【正文开始前发布声明：“神奥地区”是《神奇宝贝》第三部《钻石与珍珠》（简称《神奇宝贝DP》）中女主的所在地，而所谓的“樱花学院”是我自己原创的、所谓的“学院”虽然不知道原版《神奇宝贝》中有没有所谓的“樱花学院”如果有的话请指出来后我将会更改学院的名称，另外一点就是看过神奇宝贝XY＆Z的观众都知道因为种种令人惋惜且深恶痛绝的原因让小智得了亚军。但是我写的同人小说中小智得了冠军并且庆贺了一番，更重要的是我写的同人小说中曾经有一个名叫“黑暗神”的人对小智和皮卡丘说过：“小智已经是超越一般战神的超神战神了，只要小智和皮卡丘以后努力修炼的话成为传说中的‘黑暗战神’也是有可能的，而且‘黑暗战神’是战神的极限。”虽然“黑暗神”说了这番话但是小智没听到而皮卡丘却听到了故皮卡丘知道小智已经是超神战神了。但是小智自己却不知道自己已经是“超神战神”了，由于皮卡丘不会说人话故不能够跟小智说“小智已经是战神并且是超神战神”这句话，只能等到以后才会慢慢揭开面纱，特此发布声明】
正文开始
（真新镇......）
小智带着皮卡丘说：“妈妈，我出门了今天我要去大木博士的研究所一趟。”
花子说：“恩，路上小心一点哦，知道了吗？”
小智说：“我知道了。”话音刚落就出了门以飞快的速度向大木博士的研究所跑去。
（大木博士研究所......）
大木博士说：“小建啊，你说小智还会不会来这里啊？这都已经早上十点多钟了，如果再迟到了的话很可能就赶不上神奥地区的轮船了呢。”
小建说：“放心吧，博士，他一定会过来的，您看他就在那里。”小建指了指窗户外面正在狂奔的小智。
只听“轰”的一声，小智由于跑的太快以致于把研究所的大门都给撞坏了。大木博士吓了一跳，他们认为研究所的门坏了还可以去修理但是小智一旦出现了什么三长两短就麻烦了。于是大木博士便跑过去扶起小智便问他：“你没事吧小智，你还好吗？”
小智喘了两口气说：“我没事，倒是神奥地区的轮船时间还赶得上吗？”
小建并没有立刻回答小智的问题而是说：“现在距离神奥地区的开船时间还有半个小时，你从家来这里已经耽误了15分钟，如果再待下去你就只能坐长途汽车去了，我好像听你妈妈说过你坐长途汽车特别晕车的，所以说不是我们赶你，你应该抓紧时间去港口了，还是说让大木博士开车送你去呢？”
他问了问皮卡丘，皮卡丘叫了“皮卡皮卡丘”表示的意思是大木博士送，小智听懂了之后说：“皮卡丘说它希望能让大木博士送。”
博士听完“恩”了一声之后就说：“我明白了，那么你准备好之后我们就走吧。”
小智说了一声：“好，我明白了。”
但是在那之前他们看了看小智身上的东西：由于把研究所的门给撞坏了故现在的小智满身的玻璃碎片且衣服都让玻璃片扎出了一个个的小洞，他们怎么可能叫小智穿带着破洞的衣服到神奥地区去呢？故小智必须重新换一件衣服会比较好。于是小建就给小智拿了一套自己“拜托小霞和她的姐姐一起给他买并帮忙邮寄过来的短袖”让小智穿上之后她说：“这是我让小霞和她的姐姐一起给你买的，应该很适合你对吧？”
小智穿上之后感觉到非常合身，心想：小霞……吗？我不知道什么时候还能够继续和她一起旅行，希望以后能够有机会再和她在一起旅行吧。
等到一切都准备就绪之后，小智和皮卡丘上了大木博士所开的车，大木博士便把小智和皮卡丘送到了通往神奥地区的船上，在小智和皮卡丘坐下的那一刹那，时钟不偏不倚刚好指向中午十二点这让小智和皮卡丘都松了一口气：还好赶上了这趟轮船，错过了的话就只能等晚上十点那一趟了，据说要开两个多小时路程还是挺远的，所以说自己还是特别幸运的。
一段时间之后，小智和皮卡丘都顺利地抵达了神奥地区。
下了轮船后有一些人正在码头迎接小智和皮卡丘——这其中有所谓的“樱花学院”的老师兼副院长的、名叫“汉漠拉比”的人、汉漠拉比的手下即班长恺撒以及其他的伙伴都来到了码头迎接小智。
大家说：“欢迎小智和皮卡丘的到来。”
小智和皮卡丘都很惊讶，因为有很多人他都没有见过而那些人却见过他，这让他觉得自己有必要在这里好好地交一些朋友了。
小智和皮卡丘下了船之后同他们一一打招呼并说：“我叫小智（又称智爷和超级真新人），它叫皮卡丘（皮神），我是来自真新镇的神奇宝贝训练家。”
汉漠拉比说：“欢迎小智同学和皮卡丘的到来，我们这所学院名叫‘樱花学院’而我则是樱花学院的副院长名为汉漠拉比。”
小智说：“我明白了。”
皮卡丘也“皮卡皮卡丘”叫了五声表示“我也明白了。”
汉漠拉比说：“我们的教学资源非常丰富，你先试学一个月吧然后再做决定如何？”
小智说：“虽然不明白但感觉好厉害的样子，既然这样的话那我先试一下吧。”
汉漠拉比说：“恩，我知道了。”
为了让小智和皮卡丘了解红樱学院故汉漠拉比等人带着小智和皮卡丘在校园里闲逛，一路上由汉漠拉比、莉莉丝（原创角色，为汉漠拉比的人形神奇宝贝，她与人类一样拥有自主能力、自己的思想、能够做自己想做的事情等，但即使如此她也有不同的、也是她唯一不同的地方——即她不是人类而是人形神奇宝贝，仅此而已）以及恺撒等人组成的“校园解说小组”分别给小智和皮卡丘就学院的教学环境、教学风格、教学资源等方面进行了一系列的讲解，让小智和皮卡丘基本了解了红樱学院的情况。
然后汉漠拉比带着小智和皮卡丘到了大一（1）班的教室里面让他做了自我介绍且让大家更进一步了解了小智。
小智被安排在了最前方的座位就坐，他的旁边是一个名叫“松下遥”的女孩子，松下遥看到小智和皮卡丘之后不知为何她感觉到非常恐惧并且很害怕小智和皮卡丘故她想要让汉谟拉比给她换一个位置。
汉漠拉比想：松下遥的恐惧症还是没治好啊，真不知道什么时候才会彻底治好她的恐惧症呢？
于是他便把松下遥和“曾经与小智旅行的女主角之一：即三代神奇宝贝女主角小光”换了一下座位。这样一来小智和皮卡丘的旁边就是小光（但是小智却没看到小光来到了自己的旁边）了，而相对的松下遥恐惧的心情就慢慢地平静下来了。
待到下课之后大家都来到了小智和皮卡丘身边仔细地打量着小智和皮卡丘。
此时的小智和皮卡丘虽然说并不像是他们想象中的“木头”，但是对比他们看过的神奇宝贝系列里面的小智来说情商依旧太低——大家都知道从第一部的女主角小霞到后来的第二部的小遥、第三部的小光、第四部的艾莉丝、第五部的瑟蕾娜甚至是第六部的莉莉艾、玛奥和水莲三个女主角里面与小智和皮卡丘接触的女孩子非常多，这其中不乏有和小智是所谓的“青梅竹马”的五代女主角瑟蕾娜、虽然说现在不在神奥地区但却对小智有好感的六代女主角之一的莉莉艾，另外一点就是莉莉艾虽然一开始讨厌并且非常害怕神奇宝贝但是后来经过小智的“开导”之后接受了被她称为“白晃晃”的“冰六尾”。
正巧这时候外面传来一阵阵爆炸的声音大家回头一看——有两个人在打所谓的“比赛”：即瑟蕾娜和小霞两个女孩在打所谓的“比赛”且内容非常简单——即所谓的“小智争夺战”。
这让大家感觉到挺不可思议——小智怎么这么快就成了“被女生争夺”的人了呢？如果是这样的话，那未必也太早了点吧？
眼看一场大战即将来临之际，汉漠拉比的人形神奇宝贝莉莉丝和班上的副班长水灵分别制止了小霞和瑟蕾娜。
莉莉丝说：“你们两个都喜欢小智对吗？如果是的话下次你们继续吧，这一次是因为小智和皮卡丘刚来到这所学校可能还有些不熟悉故一直这么打的话很容易让小智和皮卡丘产生误解。”
小霞和瑟蕾娜听了之后也觉得的确如此故暂时结束了对战并收回了神奇宝贝。
其他班级的人里面听说今天还有人来到了学院里面之后他们纷纷跑过来看。
等到其他的人到了小智和皮卡丘面前的时候他们惊呆了：这不是曾经在“卡洛斯联盟”得到过冠军的人吗？名字据说叫小智他旁边的那只神奇宝贝好像叫皮卡丘也是所有皮卡丘中唯一不愿意进神奇宝贝球的皮卡丘。
很多女生看小智非常帅都想要和小智在一起，小智和皮卡丘见状后撒腿就跑而其她的女生则在后面追。
看到那些女生的行为之后让瑟蕾娜和小霞两位女主角很是不满，刚才还为敌人的她们两个此时便成了所谓的“战友”纷纷上前追上了那群女生且把小智和皮卡丘都拉了回来。
在拉的过程中，小霞无意间瞄了小智和皮卡丘一眼看他们有没有跟上但是这不看不要紧一看就发现了一个重要信息：即小智的口袋里有一张小纸条，纸条上用一行小字写着：“小智不仅已经是战神而且是超神战神了。”
这个发现让小霞大吃一惊，她明白这是个什么概念：只要小智是超神战神这一点属实的话，他可以带着皮卡丘单挑除了汉漠拉比老师和一些太强的敌人之外的所有人，这也就是说只要不是太强的敌人的话估计只有汉漠拉比老师才能够赢得过小智和皮卡丘了。
所以说她一定要保守住秘密不要让任何人知道（至少现在不能让任何人知道）“小智已经是超神战神”的事情。
另外一边，小爱想：希望爸爸情商高一点再为我找个妈妈吧，小遥妈妈已经去世了（实际上没有去世且活得好好的，去世的是一个伪装成真正的小遥的、一个名叫虹遥的女人，别称也叫“小遥”故让小爱产生了误解）我不想生活在单亲家庭之中，我想拥有一个完整的家。
其他的同学说：“小爱同学有父母吧？你的父母都是谁啊？”
小爱原本不想回答但是由于同学们的一再逼问，她只好说：“我有父母的，我的父亲叫小智，也就是昨天带皮卡丘来的人。”
大家听了之后愣了一下而后大叫一声：“你的父亲是小智同学，不会吧？那么你的母亲是谁呢？”
小爱说：“母亲吗？她叫小遥，是个神奇宝贝协调训练家但是因为一次意外而被其他的坏人给害死了。”小爱便说便捏起拳头。
她接着说：“直到现在我都很憎恨害死我母亲的敌人，我恨不得马上就将他们给‘铲除’让他们知道害死我母亲的下场。”
（在遥远的光明星球上……）
真正的小遥正在用爱丽丝的随从之一——科学技术专家克拉贝尔所研制的、名叫“空间观察器”的一个监视器看着小爱的“一举一动且能够听到小爱愤怒的声音”这让真正的小遥很是心疼。
她说：“我真的很希望能够早点回到地球啊。”
克拉贝尔说：“小遥小姐，我知道您的顾虑，但是如果爱丽丝公主殿下不能回来的话，凭我们的能力根本不可能将您安全的送往地球故只有等爱丽丝公主殿下回来之后才能够将您送回去了，虽然说时间有些漫长但是您在这里应该还是非常喜欢这里的对吧？”
小遥说：“是的，毕竟这里不是我的出生地就算是再怎么喜欢这里也比不上自己所住的地方您说对吗，克拉贝尔先生？”
克拉贝尔说：“没错，这的确是实话。虽然说还有几个月的时间但是我希望小遥小姐您能够再在这里待上一段时间吧如何？我们会好好地为您服务的，您尽管放心。”
小遥说：“我明白了，小智现在怎么样了我也不知道，没有了我光靠他带着小爱能行吗？”
克拉贝尔说：“这个嘛慢慢来吧总会好的，您说对吗，小遥小姐？”
小遥说：“没错，哦，对了，过一段时间之后我给你们分享一下我和小智怎么成为小爱的父母的，好吗？”
克拉贝尔说：“好的，没问题。”
