话说那颗菩提树被移到了另一个空间，这个空间灵气及重，而且此处时间流速也与外界不一样。菩提树在这里的土壤上茁壮成长，逐渐长成参天大树。五百年后开了花，又五百年才接了一颗菩提子。那菩提子又经过五百年从树上脱落化成了一个白发长须的老者。只见那老者忽然又成了少年；转眼又变成了美貌女子；一会儿变成石头；然后又成了飞鸟；最后又恢复成原来的老者。可是转瞬之间又到了九万里开外。"哈哈哈哈！恭喜道友现世了。”只见聂兴源飞身而来。“啊!前辈，这厢有礼了！”“莫要叫我前辈，你乃盘古之心所化，你若愿意，你我可成为生死兄弟。此空间叫做灵台，待你炼化便是这里的主宰。”“不知道兄源自何处？”“吾乃本元道人，师承上主大道。””啊！自然愿意！好！你我便是生死兄弟这里的大门随时为你打开”就这样，不时二人便相聚论道。因着老者自菩提树所出，便取道号作菩提。菩提潜心修炼终将此空间炼化，又化出一座山称方寸山，开辟一座洞府叫做斜月三星洞。
再说外界，因着罪恶满了人间，上主要毁灭世界，就让伏羲造了方舟，让他全家八口和各种在陆地上的动物进了方舟。之后发动了洪水，原先的盘古大陆裂开先，后来形成四大部洲“东胜神洲、西牛贺洲、南瞻部洲、北俱芦洲。”天上的窗户打开下起了极大的暴雨洪水泛滥在地上四十天，水往上长，把方舟从地上漂起。水势浩大，在地上大大地往上长，方舟在水面上漂来漂去。天下的高山都淹没了。
水势比山高过十五肘，山岭都淹没了。凡在地上有血肉的动物，就是飞鸟、牲畜、走兽和爬在地上的昆虫，以及所有的人都死了，只留下伏羲和那些与他同在方舟里的。水势浩大，在地上共一百五十天。上主记念伏羲和伏羲方舟里的一切走兽牲畜。叫风吹地，水势渐落。渊源和天上的窗户都闭塞了，天上的大雨也止住了。水从地上渐退。过了一百五十天，水就渐消。方舟停在亚拉腊山上。
水又渐消，山顶都现出来了。过了四十天，伏羲开了方舟的窗户，放出一只乌鸦去。那乌鸦飞来飞去，直到地上的水都干了。他又放出一只鸽子去，要看看水从地上退了没有。但遍地上都是水，鸽子找不着落脚之地，就回到方舟伏羲那里，伏羲伸手把鸽子接进方舟来。他又等了七天，再把鸽子从方舟放出去。到了晚上，鸽子回到他那里，嘴里叼着一个新拧下来的橄榄叶子，伏羲就知道地上的水退了。他又等了七天，放出鸽子去，鸽子就不再回来了。地上的水都干了。
伏羲撤去方舟的盖观看，便见地面上干了。上主对伏羲说：“你和你的妻子、儿子、儿妇都可以出方舟。在你那里凡有血肉的活物，就是飞鸟、牲畜和一切爬在地上的昆虫，都要带出来，叫它在地上多多滋生，大大兴旺。”于是伏羲和他的妻子、儿子、儿妇都出来了。一切走兽、昆虫、飞鸟，和地上所有的动物，各从其类，也都出了方舟。
