1998-1999赛季对于马刺队来说是一个非常特别的赛季，可以说正是在这个赛季，马刺队完成了权利的交接，大卫罗宾逊正式退居二线，主要做好篮板以及防守工作，冲锋陷阵则是由邓肯披甲白苏，银枪跨马。
这个过程其实并不如日后被人想得那样津津乐道，水到渠成，事实上，当年的罗宾逊才33岁，远远不到归田卸甲的年纪，放下权利的大旗就意味着从此与个人名誉无缘，将来会严重影响自己的历史地位，刚开始的罗宾逊并不适应，但是波波维奇和老板霍尔特找到了罗宾逊，忽悠，忽悠，接着忽悠，加上罗宾逊这个人确实不错，再加上邓肯那一段时间打得确实不错，这件事就这么定下来了。
本赛季邓肯场均21.7分11.4个篮板球2.5次封盖，这样的表现让他在当年的常规赛MVP的评选中位居第二，而罗宾逊则是场均15.8分10.0个篮板球2.4次封盖，邓肯场均出手16.9次，罗宾逊场均出手10.8次，上个赛季报销的艾奥利特本赛季复出场均11.2分4.3个篮板球和2.3次助攻，小将军约翰逊场均9.7分7.4次助攻，马刺在这个只打了50场比赛的缩水赛季里，拿下了37胜13负，与犹他爵士并列联盟第一。
季后赛首轮，马刺队的对手是新崛起的明尼苏达森林狼，整体实力占优的马刺3:1淘汰后者，这也是NBA进入二十世纪之后，最伟大的两位前锋邓肯与加内特的第一次对决，邓肯场均18.8分10.8个篮板球3.3次助攻3.0次封盖，投篮命中率46%，加内特则是场均21.8分12.0个篮板球3.8次助攻2.0次封盖，投篮命中率是44.3%，两个人算是旗鼓相当，加内特彼时是森林狼攻防核心，也自然是对手头点照顾对象，相比于邓肯，加内特出手更多，得分更多但是命中率较差。
马刺队次轮的对手也是一支刚刚重组完成的球队，洛杉矶湖人，彼时的湖人已经拥有了奥尼尔与科比两位基石，其他球员也都是非常不错的角色球员，此番大战，也是邓肯与奥尼尔在季后赛的首次相遇！很多人都期待着这是一次针尖对麦芒的系列赛，但是四场比赛过后，马刺以令人大跌眼镜的4:0横扫了湖人，马刺也没什么奇兵爆发，每场比赛也都打到了最后，就是比湖人强一点点，奥尼尔四场比赛场均23.8分13.0个篮板球1.8次封盖，投篮命中率是49.3%，邓肯场均29.0分10.8个篮板球2.0次封盖，投篮命中率是5.3%，邓肯稍占上风的原因就是大卫罗宾逊，比赛中马刺可以用罗宾逊来防守奥尼尔，但是湖人却找不到谁可以防住邓肯。
西部决赛，马刺的对手是老牌劲旅波特兰开拓者，跟湖人一样，四场比赛过后，马刺再次送给开拓者一个4:0，罗宾逊场均17.5分9.0个篮板球3.3次封盖，邓肯场均16.8分9.8个篮板球3.5次封盖，这一轮系列赛的一个关键人物就是埃利奥特，他在第二战中上演绝杀，比赛还剩下9秒钟，埃利奥特面对胳膊长度丝毫不差于邓肯的拉希德-华莱士的防守之下，身体失去平衡，踮着脚尖投中了压哨三分，马刺被开拓者按在地上揍了一晚上，最终一拳KO对手。
马刺队在……很久很久我都不记得有多久了之后，终于第一次杀进了总决赛，彼时，他们的对手是纽约尼克斯。
那一年的尼克斯堪称神队，他们常规赛是东部第八号种子，季后赛首轮与热火火拼，著名的“麦迪逊花园世纪大战”正是发生于此，范甘迪抱了莫宁大腿，拉里-约翰逊左右开弓最终把常规赛战绩第一的热火揍出了季后赛，随后他们又横扫了老鹰，4:2击败步行者，从而成为了NBA历史上总决赛顺位最低的球队。
尼克斯这一季走来伴随着神奇，但是他们的运气到总决赛就消失殆尽了，“纽约之王”尤因在常规赛便有严重的伤病隐患，但是那时候尼克斯战绩不好，尤因咬着牙带伤作战，最终一路打到总决赛，尤因终于倒下了，跟腱撕裂，赛季报销。而拉里-约翰逊的背伤发作，这也是他的老伤了，虽然强硬的大妈也是带伤作战，但是伤病严重影响了他的竞技状态，虽然尼克斯几乎是倒下了两元大将，但是他们还有“中投王”阿兰-休斯顿，“狂人”斯普雷维尔，还有在NCAA与邓肯齐名的马库斯-坎比。
总决赛首场比赛，邓肯大发神威，全场21投13中轰下33分16篮板2助攻2抢断2封盖1失误，替补席上的贾伦-杰克逊大爆发，上场25分钟轰下17分，而尼克斯只有斯普雷维尔和休斯顿在苦苦支撑，并且命中率并不高，两个人合力拿下38分却用掉了整整41次出手，还出现了多达8次失误，最终马刺队以89:77轻取尼克斯。
第二场比赛就如同是第一场比赛的翻版，不，事实是相比于首场比赛，马刺更强，而尼克斯更弱，全场马刺只拿到区区80分，但是尼克斯更差，他们仅仅得到67分，斯普雷维尔与休斯顿发挥正常，前者取下26分后者拿下19分，但是其他球员发挥极差，拉里约翰逊12投只有2中拿下5分，马库斯坎比9投3中拿下的6分已经是球队第三高分了，反观马刺，全队四人得分上双邓肯25分15篮板3助攻4封盖，罗宾逊16分11个篮板球，马里奥-艾利得到15分，奥里奥特拿下10分。
两场比赛过后，马刺取得了2:0的领先，但是最重要的是比赛看起来一点波澜都没有，尼克斯队被打得毫无脾气，但是在第三场比赛，尼克斯在主场为尊严而战，强硬地以89:81拿下总决赛首场胜利，阿兰-休斯顿轰下34分，斯普雷维尔取下24分，拉里-约翰逊打出了系列赛最好的一场表现，16投6中得到16分，防守中锋科特-托马斯成为了奇兵，出场17分钟抢下10个篮板球其中包括5个前场篮板球，而马刺队这边内线双塔合力拿下45分22个蓝把球，但是其他人发挥糟糕，得分上双的再只有小将军约翰逊1人（10分）。
这场胜利真的是尼克斯的强弩之末了，第五战，尼克斯主动变阵，他重用马库斯-坎比，而后者也不负众望，15投8中看下20分13个篮板球，斯普雷维尔轰下26分，阿兰-休斯顿取下20分，但是三人得分20 的表演依旧没能击败马刺，马刺五人得分上双，邓肯拿下28分18个篮板球，每到了季后赛总有发挥的马里奥-艾利这次成为了马刺奇兵，9投6中拿下18分6篮板4助攻2抢断，艾弗里-约翰逊，埃利奥特，和罗宾逊各自拿下14分，马刺96:89击败尼克斯。
最激烈的比赛来自于第六场比赛，斯普雷维尔天神附体，手感热的发烫，全场比赛还剩下47秒钟的时候，斯普雷维尔已经轰下了35分10个篮板球，马刺队此时以75:77落后2分，此时，埃利奥特把球传给了艾弗里-约翰逊，小将军三分线外一剑封喉，78:77，随后斯普雷维尔神奇不在，三分偏筐而出，邓肯在第五场比赛拿下31分9个篮板球马刺4:1击败尼克斯登顶总冠军，成为了第一支赢得NBA总冠军的前ABA球队。
五场比赛，邓肯场均27.4分14.0个篮板球2.4次助攻2.2次封盖，荣膺总决赛MVP，要知道，这才是他NBA生涯的第二年而已，大卫罗宾逊场均16.6分11.8个篮板球3.0次封盖，马里奥-艾利成为了球队第三火力点，场均能够砍下1.6分，艾弗里-约翰逊场均9.2分7.2次助攻，埃利奥特总决赛发挥不好，场均只有8.0分3.0个篮板球3.0次助攻。
埃利奥特在总决赛上惨淡的发挥其实一个伤病隐患，他的肾不行了，必须进行肾脏移植手术，8月份，埃利奥特成功移植了由哥哥捐赠的肾脏，半年之后，埃利奥特由回到了赛场之上，其坚强与韧性让人动容！
1999-2000赛季，邓肯场均23.2分2.4个篮板球罗宾逊场均17.8分9.6个篮板球约翰逊场均11.2分6.0次助攻，从迈阿密热火挖过来的替补控卫特里-波特场均能够拿下9.4分，重新回到赛场之上的肖恩-埃利奥，本赛季打了19场比赛，场均上场20.6分钟，能够拿下6.0分。马刺队本赛季取得了53胜29负的战绩，以西部第四杀进了季后赛，首轮对手是由贾森基德率领的菲尼克斯太阳。
就在马刺队准备季后赛对手的时候，球队传来噩耗，邓肯在一次扣篮中伤到了手腕，赛季报销……这些得了，别考虑季后赛对手了，还是让季后赛对手考虑你吧，最终季后赛首轮马刺1:3被太阳淘汰出局。大卫罗宾逊场均能够拿下23.5分13.8个篮板球和3.0次封盖，但是37.3%的投篮命中率证明他是真的老了。
