛安之了。
桓温面色微愠，倒是没想到他等的反击来得这般迅速。毛安之可是桓温的左膀右臂，之后还要指着他控制建康局势，桓温如何肯轻易处置？沉吟了半晌，桓温突然嘴角一扬，高声道：“诸君言之有理，且罢去中领军、散骑侍郎桓秘诸般官职，以儆效尤！”
此言一出，江东望族们气焰顿消，再也无法挑刺。桓秘是中领军，照道理不论禁军还是内卫，统统由他掌管，正是毛安之的顶头上司；他又是桓温的亲弟弟，桓温把这一位推出来抵罪，于公于私，大伙儿可都没话说啦。
瞧着江东望族们吃瘪的样子，桓温脸上装出冷肃痛心的表情，心中却在暗暗偷笑，别看他“被迫”罢免了桓秘的官职，其实心中可没半分不快。
桓家几个兄弟之中，就数桓秘最不争气，既无镇守一方的才能，做个中领军也是吊儿郎当。譬如这回内廷之争，毛安之的禁军被赶出了皇宫，按理说这当口桓秘应该挺身而出，把内卫抓在自己手里，可这厮毫无作为，要紧时刻也不知在哪里花天酒地，让桓温失望透顶。
偏偏桓秘还自负才华横溢，目空一切，连桓冲也看不起，平日里说话行事更是处处令人生厌。桓温对他早就生了不满之意，这次狠下重手，可不光光是迫于江东士族的压力，说白了还是借机修理下这个让自己恨铁不成钢的弟弟，顺便又把自己大公无私的形象竖立起来了，何乐不为？
再处理了一些朝政，眼看朝会将散，桓温忽然从上首大步跨了下来。大伙儿吃了一惊，不明所以，就见桓温直直走到段随面前站定了，脸上看不出一丝表情。
又来了！百官再次紧张起来，心想：段随这厮真是晦气，看来大司马终究不肯放过他啊！
便在这时，桓温脸上突然绽出一丝笑颜来，缓缓道：“段随你平叛有功，好！好！好！”
群臣一片哗然：哦！倒是我想错了，原来大司马与段随和解了。
纷纷攘攘的朝堂之上，桓温的声音霍然拔高了八度：“段随与其部骁骑军武勇过人，忠心可嘉，当移驻彭城，清剿妖人卢悚残部，并震慑北地宵小，以彰我大晋国威！”
我去！这弯子拐的，也太大了点罢！好几个官员没能憋住胸中的闷气，咳嗽起来。大伙儿均想：就说嘛，这事哪能这么简单？大司马终究还是把段随调离建康，赶去了边关！诶，只怕这不过是个开始罢，日后有的是让段随好受的。。。
段随一滞，目光瞥处，似乎看到谢安微微摇了摇头，又似乎没有。
时间已容不得他多做考虑，桓温目光炯炯，仿佛就快看透他的心房！段随咬了咬牙，一拜到地：“谨遵大司马令！”
