在国际刑警组织内开展国际侦查合作，必须遵循既定的运作程序，按照特定的渠道，履行特定的手续。
合作的程序主要有两种：一是请求程序，二是协助程序，两种都要通过本国的国家中心局来完成。
请求程序是一国的国家中心局将本国的警察机关或其他司法机关的请求传递给国际刑警组织总秘书处或其他有关国家中心局的步骤。国际刑警组织章程规定，国际刑警组织各国家中心局之间可以采取直接送达的方式开展联系，但在直接联系后要将其联系的内容呈递给国际刑警组织总秘书处备案。
各成员国在使用通缉手段时，必须首先确定通缉是必要的手段，然后再按照通缉的基本程序进行。
在涉外案件处理过程中，各国国内的各级警察机构或司法机构必须通过本国的国家中心局向国际刑警组织总部或外国警方提出合作请求，其具体的请求程序为：
1、由具体办案单位经一定级别的领导审批后向国家中心局提出具体的合作请求；2、国家中心局接到申请后，经研究认为确有必要向有关国家提出请求时，即由国家中心局负责起草请求文件；3、由国家中心局将请求协助的文件通过国际刑警组织的电讯系统或国际邮政系统发送到国际刑警组织总秘书处，或直接发送到有关国家并随后向国际刑警组织总秘书处通报备案。
协助程序是指一国的国家中心局收到国际刑警组织总秘书处或有关国家的合作请求后，对请求的落实与回复的步骤。国际刑警组织章程规定，一国的国家中心局在收到国际刑警组织总秘书处或有关国家中心局的请求后，应当在本国范围内进行协调，提供迅速而有效的协助。根据国际刑警组织协助办案的通例，一国应当对来自别国的请求要像对待本国案件一样优先协助解决。
具体的协调程序是：1、国家中心局将请求合作的文件转送本国的侦查机关，予以具体查证核实；2、侦查机关查证核实后将结果报告本国的国家中心局；3、国家中心局将协查的结果回复国际刑警组织总秘书处或有关国家的国家中心局。
国际刑警组织机构设置
国际刑警组织的内部机构由全体成员国大会、执行委员会、总秘书处以及设在各成员国的国家中心局构成，它们分别是国际刑警组织的最高权力机构、执行机构、行政协调机构和联络机构。
总秘书处的通常说法就是国际刑警总部，所在地是法国里昂。秘书长是国际刑警组织的最高行政长官，总秘书处下属的各机构都归秘书长领导和管理，现任秘书长是2000年11月在国际刑警组织第69届大会上当选的美国的罗纳德•肯尼思•诺布尔，他曾在美国司法部和财政部任职，并担任过纽约大学法学院教授。
为了适应同国际犯罪斗争的需要，总秘书处的内部机构设置一直处于不断调整与改革之中。近10年来，总秘书处下属的机构就有3次较大的调整。2000年诺布尔秘书长上任后，对原来的有关部门再次进行了重组和调整。调整后的总秘书处下设两大部门，即警务部和资源管理部。其中，警务部是总秘书处的业务部门，主要负责与警务有直接关联的业务指导、技术支持、情报分析、地区合作与协调等，警务部下设四个处，即国家中心局服务与I－24/7系统管理处、警务支援处、打击特种犯罪处和地区分支机构管理与协调处。资源管理部负责国际刑警组织总部的日常管理、财政预算、人事管理、信息系统技术维护等，资源管理部下设两个处，即管理与预算处和信息系统处。
