大顺军进京后，最初，雷厉风行地向明朝贪官污吏追缴赃物，还是颇为赢得民心的。然而，不久，不少并没有什么劣迹的降官，也被拉去受刑。刘宗敏作为大顺军的武将之首，此时，忘却了事情有轻重缓急之分，忘却了潜伏在大顺政权之外的军事危机。他一面沉湎于追赃助响，以欣赏受刑诸官痛苦**声，一面沉湎于个人享受，仿佛大顺军占领了北京，整个天下就太平了似的。随着刑讯范围的不断扩大，京城内谣言纷纷四起，大顺军的声誉受到了严重的损害。一天，李自成语重心长地规劝刘宗敏：“目前外边谣言四起，我看追赃用刑要注意掌握分寸。你总得好好帮助我做个好皇帝才对啊！” 此时刘宗敏却把李自成的劝说当作耳边风，显示出毫不在意的神态，然后笑着说：“皇帝的大权归你，这拷掠之事就归我啦！一辈子来，我最恨的是明朝的狗官，恨不得把他们一个个全部杀光！”
李自成一直觉得刘宗敏跟随自己东征西战多年，忠心耿耿，战功卓著。既然他喜欢痛快地杀杀明朝贪官污吏，就随他去吧！
颇有眼光的宋献策和李岩却着急了，他们俩先私下交换了各自的意见。四月初九日，于是一块来找李自成说：“目前天下未定，各地的明军将领不少人还在观望和犹豫，更有不少人的亲朋好友在京都。刘宗敏将军大肆拷掠明朝降官，一旦传出京都，会使那些本来持观望态度的明军将领寒心，会使他们不愿意再向我们投降而更加义无反顾地反抗我们，这样的话，岂不是给我们四面树敌吗？请陛下三思！”
宋献策加重了语气接着说：“我们刚刚开创帝业，杀戮太重很不吉利，况且目前已有不少人受刑不过而亡。我昨天观天象时，只见日色无光，阴云聚集，一片惨烈，此乃不祥之兆。陛下，得赶快下令停止用刑啊！”
直到现在，李自成才真正意识到问题的严重性，顾不上时近黄昏，立即起驾去刘宗敏的官署，刚到官署门前，就听到一声声惨叫声从内院传来。走进官署，里面三个院子，至少关押着300余人，不少人正受着夹棍的刑罚。他眉头一皱，大步跨进刘宗敏的议事厅，只见厅内绸绫布匹及衣裳等物堆得触及了房梁。便问道：“已经追缴了多少赃银了？”
刘宗敏高兴地说：“嘿！光是我一个人就追出赃银达一千万两了！这些狗官，不打不会说实话，指不定他们还隐瞒了多少呢？”
李自成一听，摇了摇头，然后正色说：“不管各人缴了多少，必须立即停止用刑！这些人夹了这么多天了，也该放了！宋军师昨天观天象，说‘天象已经示警了’ ！”
一听这话，一看李自成如此正经，刘宗敏只好下令：“来人啊！将狗官们身上的刑具全部卸下来，把他们送回家。”
同时，牛金星作为大顺政权天佑阁大学士，动不动就以开国元勋自居，成天不是忙于筹备登基大典，就是准备重开科举，招揽门生。耳朵里整天就是飘进的阿谀奉承，身边围着转的都是一些明朝的封建文人。一出门，便是八抬大轿，前呼后拥，真是个太平宰相，悠哉游哉的。
颇有远见的李岩，此时已不太受李自成的重用，他只得洁身自爱，约束部下不去惹事生非罢了。进驻京师的40万大顺军，见刘宗敏等众位将领一个个占宫室，娶妻妾，只顾享受荣华富贵，便渐渐地无视军纪军规和禁令，开始掠夺民财和强抢人家妻子了。一时间，刘宗敏每天只忙于下令处决那些违反军纪，骚扰百姓的义军败类。到了后来，当李自成重申禁令时，竟有人说：“你做了皇帝，我们还不得点金银财宝、美女佳人吗？我们造反图个啥呀？不就是为了能活得舒服些吗？” 于是各将领都无法弹压和约束手下掳掠百姓的行为了。大顺军将士一方面大肆地抢劫百姓，惹得百姓怨声载道，人心惶惶，不少人甚至开始怀念明朝了；另一方面，则贪图安逸，思乡厌战。成天只是饮酒作乐，根本无心操练。
这样的军队，战斗力从何而来呢？
当初，吴三桂奉旨入京救援，当他率军星夜兼程赶到山海关时，大顺军就已在北京城下，并把北京城围得水泄不通。就在他犹豫不决之际，3月19日大顺军一举攻破北京城，崇祯皇帝自杀身亡。于是，吴三桂分兵镇守山海关，一面防止关外的清军，一面观察大顺军的举动，伺机而定去向。这时，满清王朝也极力招降他。李自成率军进京后，得知吴三桂的爱姬陈圆圆和父亲吴襄均在城内。立即令部将把吴襄请来，隆重地接待了他，然后，请求他给吴三桂写信，劝吴三桂认清明朝已经灭亡的事实，大顺政权正如日中天，及早投降大顺政权，是最好的出路。大顺政权将给他们父子封侯， 为了民族利益，共同抗击清军。
吴三桂看完信后，一想，父亲写的很有道理。自己只有3000人马，要打既不可能打得过大顺军，也不可能打得过清军。山海关历来都是兵家必争之地，迟早都得投降，投降清军，有失体统，将会得到后人耻笑，那么最好也就只有向大顺政权投降，更何况自己的爱姬和父亲目前均在大顺军手里。又见李自成给他送来了4万两饷银，喜不胜收，当即决定接受银两，投降大顺。
李岩清醒地认识到，山海关的战略地位和吴三桂目前的重要性。如果吴三桂归了李自成，那么大顺政权在山海关就多了一道十分重要的屏障，使清朝兵马不敢轻易攻进关内；但如果他投降了满清，双方联兵南下，就马上危及刚刚立足于北京的大顺政权。于是，进京后，他立即给李自成上疏：“陛下， 应尽快遣使招抚吴三桂，并且尽可能地善待吴襄及其家属，并允诺封他们父子为侯，只有这样，才可能平息干戈之乱。”李自成心想：自己横扫中原都易如反掌，击杀并招降了难以计数的明将，难道怕一个小小的明军将领吴三桂吗？李岩，现在怎么回事，北京都给攻下来了，而对吴三桂这么推崇呢？真有点大惊小怪，小题大作了吧！于是说：“知道了。”随后，把明朝降将唐通叫来，令他速去山海关，招降吴三桂。
对于吴三桂的问题，李自成既没有高度重视，同时，刘宗敏却把事情弄得更加一团糟。原来刘宗敏听部下说吴三桂的爱妾陈圆圆长得真是天资国色、倾城倾国般美丽，于是就想得到她。便派部下把吴三桂的老父亲抓来，不仅逼他交纳赃银，而且逼问陈圆圆的下落。吴襄经不起刑罚，于是一面令家人送来了5000两银子，一面告诉刘宗敏说陈圆圆早就给送到山海关外宁远去了。现在这个年代，兵荒马乱的，说不定就已不在人世间了。刘宗敏根本就不相信，一面给吴襄加刑，一面仔细地搜索，竟真把陈圆圆给搜了出来。刘宗敏喜出望外，把陈圆圆抢入内室，据为己有，真是好不得意。
吴三桂本已决定归顺李自成，于是把一切事务交给唐通，自己带了一些人马返回北京而接受李自成的任命。当他走到滦州时，遇上了他的家人，得知老父亲受了重刑，同时爱妾竟然给刘宗敏掳去，顿时怒不可遏，立即重返山海关，没等唐通明白怎么回事就把他赶出了山海关，余怒未消，越想越觉得窝火，什么生死成败啦，什么民族利益啦！一切在他眼里都是瞎扯，最紧要的就是拼死也要为崇祯帝和老父亲报仇。自己的兵力显然无法跟李自成相抗衡，就打着“为崇祯帝报仇”的旗号，并向满清投降求援。
4月11日，京城里一时谣言四起，人心惶惶，什么吴三桂投降满清啦，什么清军南下啦等，连李自成都给弄得稀里糊涂，惊疑不定。吴三桂不是已经向我投降了吗？不是已经在来京师的路上吗？他怎么又会出尔反尔投降满清呢？ 经查实， 原来问题出在刘宗敏身上，一时间，李自成恼羞成怒，要立即把刘宗敏处死，因大顺众将苦苦相求，免刘宗敏死罪而狠狠地训了他一顿。又令人立即把吴襄给放了，并设宴劝慰了他一番。
吴三桂既然已向满清投降了，满清必定南下，这场战争已不可避免地到来了。当然兵来将挡，水来土掩，但又由谁去领兵挂帅呢？于是他便去刘宗敏、李过等府第探访。他们目前一个个变得懒洋洋，气喘吁吁的，身体也因享受安逸而已发福。李自成这时深深地叹了一口气，还是自己亲自挂帅亲征吧！
4月13日，李自成亲自挂帅，率刘宗敏、李过等6万大顺将士并带着吴三桂的父亲吴襄从正阳门启程向东直奔山海关而去。令牛金星和李岩留守北京。刚出北京时，见李自成神色相当凝重，刘宗敏不由得小声对李过说：
“一个小小的吴三桂，有啥大不了的！哼！要取山海关，还不是举手之劳之事吗？”轻敌之意溢于言表。
大顺军飞速进军：
4月14日，到通州。
4月15日，到密云。
4月16日，抵密云。
4月19日，直指山海关。
闻讯后，吴三桂极为惊恐。他一连8次派了使者向清军乞求援兵。
就在上个月吴三桂奉旨回援京师撤离长期镇守的战略要地宁远（今辽宁兴城）时， 清军趁机攻占了宁远。4月7日，清朝摄政王多尔衮也亲领大军从沈阳启程，陈兵关外，以窥视局势的发展。4月15日，多尔衮收到吴三桂第一封求救信。4月20日清军到达连山，吴三桂的求救信又接二连三地送到了多尔衮手中，清军于是星夜兼程，从宁远直奔山海关。然而，就在这时，多尔衮没敢下最后决心。因为他从来就不敢轻视大顺军的战斗力。曾经是农民军的老对手，后又投降于清朝的洪承畴对多尔衮说：“昔日明军的确无能，但李自成的军队远远胜过明军，我深知其厉害，我们千万不可掉以轻心。”
就在进军山海关的路上，多尔衮还一边和其兄弟豫王多铎、英王阿济格讨论说：“李自成乃大智大勇之人，常人无法望其项背，我们千万不能轻敌，更不可以轻举妄动！”
4月21日多尔衮把大军停屯在山海关外60里处，不急于和吴三桂合兵，而等待事态的发展。就在同一天，大顺军到山海关下。李自成得知吴三桂尚未和清军合兵，心中稍稍宽慰了一点，于是决定速战速决，一举夺取山海关后，派雄兵驻守以抗拒清兵于关外。
一场决定命运的山海关大战终于拉开了序幕。
一向用兵如神的李自成把主力部队列阵山海关前，同时派唐通率兵2万骑，从山海关西的一片石的北出口，绕道从东夹击关外的西罗城，以断吴三桂退路，形成东、北、西三面合攻山海关之势。吴三桂不敌，立即败回城中。李自成立即又派数千骑兵飞驰到西罗城之北，正准备乘胜登城，被吴军发现，吴军赶紧调动大炮轰击农民军。大顺军竟一时未把西罗城攻下，两军于是相持起来。
4月22日，大顺军再一次向山海关的吴军发起了猛烈的攻势，从东、西、北三面围攻吴军，一时间，连营齐上，杀声腾腾，人喧马嘶，战鼓声响彻云霄。多尔衮再次接到吴三桂的求救信，于是率军移至欢喜岭驻扎（欢喜岭距关2里），看到山海关城里吴军大炮向东边清军方向攻击，不由得怀疑起来。便命令部下把清军的旗帜高举悬挂起来，仍旧不肯率兵轻易出击。
眼看，吴三桂就支持不住了。一望到清军的旗帜，他就率了几骑人马，拼死突围，风驰电掣般躲进清军营中。他一见到多尔衮，眼泪就像断了线的珍珠一样，哗哗地往下流，继而纳头就拜。多尔衮反而却不满地问：“既然一而再、再而三地邀我军进来救援，为何又不停往我军阵地轰击呢？”
“哪里敢轰击贵军呢？只是因为李自成大军已从南、西、北三向包围了我们， 坚不可摧， 并以万骑断我车路，所以我才发炮轰击的啊！”吴三桂急得顿足捶胸，再三辩白。
多尔衮终于点了点头：“既然如此，就算了吧！可是如果没有誓盟，我怎能轻易地相信你的诺言和诚意呢？并且闯军人多势众，在装束上与你的军队几乎就没有什么差别，很难分辨出来，为了避免误伤，为了表示了你真心投靠我清朝，这样吧，你及贵军任何将士均须按我军模样剃头束发，你看怎么样？”吴三桂听了，心想，多尔衮这老奸巨滑的家伙，要以剃头束发把我逼上绝境，让我无法反悔。唉，没办法，我跟大顺仇恨不共戴天，为了替父报仇，死不足惜，何顾剃头呢？于是咬咬牙说：“我实在是兵力太少，倒不是怕了那闯贼，才向贵军借兵的。既然如此，剃发就剃发吧！”
于是，吴三桂与多尔衮与按照满清的规矩，杀白马以祭天，斩黑牛以祭地，歃血为盟。吴三桂又闭着眼睛剃了头发。
在他们忙乎的同时，守关的吴军在大顺军的猛烈攻势下，已经发生了动摇。北翼城方面的守军，已向大顺军投诚。
清军终于迅速采取行动了。多尔衮以吴三桂为前锋，命英王阿济格率领万骑为左翼，进入北水关；命豫王多铎率领万骑为右翼，进入南水关；多尔衮自己则自领重兵压阵。
吴三桂重新入关城后，大呼小叫地命令守城将士赶紧照自己的模样剃头束发，来不及剃的，则用白束斜束领背，以示区别。
李自成遥望关城之上吴军怪模怪样的打扮，心中不由一沉。果然，急报传来，说清军已随吴三桂占领了山海关。李自成速命撤还已突进关外的军队，重新在关前列阵，从北山直到海滨，摆开一字长蛇阵，整军待战。吴三桂率军打头阵，起义军很快从两翼围吴三桂军数围，李自成急于求成，将机动兵力也投入战斗。
谁知两军激战至中午时分，山海关忽然狂风大作，尘沙遮日，咫尺间几乎什么也看不清。眼看吴三桂军就要给攻破，清军乘风沙之势派出万余骑兵绕出主战场，偷袭大顺军侧翼。一时间，只闻万马奔腾之声，大顺军还来不及作出反应，清军已经箭如雨下。大将刘宗敏虽然勇冠三军，可一时为风沙所蔽，躲避不及，被流矢击中，中箭落马。另外不少骁将，也负了重伤。这时由于清军的加入，双方的军事力量发生了逆转，大顺军只有6万，清吴联军却号称12万。李自成终于节节败退。
李自成在山海关一片石之战失败后，率大顺军退守永平。清军拨一万马步兵给吴三桂，吴三桂便有恃无恐尾随在大顺军之后。4月23日，双方再战于永平的红花店，大顺军又不支而败。在范家店，李自成恼羞成怒，一声令下，斩了吴三桂的父亲吴襄，收集败兵，撤回北京。
李自成还没有回来，大顺军战败的消息已经像插了翅膀似地传遍了京城。京城中谣言纷起，有的说吴三桂是奉了明太子手令，要攻进北京重继明朝大统的，甚至还有人暗地散发一篇檄文，声称要“共辅太子”。一时京城人心开始动摇不定。一些明降官偷偷潜逃出城；已经投降的明军将士也军心不稳起来，无数兵卒带着金银财物四散逃亡。
4月26日，李自成终于败回京城。
这一天，大顺政权的一班文臣武将聚在宫中，面面相觑。李岩先暗哑地开口说道：“目前军情已是万分紧急了，恐怕京城已经难保。请陛下及早准备一切，万一大势有变，就迁都西安，退守关中，或者今后还可以卷土重来。”
牛金星看了眼李岩，也对李自成说：“不管怎样，如今正式的登基大典尚未举行，我意陛下应尽早登基，以安定民心。”
李自成面色铁青，说：“现在别说民心，连军心都不可靠了。也罢，我自关中来，仍回关中去，先做个西北天子！昔日潼关一战，只剩下18骑，我李自成不是东山再起了，这一回不信会一败涂地！好，就依你们二位，赶紧准备登基大典，然后撤出北京。”登基大典是牛金星苦心筹备了一个月之久的，文武百官也早就把一应礼仪学习熟了。只是，在这种沉重的气氛下筹备登基，大家都没有了演习时候那种志得意满的心气儿。
4月29日，李自成于武英殿即皇帝位，心神不定地受了百官的朝贺。他头戴通天九旒冕，身穿滚龙织金袍，腰上扎了玉带，脚下穿着黑靴，俨然一副封建帝王的模样。但是他心中却极不自在，又不习惯于这身装束，只是勉强受着牛金星的摆布。
典礼虽说仓促，各项仪式却也一应俱全。追尊了李自成的祖上七代为帝后，册立了结发之妻高桂英为皇后，并且颁发了大赦令。
这天晚上，李自成又发了一道谕旨，劝令百姓出城。事实上，京城早已大乱了。明降军和大顺士卒全无军纪，肆行抢掠，满城哭声相闻。李自成及诸将忙着准备撤军，已经没有心思也没有精力来弹压了。吴三桂的人马则已迫近京城，攻城的炮声日夜不绝。
4月30日，李自成率大军押了几十车金银财宝，启程西行出京，令谷大成和明降将左光先率万人断后。临行时命人放火，烧毁了皇宫。为了延缓吴军的追击速度，大顺军一路上丢弃了许多辎重。从卢沟桥到固安一带，路旁扔了无数衣服财物，让吴军争相抢夺。从1644年3月19日进京，到4月30日撤出，李自成只在京城有过短短的40天帝王历史。十余年横扫中国而拥有天下，使得李自成及诸将士骄傲了，轻敌了。以至于胜利的红烛尚未燃尽，金銮殿的宝座还没有坐热，失败就无情地来叩打大顺政权的大门了！
五月初一，大顺军经过涿州，城内原来明朝的一批官绅竟紧闭城门，大军只好向南进发。五月初三，大军刚到定州，吴三桂军一路追杀而来，大顺军的殿后部队奋力阻击，结果谷大成战死，左光先则失足落马，大顺军一败涂地。五月初五，李自成率军到真定，所部士卒家属老幼参半，都已疲惫不堪。李自成亲自殿后迎敌。虽然暂时击退了吴三桂军队，自己却也带了箭伤。于是不敢稍留，立刻挥师过固关，退入山西，李自成命令李过率后营兵马严守关口。固关易守难攻，吴三桂的追兵到了关下，便不再追攻，原路返回北京。大顺军退入山西后，暂时稳定下来。7月李自成在平阳召开了一次军事会议，商议今后的对策。这时候，由于大顺政权的败亡，河南各地明朝残余势力又起，纷纷残杀大顺政权的地方官取而代之。李岩因而在会上提出，由他率2万精兵，前往河南平息叛乱，收复失地。李自成正在沉吟，牛金星却暗中连连向他使眼色。他便含糊地说，此事容后再议。
会后，牛金星钻到李自成的营帐中，故作神密地对李自成说：“我看李岩这个人不可靠！”
“何以见得？”李自成十分惊讶。
牛金星进谗言说：“李岩是个有雄才大志的人，早就不肯久居人下了。在北京的时候，他看主上在上谕中写了错误字，就背地里笑话过主上不通文字。平日主上与刘将军等不拘礼仪，坐则相压，行则相搀，他也看不惯！”
李自成听了，不动声色地笑笑说：“这也不算什么！你们文人还不都是一样的脾气？”
牛金星急急地说：“主上切不可掉以轻心。河南乃是李岩的故乡，百姓们一直都把‘李公子’和‘李闯王’二李并称，如果把2万精兵交给李岩，他羽翼丰满时就不可扼制了！”
牛金星见李自成依然犹疑不定，又阴险地加重了语气，说：“李岩还说过：‘十八子坐天下的预言也许落在我身上！’主上别忘了，他也姓李啊！ 他要是领兵反叛可不得了！”
李自成眉毛一挑，他最不能容忍的就是叛逆行为。这几天一路败逃，他的心情糟透了，一听说连李岩也有了异心，一时怒火攻心，愤愤地说：“他要反，还没那么容易！这事就交给你去办吧！”
牛金星得了这句话，几乎掩不住喜色，赶紧退了出来。原来，这牛金星一直忌惮李岩的才智威望在自己之上。别人看不清楚，那李岩是何等的眼光，岂能不知道？因而他干脆恶人先告状，除去这个眼中钉。次日，牛金星摆下酒宴，请来了李岩和弟弟李牟。他故作亲热地对李岩说：“我听说主上已有意让你率兵前往河南了，所以先设宴算是与你弟兄饯行。”李岩、李牟兄弟不疑其中有诈，坦然地把盏共饮起来。酒过三巡，牛金星突然发难，掷杯于地。事先埋伏于帐后的一群士卒手执大刀抢到席上，不容分说，就将李岩、李牟二人砍倒在地，当即身亡。
这件事一传出来，军中大哗，几乎所有的将士都不相信李岩会叛变。宋献策一向与李岩交好，听说了这件事后，激动地跑到刘宗敏处，流着眼泪说：“主上本来指望东山再起，如今却听信牛金星谗言，自相残杀起来。都督制将军李岩忠心耿耿，竟惨遭杀戮，怎能让人心服？”
刘宗敏的伤还没有完全养好，一闻此讯，目眦俱裂，他愤怒地叫道：“牛金星这狗东西没有一箭之功，竟胆敢擅杀两员大将，如果落到我手中，我非宰了他不可！”
这么一来，大顺军中开始将相离心，分裂的阴影越来越重。特别是一些在李自成起义后期加入的将领，更是人人自危，心想连李岩这样毫无过错的功臣都被诛杀，他们又如何能自保。结果，逃亡的文臣武将越来越多。
李自成面临的局势日愈严峻。他重新部署兵力，分路出师，自己则退守西安。
清兵在吴三桂的引导下大举入关，攻占了北京城，一路追杀大顺农民起义军又连连告捷，实在有些喜出望外。他们一开始还打着“为明帝复仇”的旗号，后来则干脆自己公然取而代之。
1644年9月，清顺治帝从沈阳迁来北京，定北京为清朝的首都。
但是，满清心里明白，李自成和张献忠不除，他们还是不能高枕无忧。张献忠仿佛是对满清挑战，于这年10月在四川成立了大西**，以成都为西京，以原来的蜀王宫殿为行宫，以王府正殿为承天殿，改元大顺，定国号为大西，称西王，命部下称自己为“老万岁”。而李自成仍踞守关中， 8月21日，还在西安为自己的诞辰庆祝了一番。在这两个义军领袖中，清摄政王多尔衮更不敢小觑的还是李自成。于是，清朝于10月下旬尽出八旗主力，合明朝降军，分两路向大顺发动了全面进攻。第一路是以和硕英亲王阿济格为靖远大将军，率领降将吴三桂、尚可喜等满、汉、蒙联军，由大同进发，穿越榆林入塞，进犯李自成的根据地陕北；第二路是以和硕豫亲王多铎为定国大将军，率领明将孔有德等满、汉诸军，先假作进攻江南，暗中却由豫北渡过黄河，直扑潼关。两路清军事先相约，在西安会师，均志在必得。临行前，多尔衮再三对部下说：“破了关中， 则大业可成！”
1645年的正月，大顺军与清军在潼关展开激战。大顺军将领刘芳亮奋勇抵抗，清军运来威力极强的红衣大炮攻关，双方苦战了3天3夜，均伤亡惨重。最后，大顺军终于支撑不住，潼关失陷了。这时陕北前线也激战正酣，李过、高一功率领大顺军，坚守榆林、延安一带，与清军各有胜负。不久，李自成得知阿济格即将由宁夏南下，知道连西安也守不住了，于是又焚烧了宫室，带着士卒和老营家属汇合从潼关撤回的部队约13万人，于正月十三日撤离西安，一路南下。
听说多铎已经攻占西安，多尔衮忍不住扼手称庆，喜形于色，连呼：“大业可成！ 大业可成！”为了保存大顺军的实力，李自成在南下过程中，一路汇合原来根据地的驻军兵力， 人马渐增至20万。然而，当李自成到襄阳之时，投机分子牛金星看到义军节节败退，大势已去，便悄悄逃走了。后来，他甚至还让自己的儿子、原任大顺**襄阳府尹的牛全当了清朝的小官。自己则龟缩于儿子的官衙内，逍遥地当起了老太爷。至此，李自成才追悔莫及痛恨自己不辨忠奸，误杀了李岩。
而李过、高一功在延安苦守了20余天之后，听说李自成已经南下，便突围而出，率军寻找李自成的大部队。
李自成这时对大顺军还是有信心的。大军虽然一路南撤，但他仍不忘整肃军队，增强战斗力。虽然遭受了极大的挫折，他仍然保持了昂扬的斗志，坚信自己会像以前一样再次从挫折中奋起。1645年五月初四，李自成率军进入了湖北通山县境内。途经九宫山时，他命令大军先行，自己率领养子李双喜等28骑登上山头，观察此山的地形，想看看有没有可能把这里作为休兵养马、东山再起的营地。但他看到此山虽然地势险峻，但人烟稀少，不易筹集兵源，便打消了念头，和众人一起往山下走去。
不料，阿济格所部的清军在山下与李自成的主力遭遇，而且击败了大顺军，只是没有找到李自成。清军从俘虏的士卒口中得知李自成带了20多个人上山，便循山路大肆搜索。
李自成遥见事态危急，仓促之间躲进了一个巨大的山洞之中。清兵搜到洞中时，没有发现里面有人。李自成一直等到清兵撤围，才从洞中出来，会合了李双喜亲兵刘伴当等五六个人，来到小沅堡，正巧遇上山洪暴发，阻住了去路，无法追上往通城的大队人马。李自成打算冲过沅口寨再作打算。不幸的是，就在沅口寨这里，一小股土匪发现了李自成的踪迹。为首的程九百并不知道他就是威名赫赫的李自成，只是觉得这人可能有油水可捞，便冲上去，李自成等人与他们且战且退，程九百沿途大呼，唤来其他匪徒联合追杀，终于在牛迹岭小月山下把李自成等人包围了。激战中，李自成与部下失散，他一个人驱马左冲右突，依然冲不出包围圈。他索性跳下马来，挥刀怒吼，奋起神勇，一连斩杀了几个狂徒。吓得其他匪徒连连后退。
但是，李自成自己也精疲力尽了。他倚在一块山石上，大口大口地喘着粗气。歇了一会儿，他又唤来自己的坐骑，翻身上马，打算夺路突围。正往外冲时，一只利箭射伤了他的肩膀，他翻身落马。
程九百一见，立即趁机冲上来，扭住了李自成。两个人展开了肉搏。李自成拼尽全力，终于把程九百压在身下，一只手去身后抽剑。宝剑太长，挂剑的环纽又是活动的，一时竟抽不出来。程九百则在他的身上乱蹬乱踢，狂呼“救命”！
就在这生死关头，程九百的外甥金华生猛扑了过来，从李自成的身后用铲子狠狠击向他的头部，鲜血顿时狂涌了出来。李自成再也没有力气站起来了！那伙匪徒一拥而上，举起了手中的刀剑。
这伙罪恶的匪徒，杀害了李自成后，瓜分了他身上的东西和战马，弃尸而去。
第二天，路过的农民发现了李自成的尸体，十分同情，用一领草席裹着，就近掩埋了。
曾经纵横天下使300年大明江山亡于一旦因而改写了中国历史的一代豪杰，就这样血洒荒山，抱恨终天！
李自成不幸遇难，对于大顺军主力来说，是一个意外的沉重打击。噩耗传来，满营聚哭。巨大的悲痛使得数以万计的将士们几乎不知所措。他们在通山、蒲圻境内，足足驻扎了3个月之久，才含恨离去。李过、高一功终于渡过长江，追上了原由李自成率领的大军。两路义军于八九月间相会于荆南的松滋。检点兵马，共有骑兵3万，步兵六七万，连同家属，总计有30万之众。只是在南下途中，汝侯刘宗敏、军师宋献策、总兵李光先战败被清军俘虏，也不屈就义了。
一直跟随李自成南下的田见秀含着眼泪把李自成留下的玉玺，郑重地交到李过手上。从此，李过担当起了主帅重任。
当时，明朝的宗室在南方又建立了一些小朝廷，史称“南明”。在民族矛盾首当其冲的时刻， 大顺军余部决定与南明的军事力量联合起来，共同抵抗清军的入侵，成为抗清的一支颇具威慑力的生力军。到了1649年，李过、高一功等相继病故，李过的养子李来亨等人还率领余部转战湖北巴东等地，不屈不挠地继续抗清斗争，被称作“夔东十三家”，最盛时人数达20万。李来亨还曾经在鄂西山区的兴山县茅麓山建立了抗清根据地，屯田练兵，坚持斗争达13年之久。
1645年11月，清顺治皇帝向张献忠下了一道招抚诏书，诏书中软硬兼施，威逼利诱，要张献忠“审识天时，率众归降”，但张献忠根本不理，怒扯诏书，挥师北上迎击清军。不料因奸徒向清军告密而走漏消息。12月，清兵在川北西充的凤凰山，乘大雾设下埋伏。等到张献忠率大军一到，清军将领雅布兰一箭射中张献忠的咽喉，张献忠当即落马。清兵乘机掩杀过来，大西军猝不及防，四散奔逃，竟没有来得及把张献忠抢回。当清军俘虏张献忠回营时，他受伤已重，虽然说不出话来，仍然瞠目怒视敌人。大西军已降清朝的一些将领，见状为之震慑，不由团团拜在他周围。很快，张献忠就壮烈牺牲了。张献忠的余部在后来的十余年中，也与南明合作，依然是抗清的一支中心力量。
清军一方面不遗余力地镇压农民起义军，一方面也用残忍的手段逼迫各地百姓臣服于清朝，开始了它长达260余年的统治历程。
就在距李自成横刀立马、驰骋中原恰好300年之后，就在李自成崛起的发祥地、陕北黄土高原一孔窑洞里，一位同样是农民出身的伟人也就是蒋家王朝的掘墓者和中华人民共和国的缔造者毛**主席悠然神往地赞叹道：
“吾国自秦汉以来二千余年推动社会向前进步者主要的是农民战争，大顺帝李自成将军所领导的伟大的农民战争，就是二千年来几十次这类战争中的极著名的一次。这个运动起自陕北，实为陕北人的光荣。”
