黄州城门紧闭，数名兵丁把守。府衙内，于成龙淡定饮酒，捋须端坐，倾听属官的谋议。属官皆认为起义军拥众十万，而黄州官兵二三百人很难力挽狂澜。三十六计，走为上策，不如及早退向麻城。于成龙正色而言：“黄州为湖北七郡门户，我师屯荆岳者数十万，水陆转运取道于此，且濒江而城，控制阻险，前倚兴宁庐阜，后压天堂金刚诸寨，虽只一郡，实为东南之关键。释此不守，则荆岳有狼顾之虞，七郡成瓦解之势，所系非仅一城已也。吾誓死不去此。”
于是，于成龙遣门下诸生征集各区乡勇，分守山隘，令逃兵不得与贼兵会合，余众皆随他征剿。
十一月二日，于成龙派飞骑禀告张朝珍，要求派兵驻防府城，并帮助剿抚第二次东山之乱，然后带领马步官兵二十二名向东山进发，黄州沦为空城。
于成龙表面从容自若，但实则忧心如焚。他在给张朝珍的信中说： “时事多艰，忧心如焚……府城空虚，人心汹汹，中怀忧虑。又恐一入山中，外寇难于照应，一身进退维谷，再四筹度，出其不意而临之，迅雷不及，事或可济。平黄兼以平麻安危之势，在此一举耳。”
于成龙派快马到武昌，请求巡抚张朝珍派兵增援黄州。张朝珍命令于成龙带一部分兵力出城剿匪，分巡道徐惺负责守城。黄州城里的百姓们都逃跑了，留下来的官吏兵民一共才几百人，几乎无兵可用。张朝珍派了两支正规军来增援，但数量奇少。于成龙能用的兵马，主要还是各区的乡勇、绅士、生员，另外还有刘君孚等几股投诚的民间武装。
十一月四日，于成龙轻骑潜行，孤军深入，到达贾家店，离起义军十五里。五日，黄协千总李茂升、把总罗登云、吴之兰率所部五十余人投见。各区长接到于成龙的檄文后也纷纷率领乡勇投见，一日之间征剿队伍增至二千余人。然后召开誓师大会，鼓舞士气。恰好谍报何士荣已到黄土坳，即派遣罗登云和张尚圣带领侦察小分队绕小径至黄土坳，探知何士荣动向，自己率领大队人马进发。
把总吴之兰带领五十名官兵从蕲州赶到，驻扎在段家店；千总李茂升带领五十名骑兵赶到黄州。于成龙和徐惺命令黄冈知县李经政带领生员曹从仁，征调一部分乡勇，自备粮饷，攻打阳逻的陈鼎业叛军。这支队伍于八日取得成功，擒斩陈鼎业父子，平息了阳逻局势。
十一月五日，于成龙率领千总李茂升、把总吴之兰、罗登云、齐安驿丞李德、候选千总刘先定、武举张尚圣等人，连同生员、吏卒共二十二人离开黄州，前去征剿何士荣。他一边走，一边派快马征调动员各处乡勇，并命令刘君孚率部进驻土皮冲、梅钿率部进驻八叠山、郑丹率部进驻平头山、童贵卿率部防守东义洲、萧有至（萧二至）率部防守罗田界、田榖伯率部堵截黄冈庙。
于成龙亲自撰写了多篇“檄文”，文辞慷慨激昂，真诚感人，号召各区乡勇行动起来，保卫自己的太平生活。要求各区精选武艺高强的青壮年乡勇，携带锋利武器，有火铳鸟枪的人家，一律持铳持枪上阵。另外，于成龙还有很实惠的政策，他给乡勇们发放误工费，先统一发放三天的费用，然后计日发放。这样，就刺激了各区乡勇的积极性，他们本来是“义勇军”，现在又变成了挣工钱的“雇佣军”。很快，于成龙身边就聚集了两千多名精壮乡勇。队伍齐整，纪律严明，和正规军没有什么差别。
何士荣起兵后，占据黄土坳，扎营西山。为了准备粮草物资，他们在附近抢劫焚烧了一些人家，失去了民心。于成龙闻讯后，派把总罗登云和武举张尚圣带领一队人马做前锋，试探何士荣的虚实，自己率大军缓缓前进。七日，侦察小分队与何士荣相遇。何士荣大为惊诧，没想到于成龙自作主张，擅离府城，数日之间，即兵进东山。虽然遇上小股部队，但不知于成龙到底带有多少兵马，所以不敢恋战，退入深山密林。于成龙飞骑至张尚圣营地，众乡民见于成龙至，皆欢噪请赏，于成龙两手空空，只有抚一抚他们的耳朵和鼻子，拍一拍他们的脖子和肩臂，以平易仁慈的仪容和落落有度的举手投足来安慰乡勇。乡勇们士气倍增，队伍迅速增至五千余人。大军驻于泊金寨。
七日，罗登云、吴之兰、张尚圣与何士荣的小股叛军相遇，交战一场，何士荣败退，藏入山寨，乡勇们缴获了很多兵器，初战告捷。 于成龙闻讯后，加速前进，抵达张尚圣的大营。乡勇们见于成龙来了，都激动地上前讨赏，于成龙没带银子，只能作精神鼓励，拍拍这个人的肩膀，摸摸那个人的鼻子，说了很多激励人心的话，提振士气。不久，各处乡勇纷纷赶到箔金寨，于成龙的兵力大增。
八日黎明，何士荣和鲍世荣、陈恢恢和李公茂率领起义军数万人自牧马崖分东西两路夹攻于成龙。
起义军手舞杂色旗帜，呐喊着似潮水一般向于成龙攻来。于成龙匹马仗剑，挡住营门，见东路起义军势弱，便当机立断，命令罗登云率领千名乡勇抵御，自己率大军挡其西路，命尚圣攻右，之兰攻左，自己居中。罗登云一路和起义军展开白刃战，起义军一个个舍生忘死，罗登云节节败退。于成龙刚刚冲出营门，吴之兰就被起义军一箭射于马下，登时毙命．整个部队乱了阵脚。起义军斗志冲天，鸟枪连放，保护于成龙的官兵纷纷倒地，处境十分危险，左右劝说于成龙暂避一下，于成龙喝叱道：“今日吾死日也，敢言退者斩！”说完一马当先，冲入起义军中，左右砍杀。
旭日东升，黄土坳上喊杀阵阵，刀戈“丁当”，鲜血喷溅，泊金寨百姓见乡勇势寡难支，纷纷鼓掌喧哗，为起义军呐喊助威。
于成龙情知事急，便吩咐左右传令士民，一齐呼喊“于糠粥在此，交械者免罪，胁从者无罪”。起义军闻听“于糠粥”三字，斗志大减。于成龙乘机对千总李茂升说：“我死可归报张公。”说完鞭马直前。李茂升被于成龙一激，勇气倍增，且恐怕于成龙有失，便对士兵振臂而呼：“岂有文官死而武官独生之理！”说完手持硬弓，发一箭，射倒起义军的大旗，起义军阵脚顿乱。激战中，李茂升坐骑被起义军刺死，他弃马步战，盔丢甲破，又挽马进战，短兵相接。起义军将他重重包围，让他顾于成龙不上了。正在这时，张尚圣西路军自右山绕出，起义军腹背受敌。何士荣命令起义军撤退，自己手执长矛断后。他的左臂已经断为两截，仍然坚持战斗，掩护起义军撤退，随后陷入泥潭，不能自拔而被俘。是日何士荣被押送武昌，被处斩。
鲍世荣、周铁爪率领起义军败退至白水石陂等地，于成龙乘胜追击十几里。李茂升传令埋锅造饭，少歇再战。于成龙对李茂升说：“白水石陂诸贼，本以士荣为盟主，今士荣既擒，诸贼胆落卷甲，急趋将自崩解，所谓破竹之势不可失也。若纵贼缓息，贼备更深，据险死敌，将何以为之?”这时，各营刚开午饭，于成龙命令将半生不熟的饭全部倒掉，然后向白水石陂开进。黄土坳一役，双方伤亡惨重，十分酷烈。
九日，于成龙兵进吕王城，料定鲍世荣、陈恢恢和李公茂不走龟峰山什子寨，必走商城英霍，因此分别派乡兵把守龟峰八叠山和通往商城英霍的水陆要道。
十一日，于成龙得知石壁的万野予造反，罗山的周铁爪等又群聚加入，并有广西孙延龄派的奸细孙麻子(自称孙将军)在内。黄土坳战败的鲍世荣、陈恢恢、李公茂也率众到达石壁。
十二日，于成龙与李茂升到达定惠寺，得知张朝珍派来的援兵于次日即到，信心大增，立即布置把守山口，将甑山河、燕子崖、龟山口、什子寨、八叠山、百神庙等地方封死。
十三日，官军和乡勇攻入石壁，大战一场，擒获孙将军、万野予。李公茂等人乘乱逃走，这股叛军基本上也被瓦解。官军乡勇继续搜捕，几天后先后擒获了李公茂、周铁爪、鲍世荣、陈顿彻、鲍自性、王子之等叛乱首领。李公茂被俘后撞石自杀，伤重而死，其余首领被押送到了武昌，不久全被斩首。
十九日，搜捕小股残匪的行动仍在进行，但东山叛乱大局已定，于成龙下令班师回黄州。他当时驻扎在麻城县黄市村，后世史家评价这场平叛战争：自出军至是仅二十四日，以乡民数千破砦党数万，不费公家粒粟，不烦师旅，徒手奋身、摧锋陷坚而奏肤功，近世所希也！
战争结束后，于成龙迅速解散了各部乡勇，给他们发放了赏银，同时又严厉禁止这些乡勇敲诈、抢劫、霸占叛乱人员及其家属的财产。在于成龙的感召下，隐藏在深山老林中的叛乱人员陆陆续续下山投诚，回归田园。
于成龙在黄市新桥路口的一块大石上勒石纪功：“龟山以平，龙潭以清。既耕既织，东方永宁。黄州太守于成龙康熙甲寅年。”
