数千万年前，科普卢星区被一个自称萨尔那加的神秘种族所掌控。他们的科技十分发达，可以随心所欲的创造低级文明，也可在无限的星空中穿梭来往。
但太久的平静往往会带来战争！掌管死亡的黑暗萨尔那加埃蒙带领着一部分部下发动了被称为“灭世之战”的内战。
也许是数万年的和平让萨尔那加们放松了警惕，突如起来的战争让萨尔那加一族损失惨重，
虽然最后凭借着上古神器化解了这场内战，但剩余的萨尔那加数量少之又少，繁荣的科普卢星区也被战火摧残的满目疮痍。
强大而又孤独，也许是对他们最好的评价。
神器的指引让剩下的数百萨尔那加达成了一致的目标，放弃武装，一起重建这个星区！
他们在所到达的星球创造新的生命，他们试着创造出纯粹的生物形体，其中最成功的作品就是神族和虫族。
但事实证明，纯粹的生物形体是难以掌控的。
野心使得神族和虫族陷入大规模的战争中而无法自拔。萨尔那加给了虫族同化寄生主的本领，结果虫族却最终毁灭了萨尔那加。
剩余的萨尔那加在局势失控前逃到了萨尔那加的圣地-乌尔钠躲藏了起来。
在虫族开始将目标转向神族的时候，人族加入了战争。
人族是来自地球的流浪者。在地球第三次世界大战后，地球出现了联合政府，控制了大部分人口。
然而地球联合政府却是个专制而恐怖的政府，他们摧毁宗教及不同的语言，并将异己流放到星际中，这就是人族的由来。
被流放的地球人从冷冻睡眠后醒来，发现自己正遭到其他种族的威胁，只有选择战斗。虫族为了霸占整个星系，也将目标放在拥有智慧潜力的人族身上。
公元26世纪初。从地球流放出来的人类建立了数个政权，而泰伦联邦最终在凯联战争中取得胜利。
但此时地球上的国际组织地球联合理事会派出了一支远征舰队，意图扫清整个科普卢星区。与此同时，主宰率领的异虫也入侵了星灵的母星艾尔，但最终星灵杀死了异虫主宰。
艾尔上的异虫仍在肆虐，几只脑虫正在试图合成一个新的主宰。
为此，三族与ued展开了被称为“母巢之战“的旷世大战
神族的母星艾尔已经成为废墟，奥达里斯，泽拉图和阿坦尼斯带领幸存的神族一同转移至黑暗圣堂武士的故乡萨古拉斯。随后他们遇见了黑暗圣堂武士的首领拉莎加尔。
拉莎加尔告诉他们星球表面存在着一座萨尔娜迦人遗留的神庙，其威力足以扫净星球上的所有虫族。
同时，莎拉·凯丽甘告诉神族一个新的主宰正在诞生。于是神族被迫联合了凯丽甘一同寻求两块激活神庙能量所必需的水晶。
当他们返回时，奥达里斯发动了一场起义对抗黑暗圣堂武士与凯丽甘的联盟。然而起义失败，奥达里斯亦被凯丽甘所杀。
此时神族终于明白了凯丽甘的真正意图是使萨古拉斯上的脑虫死亡，使她自己得以控制虫群。
尽管获知启动神庙将会使凯丽甘如愿以偿，神族此时没有其他的选择。阿坦尼斯和泽拉图最终启动了神庙，扫净了莎库拉斯上的全部虫族。
地球联合理事会的远征舰队进攻人族帝国。
舰队起初遇到了一位抗击人族帝国的特工萨米尔·杜兰，（其实是黑暗萨尔那加埃蒙的手下）斯图科夫将其视为一位特殊顾问。舰队在杜兰的帮助下取得了第一次胜利。
UED很快在前人族联邦首都行星塔桑尼斯上发现了“幽能干扰机”——一种可以干扰虫族通信的设备。
杜兰说服了杜格尔司令将其摧毁，但在最后关头斯图科夫将其制止。
远征军随后开始进攻人族帝国的首都柯哈行星。
击败了行星上的守军，但蒙斯克本人却被吉姆·雷诺率领的一支小型神族舰队救走。
UED跟随他们到了艾尔行星，但由于杜兰擅自离守导致行动遭到虫族的严重干扰，蒙斯克趁机逃脱。
杜兰此举震惊了斯图科夫，再加之杜格尔并未意识到杜兰的背叛，斯图科夫独自率领了一支分队重新建造幽能干扰机。
杜格尔却听信了杜兰派其杀死了斯图科夫。
临死前斯图科夫说出了真相：杜兰是真正的敌人，他在为莎拉·凯丽甘服务。
随后挫败了杜兰摧毁幽能干扰机的阴谋，杜兰逃脱。
借助幽能干扰机的力量，远征军终于在查尔行星上的虫族世界中使用强有力的药剂俘获了正在成长的新主宰。
野心让一切变的不再那么简单，三族虽然联手击退了ued的攻击。
但在对塔萨尼斯的攻坚战中，人类元首蒙斯克不顾游骑兵领袖吉姆雷诺的反对下抛弃莎拉.凯瑞根，导致了她被虫族感染，成为了虫族新的统治者。
莎拉.凯瑞根很快便获得了虫族的完全控制权。
并带领强大的虫群撕碎了由残存ued，泰伦帝国和星灵黄金舰队的进攻，成为了星区内真正的统治者。
ued远征军被异虫彻底消灭，人类元首蒙斯克返回了克哈重建他的帝国，星灵大主教阿塔尼斯也回到萨古拉斯重建星灵一度辉煌的文明，而泽拉图和吉姆.雷诺流浪在星空之中寻找着属于自己的答案。
在母巢之战的四年后，吉姆?雷诺和他的追随者组建了反抗组织游骑兵，他们乘着休伯利安号发动对阿克图尔斯?蒙斯克元首的革命，而后者通过宣传与恐吓手段，逐渐重掌了帝国的控制权。
独自背负着悔恨的吉姆在酒吧遇到了成为逃犯的老朋友泰凯斯·芬利，并同意了他关于合作取回一系列外星神器，然后卖给莫比斯基金会的提议。
在追寻神器的过程中，雷诺逐渐发现除了他之外，刀锋女王凯瑞甘的虫群、星灵狂热分子塔达林等势力也在觊觎神器碎片，这令他对神器感兴趣的同时也越发困惑。在一次抢劫帝国的补给火车的战役中，雷诺偶然获得了一个老旧的联邦“副官”机器人，通过解锁机器人，他们掌握了蒙斯克利用异虫打击旧联邦首都的罪证。与此同时，数年未见的黑暗圣堂武士泽拉图突然登上休伯利安旗舰，带来一颗记录着有关末日预言的伊翰水晶。这段预言通过泽拉图的一段记忆体现在水晶中，雷诺通过萨尔那加的预言、星灵和异虫的历史、混合体的源头以及异虫主宰、刀锋女被创造的原因等重要信息得知凯瑞甘是避免异虫歼灭所有生命的唯一希望。
随后，雷诺先通过盗取“奥丁”进而制造混乱的一系列手段控制电台把蒙斯克的罪证发送到帝国的所有星球，使蒙斯克的政权遭受强烈动荡；就在他准备重新开始进行回收神器的任务时，莫比斯基金会的根据地收到异虫的攻击。为了不失去神器的买主他因此赶往该行星协助纳鲁德博士进行疏散工作，并取回基金会的资料。
在莫比斯大多数的科学家都被安全送出星球后，基金会幕后主使，即蒙斯克.阿克图尔斯的儿子瓦伦里安?蒙斯克主动联系他并透露手上的萨尔纳加神器碎片可以合而为一，在完整状态下启动可以使刀锋女王恢复人类身份。虽然吉姆一开始抱持怀疑，不过还是同意和瓦伦里安联手。在取得最后一块神器碎片之后，雷诺游骑兵与霍瑞斯·沃菲尔德将军顺利执行了净化刀锋女王的行动，在除去虫形的刀锋女王极度虚弱的时候，泰凯斯也最终暴露了他的本来目的：即遵照蒙斯克的命令铲除刀锋女王。在泰凯斯将枪口对准刀锋女王的时候，震惊的雷诺瞬间在二人之中做出了决定，在好友泰凯斯杀死莎拉之前先开枪杀死了他。
随着刀锋女王莎拉.凯瑞甘看似恢复的人类身份，虫群也陷入了分崩离析。雷诺帮助疲惫不堪又失去刀锋女王记忆的凯瑞甘逃离查尔。
但一切仅仅平静了数月，蒙斯克派诺娃带人抓捕凯瑞甘最终，雷诺掩护凯瑞甘逃走的时候失散了，凯瑞甘回到了休伯利安号之后搜寻未果，于是自己坐着运输机离开了休伯利安号。
之后凯瑞甘得知蒙斯克放出消息，称已经立刻处死了雷诺，为了复仇，她决心重新控制虫族。随后凯瑞甘逐一统一了查尔星上的虫族，并通过进化，技能，使虫族更强大。凯瑞甘还在泽拉图的提醒下，重回虫族的发祥地，击败了原生虫族，同时获取了那里古老的力量，而她也失去了人型，变回了刀锋女王的外形。但是她仍然保留着人类的理性以及对雷诺的感情。在返回自治联盟星域之前，她还去摧毁了混元体的实验室，在那里她又遇到了纳鲁德博士(杜兰)，在杀死纳鲁德时，她感受到了萨尔那加的强大力量，不过她认为眼下的主要任务是复仇蒙斯克。返回自治联盟的空域，她联系上了休伯利安号，在大副马特奥那的帮助下找出了藏着雷诺的监狱船，她亲率部队救出了雷诺，但雷诺见到她恢复刀锋女王的外观之后非常失望。
最终虫族大军攻入了克哈星——自治联盟的主星。蒙斯克企图用灵能机消灭虫族，但原生虫族的部队不受其影响，它们摧毁了干扰机，虫族大军顺利攻入了首都。这时，雷诺的部队也赶来帮忙，凯瑞甘顺利的攻入了蒙斯克的宫殿，此时蒙斯克十分淡定，因为他还有萨尔那加神器做最后的王牌。凯瑞甘几乎被神器杀死，在紧要关头，雷诺出现了，他击倒了蒙斯克，破坏了神器的操作装置，凯瑞甘则亲自对蒙斯克进行了灵能侵袭。一切结束了，雷诺和凯瑞甘站在宫殿顶，两人沉默了很久，最后凯瑞甘对雷诺感谢之后飞上了天空。雷诺也重新表达了对凯瑞甘的爱意。
这场大战数年之后，星灵大主教决心夺回故乡艾尔，在他把大批军队集结在艾尔上方之后，泽拉图带着关于末世预言的警告突然出现并劝阻阿塔尼斯取消进攻，但是形势已不可逆转，在艾尔登陆战获得全面胜利之后，泽拉图告知了阿塔尼斯关于净化刀锋女王的萨尔那加神器同时也是打败堕落的萨尔纳加埃蒙的关键。于是他们决定分头行动：阿塔尼斯率领黄金舰队留守并清理艾尔，泽拉图去找吉姆雷诺索取钥石。
但是泽拉图正准备出发时，阿塔尼斯突然失踪，同时所有的卡拉星灵全部被一股邪恶力量控制了，而这股力量来自埃蒙。泽拉图找到阿塔尼斯时，阿塔尼斯已经被埃蒙完全控制，为了让阿塔尼斯恢复清醒，泽拉图以生命为代价切断亚坦尼斯的神经束。清醒过来的亚坦尼斯佩戴了泽拉图遗留下来的灵能之刃，切断了一部分人的神经束，与未被控制的所有星灵启动了亚顿之矛世界舰，并且收编了战舰上的大量沉睡者部队，逃离了母星。
在以牺牲萨古拉斯为代价毁灭了艾尔的大量异虫后，阿塔尼斯一行又来到了克哈，从与帝国军战斗的莫比亚斯基金会的残党手中夺回了钥石，又率军前往了格拉修斯星球夺取被封锁的科技，并且通过宇宙裂隙发现了萨尔那加创造第一个生命的星球乌尔纳，该地区已被埃蒙的部队占领。
阿塔尼斯杀入神殿内部，看到了萨尔那加预言图，在这里他遭遇了和混合体战斗的凯瑞甘，两人联手一同进入了神殿的最深处之后发现大量被埃蒙杀死的萨尔那加的尸体。之后大量埃蒙的部队入侵，两人联军共同抵抗。与此同时，塔达林的高级领主阿拉纳克登上亚顿之矛，说服沃拉尊联手救出了亚坦尼斯。
之后，阿塔尼斯分别解封了被埃蒙虫族包围的古代的净化者军队，消灭了莫比亚斯基金会的混元体工厂，协助阿拉纳克进行拉克希尔仪式夺取塔达林首领的地位从而与塔达林成功联合。之后，凯拉克斯发现钥石可以暂时把埃蒙对卡拉的影响短暂关闭，于是他们利用这一点让黄金舰队全体人员切断神经束，从而夺回舰队并且摧毁了埃蒙的肉体。
虽然星灵重新开始重建家园，但是凯瑞甘发现埃蒙的意识还在虚空中存留，于是三族就此形成联军进入虚空，找到了幸存的萨尔那加奥鲁斯，得知了打败埃蒙必须获得萨尔那加的力量，只有凯瑞甘这样肉体和精神都达到巅峰的生物才能有能力承载这种力量。随后凯瑞甘汲取了奥鲁斯所有的精华，带领联军彻底摧毁了埃蒙。在最后的爆炸前，凯瑞甘对雷诺告别并让他离开，于是雷诺和其他人都离开了虚空之地。
两年后，雷诺在马萨拉的小酒馆里独自喝酒，变回人形的莎拉·凯瑞甘突然出现，询问雷诺是否愿意一起离开，雷诺欢心一笑，放下了手中的警长臂章，酒馆中只剩下两人一同离去的背影。
最后，人类与星灵建立起了和平的盟约，人类扩张了自己的领土，星灵也在艾尔上发展自己的世界。而异虫在扎加拉的领导下，也占领了查尔星周边的众多星球。但是再也没有人看见吉姆·雷诺，人们都不知道他去哪了。同时，人们也发现在宇宙中众多荒芜的星球上，产生了生机，这些奇迹是如何发生的，至今也无法解释。
但埃蒙真的被打败了吗？传说，他是管理死亡的使者。
