高阳公主的事情，也让李世民很是生气，加上身边本就不太好，又常服丹药，病倒在床。
武媚知道了辩机的事情，想去安慰高阳公主，却被拒之门外。
武媚在李世民的床榻之前，脸色很难看。
李世民拉着武媚的手：“朕知道你因为什么而难过，是不是因为朕此次处死了不少的无辜？朕知道你心地善良，那些侍婢，朕虽然下令处死，却还关在牢房之中，不曾行刑。朕会大赦天下，放她们出去，流放边境，永不准回来。”至于小环，是早已经秘密杀死，李世民觉得不管是因为辩机的事情，还是跟徐惠有关的事情，小环都是留不得的。
贞观二十三年（649年）三月十七日，李世民借着上一年冬季大旱，到此时才下了第一场雨，支撑病体到了显道门外，大赦天下。
三月二十三日，李世民敕令太子李治在金液门听政。
四月初一，李世民去了翠微宫，武媚依旧伺候在左右。
李世民感觉身体已经好不起来了，很是担心武媚将来的生活：“媚儿，朕走后，你想要一个什么样的生活？”
武媚苦笑着：“臣妾是陛下的嫔妃，还能有自己的选择吗？”
李世民道：“或许别的嫔妃没有选择，但你不一样。你姑且说来看看，或许朕能如你所愿。”
武媚本想说：“若是臣妾说想与李默在一起，陛下能满足吗？”又想着，李世民已经卧病在床，不想刺激他，便只是低头不语。
李世民猜测着说：“就算你想与李默在一起，朕也能如你所愿。”
武媚叹息：“阴阳两隔，又怎么能在一起？”
李世民笑了笑：“朕可以将你赐死，送出宫与李默合葬。”
武媚笑而不答。
李世民对李治说：“李世绩才智有余，然而你对他没有恩德，恐怕不能够敬服你。朕现在将他降职，假如他即刻就走，等朕死后，你以后可再重用他为仆射，视为亲信；如果他俳徊观望，应当杀掉他。”
李治流泪：“父皇，别说什么死不死的，父皇是万岁。”
李世民拍了拍李治的手：“哪一代的君王能活万岁的？现实的问题，还是要理智的对待。”
五月十五日，李世民任命同中书门下三品李世绩为叠州都督。李世绩接受诏令后，没有回家即去上任，心中却有几分不满，感觉是无过而遭贬，心中暗想：“难不成是皇上病重，病到脑子都糊涂了？陛下可不像是个是非不分的昏君。”
五月十八日，开府仪同三司卫国公李靖病情恶化，李世民命人将病中的他抬去慰问李靖：“卫国公乃朕生平故人，对国家有功劳。如今病到这种地步，朕为公感到担忧。”话下，流也跟着下来。
李靖反倒安慰李世民：“陛下，臣已经七十九高龄，此时走了，也是活到了尽头。臣能跟随陛下打下江山，又留下了实战经验的书本，也可以放心的去了。”话音落下，笑着断了气。
李靖的离世，让李世民很是伤心，使得病情加重，几日不进食，头发花白。
李治昼夜不离李世民身边的伺候着，一为孝心，二也能多看看武媚。
李世民流着泪说：“你这么孝敬疼爱朕，对政事的处理也很得当，朕死了也没什么遗憾了。你可还有什么事需要父皇为你办的吗？”
李治跪在地上：“父皇，可否将武才人留给儿臣？汉宣帝刘询将王政君赐给了皇太子刘奭，使得王政君日后协助汉元帝刘奭。”
李世民很是诧异：“王政君当时只是宫女，而武才人是你父皇的嫔妃，若朕就这样将她赐给了你，恐怕于礼不合啊！”
李治低着头：“义成公主先后嫁给启民可汗、始毕可汗、处罗可汗、颉利可汗（后三个都是启民可汗的儿子），从父到子，再到弟。”
李世民笑了笑：“那是突厥人的风俗，在中原，这种事情只怕是会引起一段不小的风波。只是，武才人确实不一般，若是能跟了你，倒也能对你有所帮助。问题的关键还不在于朕是否如你愿，一切都要看武才人是否愿意。”
李世民让李治先退下，把武媚叫到了身旁：“媚儿，朕死后，你将来可有什么打算？朕留住了你的人，但朕的心中一直都明白，你的心并不在朕身上。朕不想再勉强你，想在死后还你想要的生活。雉奴让朕将你赐给他，不知道你对他可有情？李默也并没有死，被朕用假死药送到了宫外。希望你能原谅朕的一点儿私心，想让你能陪朕到最后。不管你选择谁，朕都可以如你所愿。”
武媚很诧异的抬起头来，她很想选择李治，又不敢说，怕李世民会怀疑她与李治早就有私情，会影响到李治。
李世民微笑着：“看来你不好意思讲。这样吧，等朕死后，将你送入感业寺为尼。你再想选择谁，都由你自己决定。出家为尼，也算是脱胎换骨了。你也不必担心寺里寂寞，朕会选几个嫔妃与你一起去。你先把朕扶起来，朕给你写下一道密旨，必要的时候可以拿出来。”
李世民起床，写下了密旨：“朕准武才人武媚在自愿之时还俗，另行嫁人，任何人不得追究。”
他将写好的密旨交到武媚的手上：“到感业寺，你可带发修行。只怕是，你作任何选择，也需要为朕守丧一年。过去，是朕对不起你，希望朕的补偿不算晚。”
武媚很是感动的跪在地上：“谢皇上隆恩。”
随后，李世民又单独与李治说：“武才人是朕的嫔妃，若就这样赐给了你，只怕非议不少。朕死后，会留下遗旨，让武才人、柳采女、武才人身边的贴身侍女小翠和张氏到感业寺出家为尼。柳采女是朕从未宠幸又与武才人交好的嫔妃，也能陪伴武才人。出家后，也算是脱胎换骨，为朕守丧一年，可自行婚配。只是，不可勉强于她。若她愿意跟你，是你们的缘份；若她要嫁他人，你也不可追究。这世间，唯有‘情’字是皇命不能勉强而得的。徐充容对朕痴心一片，让她给朕殉葬。此遗诏要秘密进行，日后便说是徐充容因朕之死伤心欲绝，生无可恋而自尽的。其他无子嗣的嫔妃，还是依例居于崇圣宫（太宗别庙）。不需要安排过多的嫔妃陪着武才人，人心隔肚皮，安排得不好，会适得其反。”
有关徐惠，李世民想不声不响的把她带走，以免以后加害武媚。所有徐惠的罪行，也不公开了，以免破坏了武媚心中那点儿唯存的嫔妃间的真情。他情愿武媚日后知道了徐惠被赐死的真相而恨他，也不想武媚的心中为人心的险恶而凉透了心。
贞观二十三年（649年）五月二十四日，李世民病情危及，召长孙无忌到含风殿。
李世民躺在床上，一手握着长孙无忌的手，一手摸着长孙无忌的腮。长孙无忌无法自控的大声痛哭，使得李世民本想交代的事情也说不出口了，只好让长孙无忌离去。
五月二十六日，李世民自知时间不多，召长孙无忌与褚遂良到含风殿：“长孙无忌，褚遂良，朕的后事全部交给你们了。朕死后，你们要对太子善加辅佐教导，治理好大唐。褚遂良，长孙无忌对朕竭尽忠诚，朕能拥有大唐江山，长孙无忌出力较多，朕死后，不要让小人进谗言挑拨离间。”
李世民又对太子李治说：“雉奴，有无忌、遂良在，你不用为大唐江山担忧。日后有什么事情，要多与他们商议。朕死后，不可马上发丧。等你回京，一切安排妥当，再发丧即位，以保安全。”
随后，李世民命褚遂良草拟遗诏。遗诏写完不久，李世民就离世了。
李治悲痛，却只能隐藏于心，秘不发丧。
五月二十七日，李治起身往长安走，飞骑、精悍步兵及旧将领纷纷跟随。二十八日，李治到了京城，李世民所用的马车，侍卫兵如同平时一样，继太子之后到达京城，安顿在两仪殿。
李治任命太子左庶子于志宁为侍中，少詹事张行成兼任侍中，任命检校刑部尚书、右庶子、兼吏部侍郎高季辅兼任中书令。
五月二十九日，在太极殿发丧，宣示太宗李世民的遗诏，太子李治即皇帝位，后宫中除武才人、柳采女、小翠、张氏奉旨出家感业寺带发修行，韦昭容（韦尼子）等无子嗣的嫔妃均依例去了崇圣宫，徐充容赐自尽以殉葬。军国大事，不可停下不办；平常琐细事务，委托给有关官署。诸王在外任都督、刺史的，都听凭他们前来奔丧，但濮王李泰不在奔丧的范围内。废止辽东的征战及各项土木工程。
阿史那社尔和契苾何力将军，曾之前民间流传与武媚有染，且与李世民情意深重，请求殉葬，被李治驳回了。
去赐死徐惠的，是王伏胜。李世民在将遗诏给王伏胜的时候，将徐惠的罪行一一说给了王伏胜，并讲明了不处置徐惠的原因是因为顾及武媚的心情，让他把这些都告诉徐惠。
徐惠听后狂笑：“哈哈哈……我原以为一切都是我的计划周详，才没被陛下得知。哪知，全因为陛下对武媚的情深义重，连心情都要考虑得如此周全。陛下已去，我活着也没什么意思。”
