应该说国本之争与明代的党争没有直接关系，但是万历在国本之争的“软弱”表现，以及其后中央权威的缺失，为党争的兴起提供了温床。
在“静摄”期间，万历实施无为而治的方针，既不倚重阁臣，也不倚重太监，大家都没有什么权力，也没有什么事干，争吵的动机和载体没有了，自然也就没有什么争吵的必要了。
事实上，虽然万历躲了起来，群臣是不会闲着的，他们很快就找到了新的乐趣，那就是：“与人斗，其乐无穷”。
——党争的大戏开场了。
关于党争兴起的源头，明人自己有一个高度的概括：今日之争，起于门户，门户起于党争，党争起于东林，东林起于顾宪成。
下面我们就来源头看一看。
顾宪成是江苏无锡人，他是东林书院的创立者，而东林书院是东林党的发源地。
顾宪成的一生都在和人事打交道，他成为东林党的创立者，有其必然因素。
明万历四年（1576年），27岁的顾宪成参加乡试，取得了第一名的成绩，高中解元。在那次考试中，他的文章就阐述了选人、用人与治理国家的关系，可见他对人事的热忱，源远流长。
在人事上初试啼声，就一鸣惊人，步入仕途后，顾宪成在人事方面的表现更是不同凡响。
万历十年以后，顾宪成的大部分时间在吏部工作，在此期间，他积累了丰厚的人脉关系，也不可避免地参与了当时的人事斗争。
当朝廷上党争刚刚萌芽的时候，我们就看见了顾宪成的身影。万历十五年的京察大计中，顾宪成上疏言事，因“语侵执政，被旨切责”，并被贬为桂阳州判官，不久又 “擢升为吏部考功主事，历员外郎”，重新回到了他热爱的人事工作岗位上。
在文官集团向万历开战的时候，顾宪成显然也没有置身事外，当万历提出将三皇子并封为王的建议时，顾宪成上疏力阻，明史对顾宪成的记载语焉不详，却用大量的篇幅转载了这篇文章。
顾宪成在吏部的职务并不高，但能量却很大，《明史》记载：“二十一年京察。吏部尚书孙籥、考功郎中赵南星尽黜执政私人，宪成实左右之。”
从这个记载中我们可以看到，顾宪成作为一个小小的主事，却能够在幕后出主意，左右他的上级，去修剪皇帝的羽翼。
万历二十二年（1594年），顾宪成升任吏部文选司郎中，掌管官吏班秩迁升、改调等事务，这是一个很有实权的差事，顾宪成在这个岗位上，充分行使了他的职权，做出了许多令人惊奇的事情。
虽然他只是一个司长，但却能决定部长的任命，“先是，吏部缺尚书，锡爵欲用罗万化，宪成不可，乃用陈有年。”
首辅（锡爵）想用一个部长（罗万化），但是司长（顾宪成）不同意，于是只好任用他人（陈有年）。
顾司长不仅不把首辅当回事，还老跟皇帝过不去，“所推举率与执政牴牾”。
在封建社会，官大一级压死人，皇帝对臣子更是有生杀予夺的权力，然而这种情况到了顾宪成这里就完全颠倒过来了。
他不仅可以左右他上级和他上级的上级的意志，还可以任免他的上级，甚至还屡次与皇帝对着干。如果不是史书记载，我不敢相信有这样的事情。
这是什么人呀？他吃了熊心豹子胆了？
亲东林的《明史》不会为我们剖析顾宪成皮袍下面藏着的小，但是我们可以自己去分析。
思前想后，我认为只能有一个原因：他有自己的组织，因此有恃无恐。
有组织做靠山，一切都不在话下。
即使有危险，组织会出面保他；即使跌倒，组织会让他东山再起；即使爬不起来，组织仍能保障他的利益。
顾宪成冒进的行为方式，也为他找来了麻烦。
不久，首辅王锡爵年老引退，便命吏部根据品望推选六七位能够胜任首辅之职的官员听候点用。顾宪成等人违背皇帝的意思，几次提名的人，都是万历所厌恶的，万历认为吏部在“徇私”，在吏部的奏疏上批了“司官降杂职”五个字，矛头直指顾宪顾，给顾宪成降职处分。
关键时候，组织的作用显现了，许多大臣上疏申救，奏疏上百封，这使万历更加恼火，他显然己经感觉出了顾宪成和他的组织对他的挑衅。
万历一定在心里想，我就不信，我这个皇帝连个吏部郎中都办不了，我要办不了你，我这个皇帝就不当了！
于是，他以“忤旨”之罪将顾宪成革职为民，那些上疏申救的官员也都受到外放、降调、削职等处分。
皇帝真的恼了，顾宪成只好暂时服贴一下。
回到家乡以后，顾宪成并没有养望林下，短暂休整之后，顾宪成就开始以讲学为名，广交朋友，四处活动，他请进来，走出去，在自己住宅南边造了几十间书舍专供来人居住，还经常与苏州、松江、常熟、太仓、嘉兴、宜兴等吴中学者聚会。
随着活动量的增加，顾宪成迫切感到必须具备一个固定的讲学场所，从而将分散的讲学活动变成一个有协调组织的统一活动，从而增强社会影响力。
万历三十二年（1604年），经顾宪成等人的努力，官府终于批准在无锡城东门内的东林书院遗址重建东林书院。九月工程告竣，共用了1200多两银子。作为首倡发起人之一的顾宪成捐银最多，又去策动吴地官员和缙绅捐资助修，出了很大力。
顾宪成亲自为书院讲会审订了宗旨及具体会约仪式，这年十月，顾宪成会同顾允成、高攀龙、安希范、刘元珍、钱一本、薛敷教、叶茂才（时称东林八君子）等人发起东林大会，制定了《东林会约》，它规定每年一大会，每月一小会，除了严寒盛暑外，定期会讲。
东林书院从成立之初就不是一个单纯的学术团体，而是一个政治意图明显的在野人士俱乐部，它由一批心有不甘的在野人士发起成立，主要活动是学术搭台、政治唱戏。
明代官场各种复杂关系不断在东林书院交汇凝结。东林书院很快就发展成为各种关系的总部基地，编织成一个隐秘而庞大的关系网，每年一次的大会有时多达千人，积聚了很大的政治能量，从而吸引了众多在职官员参与其中，小官加入其中可相互取暖，大臣也愿意引以为后盾，形成了势力庞大的东林党。东林党是明朝党争的始作俑者，对明代政治影响深远。
东林党虽然站在道德的制高点上，以气节道义相号召，以君子自居，但有一点是可以肯定的，结党必定营私，结党必破坏平衡，无论古今中外，结党都不是一个好现象。
“风声、雨声、读书声，声声入耳；家事、国事、天下事、事事关心”这个漂亮的对联，也不能掩盖结党的消极方面。
事实上这幅对联是有毛病的，一个人要知所进退，尤其是在工作中要守“本分”，不该听的不要听，不该关心的事不要关心，不能“声声入耳”、“事事关心”。
“本分”二个字，可不是说着玩的，它是一种境界，也是一种修养，在一部分廷臣看来，顾宪成等人的问题，就在于太不守“本分”。
由于东林党人对政治生态平衡的破坏，威胁到其它非东林党人的利益，许多非东林党的官员为自保也纷纷以地域为单位，以高官为领袖，结成帮派，一时朝中宣党、浙党、楚党、齐党林立，他们联合起来打击东林党人，而万历皇帝也逐渐对东林党感到厌恶，因此，在万历期间，东林党使终在党争中处于下风。
一开始双方尚未在朝堂上公开交手，而是利用京察互放冷箭。
明代“京察”和“外察”是对官吏进行考核的两种制度。“京察”是考察在京任职的官员，每6年一次；“外察”是考核在地方上任职的官吏，每3年一次。一般是趁外官来京师朝见皇帝时给以考察。“京察”是根据官员的政绩、品行，来决定升迁、降调或罢官等奖惩。若是“京察”中被罢了官，就将终身不再起用，政治生命就此结束。
由于“京察”的致命性，常常成为官僚间互相斗争的一个重要场合，东林党和非东林党人开战以后，京察更是成为双方的主战场。
万历三十三年，主持“京察大计”的是东林党人都御史温纯和吏部侍郎杨时乔，他们借机把浙党官员钱梦皋、钟兆斗等人贬谪了。但南京的“京察大计”主持者则是齐、楚、浙党主持，他们也斥逐东林党的官员。
