就在万历亲政后不久，辽东一个二十五岁的年轻女真人也开始登上历史的舞台，几十年后，这位女真人将给万历带来很大的麻烦，而他所建立的后金，最终取代了明朝。这个年轻人的名字叫努尔哈赤。
辽东问题由来己久，明朝成立之初，派兵将蒙古人驱逐出东北，并将领土扩展到辽东地区，然而辽东地广人稀，又没有长城的保护，蒙古人站稳脚跟之后，就经常来劫掠一番。
朱元璋为解决此问题，采取的方式是建立宗藩，进行移民，强化辽东。
而通过造反取得皇位的朱棣以己为鉴，担心强藩在身后，会危胁皇权，因此他撤销了朱元璋在辽东的封藩，进行了战略收缩，仅在辽东占据了一些战略要地。
与此同时，朱棣采取“以夷制夷”的战略方针，扶持驯化南迁的女真人，将他们纳入自己的麾下，利用他们作为抵挡蒙古人的盾牌。
明朝安放女真人的大筐子是卫所，具体做法就是封女真人头领为卫所官员，将其统治合法化，并采用朝贡（实际上是女真以少量物质换取明政府大量赏赐）的方式对其进行补贴。
对于明朝来讲，此举既驯服了女真人，又加强了抵御赐蒙古人的力量，一举两得，不过朱棣没有想到，此举还是引狼入室，二百多年后女真人导致了明朝的灭亡。这是后话，暂且不提。
对于野蛮落后的女真人来讲，通过卫所与明朝确定关系后，摇身一变，成了天朝上国的公民，生活水平得到提高，还能获得赏赐，十分便宜。
最早南迁的是住在牡丹江和松花江交汇处的女真人两个部落——胡里改部和斡朶里部。
其中胡里改部南迁到绥芬河流域的凤州地区，其首领阿哈出万户到明廷朝贡，明成祖朱棣在胡里改部设置建州卫，任命阿哈出为指挥使，赐姓名李诚善，建州女真由此得名。
斡朶里部迁到斡木河（今朝鲜会宁）一带，后受到朝鲜的驱逐也来到凤州，明政府增设建州左卫，封其部万户猛哥帖木儿为指挥使，猛哥帖木儿就是后金建立者努尔哈赤的祖先。
明宣宗宣德八年（1433年），建州左卫因给明朝效力受到蒙古人毁灭性打击，猛哥帖木儿被杀，长子权豆被杀，次子董山被俘。此后其弟凡察继续掌管建州左卫，不久董山被赎回。
1442年董山和凡察为争夺建州卫指挥使的位置闹到明中央政府，明政府根据历史和现实分建州左卫，增设建州右卫。与建州卫合称建州三卫。
与此同时，海西女真也因受到野人女真和蒙古人的侵扰不断南迁，嘉靖时期定居在开原以东以北地区，形成叶赫、辉发、哈达和乌拉四部。
建州女真和海西女真在明朝中期定居以后，吸收了汉族先进生产力和先进文化，生产力得到发展，势力不断壮大，逐渐走上了蒙古人的老路，不时对明朝劫掠。明朝对女真的态度也逐渐由利用转变为遏制。
明朝遏制女真人的方式有二：一是军事打击，二是经济封锁。
如果某个部落不太听话或是比较强大，明政府就实行枪打出头鸟，挥舞军事和经济大棒对其进行“瘦身”。
除此之处，明朝实行以夷制夷的政策，对女真人采取分而治之，使其内部分裂，互相牵制，互相仇杀，以坐收渔翁之利。
建州女真离明朝最近，双方也最早产生磨擦。
土木堡事变后，建州女真不太听话，明政府先是采取经济手段进行遏制，于是其首领董山带兵在辽东地区进行抢劫。成化四年（1467年）四月，明廷以朝贡为名诱杀董山。九月，明朝和朝鲜联合进攻建州女真，建州女真受到沉重打击，力量大大削弱。
此后双方维持了较长时期的和平，经过一百多年的休养，建州右卫在浑河上游、建州卫在猪婆江又重新壮大。明政府再次采取限制措施，引起了建州右卫首领王杲的不满，隆庆时期，王杲多次打败明军，辽东形势危急。
同时，海西四部的力量也强大起来，其中以哈达部最为强盛，海西各部都服从哈达部首领王台。
