第一部分 魔族入侵神州大地
被邪神元灵选为载体的程驰，从盘古大陆，穿越到了神州大地。
恰巧介入了人族和魔族，十年一次的比试。无意中救下了神州武者伊世狂，并且更加无意中杀死了魔族武者加耶罗。
程驰还没接受自己进入神州的事实，就和伊世狂，被因为加耶罗血液吸引过来的金顶蜈蚣吞食。在金顶蜈蚣体内，程驰无意中用战魂刃，击中了金顶蜈蚣的元丹，而将它的修为和能力全部吸收，化为己用。并因此而得救。得救后，伊世狂开始对程驰的身份感到怀疑，经过简单的试探，决定将程驰留在身边观察。程驰也从伊世狂那里，了解到了，神州大地以及人族与魔族的一些事情。
伊世狂带着程驰决定离开枯骨大漠，怎料遭遇了独角龙蜥的袭击，无奈，伊世狂只能打破，被程驰发现的那个石壁上的小洞，和程驰逃了进去。进入深洞的二人，因诡异的箫声昏迷，醒来后，找到了一处密室——神魔绝域。而密室上的文字，竟是汉字。
程驰、伊世狂进入密室，陷入幻术之中。伊世狂及时惊醒，却被箫声再次震晕。程驰则沉浸在幻术中，被躲藏在那里的天医族叛逆，莫行善侵入意识海。侵入程驰意识海的莫行善，得知了程驰意识元灵中，邪神的存在。在邪神的威逼利诱下，莫行善决定帮助程驰提升实力。在帮助程驰锻造命脉的时候，莫行善被程驰的资质所吸引，决定收他为徒，继承自己的天医传承。
学习了莫行善所传的“造化三针”后，程驰为伊世狂疗伤，并助其突破为先天武者。伊世狂因要巩固修为，暂时不能离开神魔绝域。委托程驰去诤世宫报信。作为报酬，将“凌空虚渡”和“佛像乾坤”传授给程驰。程驰离开神魔绝域，遇到了一只偷吃烤肉的小兽，为他取名为辛巴。再与小兽争斗时，发现了重伤的剑飞燕。
剑飞燕看出了程驰所使用的“佛像乾坤”剑招，表明了自己的身份。程驰决定和剑飞燕一起前往诤世宫。还没等离开大漠，就遇到了前来大漠，营救加耶罗的加耀海。程驰利用枯骨大漠的特殊空间，激怒加耀海，成功将他引致独角龙蜥的居住地。利用独角龙蜥成功逃脱，但是辛巴为了救他，而陷入昏迷。
程驰带着剑飞燕来到凉关城，炼制避息丹，消除二人气息。在即将离开时，行踪被凌江王家的人发现，遭遇王家王沧海截杀。面对强大的王沧海，程驰断后，让剑飞燕去逐鹿都罚刑殿求援。程驰用计，打败王沧海。却被他一同拖入了深渊。在崖壁上，程驰发现了一处奇特的山洞，本想进入山洞，为王沧海疗伤，谁知，山洞中有一头飞翃，带走王沧海。
程驰因避息丹缘故，躲过一劫。原本准备离开的程驰，却被天庸城三人堵回，并得知，山洞中有一座古迹和道骨。为得到道骨，程驰在莫行善的指导下，利用飞翃与他们的争斗，从两名先天武者手中夺食。就在快要成功逃脱时，异变突生，程驰被吸附在了一扇石门上。从而进入了百花境。
在百花境中，程驰答应了百花天君的要求，帮他找到武器“风流”，并解封它。为了保证程驰乖乖听话，百花天君给他下了风流印，限期三个月。在百花天君留下的神识的帮助下，程驰与莫行善成功逃脱。
他们乘坐水雕，来到逐鹿都。程驰在为王沧海疗伤时，发现他原来是女子。王沧海醒后，径自离开。程驰前往罚刑殿，找寻剑飞燕。不料，因程驰修为进阶，导致避息丹失效。在罚刑殿，遭遇加耀海袭击。
程驰被加耀海控制的独角龙蜥吞掉，救出剑狼（剑狼重生，更名剑无痕）和神农司的百谷长老，剑狼因此获悉自己是战魂刃剑灵的事情，认程驰为主，开启战魂逆境。最终，罚刑殿被毁，众人仓皇逃窜。罚刑殿主南宫无忌，前往掌天殿求援，剑飞燕则和程驰前往诤世宫报信。（辛巴醒来，因吸收了独角龙蜥的元灵力量。）
前往九霄山的路上，遭遇伊绍齐的阻击，在魔族财心魔者的帮助下，擒获剑飞燕。要挟程驰刺杀赵云姬。程驰与赵云姬定计，引出伊绍齐，粉碎了他窜夺诤世宫宫主的阴谋。伊世狂的老爹伊浩然引咎自杀。
离开诤世宫后，程驰决定前往血魂沼泽（路上，移植道骨。需要几大条件。），帮百花天君找到武器。并且提升自己的实力。当自己赶到血魂沼泽时，早就聚集了大批的人马，说是发现了一处秘境。程驰猜想，应该是百花天君放置武器的地方。为了方便进入秘境寻宝。程驰加入了当地的一个一流门派——神农司（掌门霸丹青，女儿东方雪茹，神农司男随父姓，女随母姓。）。
成功获得宗主器重，并获得了进入秘境的资格。各方人马进入迷境，程驰结识一位好友，魏辛啸，并发现，魔族人也跟随进入，后程驰通过财心魔者荷思君，得知魔族此次行动，是受诏魔族巫祝（魔族巫祝，曾经为那个势力占卜过，知道百花天君与幽罗殿的恩怨。）的语言，前往这里寻找一件古书。
最终，程驰成功得到“风流”，并将它解封，只是却又将它封印在战魂逆境中。而魔族也顺利拿到了古书。
解除风流印的程驰，无处可去，只好再次回到诤世宫。正巧赶上，王家率众围攻诤世宫。程驰设法与赵云姬和伊世狂取得联系，前往春秋阁搬请救兵，终解诤世宫危机。同时，程驰等人也听说，加耀海正在枯骨大漠摆下擂台，疯狂屠戮前去挑战的神州武者。
伊世狂决定动身前往枯骨大漠，去杀加耀海。无奈，因剑飞燕的关系，程驰只得跟随。伊绍齐再施毒计，将伊世狂孤身引出，使其中毒。决战之日，伊世狂毒性未除，依然与加耀海大战，最终落败身亡。
临终前，伊世狂将整个诤世宫交予程驰，含恨而死。程驰发誓，必杀加耀海。就在众人沉痛在悲伤中时，魏辛啸前来诤世宫找到程驰。说有恢复枯骨大漠空间稳定的办法。只要恢复那里的空间稳定，先天强者，便可联合击杀加耀海。
程驰欣然答应，与魏辛啸前往地界苍幽死国，（队伍：程驰、魏辛啸、罗潇然【神农司】）寻找“大地金晶”，稳固枯骨大漠的空间。为进入地界，程驰前往掌天殿，向武尊求助。在楚鸿飞的帮助下，程驰等人进入地界。并在地界找到了楚鸿飞的生父，得知了武尊与他的恩怨。
程驰几人夜入魂霄城，盗取大地金晶，与苍幽死国一众高手，展开较量。最终安全离去。就在几人离去时，苍幽死国最高统治者地皇出现，露出诡异的笑容。
程驰等人归来，并带回了楚鸿飞的生父。楚鸿飞陪同生父离开掌天殿，而程驰则与魏辛啸前往枯骨大漠。程驰利用大地金晶，使枯骨大漠的空间稳定，并与菩提寺笑佛，联手击杀加耀海，成为神州英雄。
正当欢庆胜利的时候，枯骨大漠，幽暗之都的封印被魔族强行破开，魔族大军涌入神州。而此刻，掌天殿中，武尊正陷入往事纠纷，与楚鸿飞的生父对峙，分身乏力。一时间，神州大乱。
掌天殿瘫痪，魔族入侵。而此时，魏辛啸也表露身份，原来他就是魔族地者。一时间，神州毛头，全数指向程驰，说程驰造成了神州的灾难。程驰决心抵御魔族入侵，亲自号召武林同道，在王沧海的帮助下，集结武林人士，共同讨伐魔族大军。
稳住前方局势后，程驰与剑飞燕赶往掌天殿，解决纷争。掌天殿风波平息，武尊亲率重兵，与魔族在枯骨大漠展开大战。程驰等人纷纷加入战局。岂料中了魔族天者的计策，将神州重要人物尽数引入一处结界。
程驰等人在结界中拼死挣扎，利用天医眼，找寻除了阵眼，破阵而出，击溃了魔族大军。而在此时，神州外域的一流势力天墉城，突然发难。意欲将程驰击杀。程驰在追杀中，逃入神魔绝域，并获知神魔绝域的秘密。
天墉城掌教北冥胤，率众找到程驰，激斗中，所有人被卷入巨大旋风中，进入寂灭魔潭。程驰被带到了，寂灭魔潭的流放之地，被一位魔族人救下，亲眼目睹了魔族环境的恶劣与土地的贫瘠。看着忍受饥饿的魔族人民，程驰心中不忍。
惊喜的发现，魔族遍地丛生的杂草，竟是可以炼制珍贵丹药的材料。经过程驰的反复改良，终于研制出了十几种疗伤、养生等功效的丹药和药液。程驰找到天者，将自己的想法和天者说明，得到了支持。
就在程驰返回神州大陆时，遭遇了北冥胤和魔魂塔的围攻，地者为救程驰而死。程驰愤怒中再度突破，成为先天强者，击杀北冥胤与魔魂塔的始作俑者加纳伽（加耶罗的哥哥）。并重创魔魂塔，最后被天者阻止。
返回神州大地后，程驰将自己的想法与掌天殿说明，遭到了所有人的反对，最后，在楚鸿飞的帮助下，终于达成协议。由程驰亲自城里督委会，选取神州和魔族德高望重的强者坐镇幽暗之都，监督两族贸易。
程驰返回诤世宫，却得知剑飞燕，赵云姬被伊绍齐抓走。伊绍齐留信给程驰，要他前往神州已被望夫林逍遥崖。最后，荷思君和王沧海，决定一同前往。伊绍齐设下重重杀机，誓要将程驰击杀在逍遥崖。
程驰在荷思君和王沧海的帮助下，最终救出赵云姬和剑飞燕。而程驰的修为也进入了淬体境。程驰将诤世宫交给赵云姬，自己则决定返回盘古大陆。（在神州历时九个月）剑飞燕、荷思君则坚决，要求跟随程驰，一起去盘古大陆。程驰无奈，最终只能答应，带着二女一起回到了盘古大陆。
（1、神农司 2、神州医师（霸丹青和北冥棋【北冥不拓的大哥】））
