六月初，政务院和圣学院、都察院多次对如何妥善处理与南北商会的纷争一事进行了商讨，一直到六月中旬才有了个结果，就是拆分路商局为商税局和公路局不变。为了照顾南北商会的情绪，也为了避免朝廷失去信用，三个部门又抽人专门跟南北商会进行了直接磋商。最后结果就是商税两成不变，商业活动中利润两成封顶不变，因为这两个不变是天启原来的要求，皇帝的面子还是要给的，在照顾皇帝面子的同时也准备给商家作些补偿。
为了避免商会瞄着火耗利润心有不甘，最后决定不按年成收火耗，而是按实际造币量收火耗。其中银子铸银币时实际火耗为一成，但要按两成收取火耗，多余的这一成拿来发给清廉的官员算是养廉银，朝廷不在这里面获取丝毫收益。见朝廷都不把火耗当作收益存留下来，山西商会和湖广商会的人也死了心决定从中退出，他们怕再贪心不足会激起所有官员的怒火，商人跟一个官员作对没什么，如果跟所有官员作对那就是找不自在。
见两个商会的人有眼色知道取舍，圣学院建议听从天启的意见，将商税局再次拆分为税务局和工商局。在这里作了一个变通，就是把工业和商业分开了，低买高卖获取差价的称为商业，将物品重新组合加工的称为工业。当然，两成利润封顶的限制局限于商业，工业暂时不作封顶，这样既尊重了皇帝的意见，也算是对商人的一种补偿。见朝廷这样变通退让，山西商会和湖广商会的两个会长也非常满意，觉得对商会中人也算有了交代。
收税事务上商会退出了，造币事务上商会也退出了，现在只剩下一个公路局事务和钱庄的放贷业务。对于有商人提出这两项他们也退出时，圣学院的意见是现在不行，因为现在朝廷没钱。假如有人真想退出，现在退出的人只能拿回一半银子，三年后退出的可以拿回本金，五年后退出的可以多拿一半本金作利息。就是说假如有人出资一百万两，现在要退股就退其五十万收回股份，三年后退股的能拿回一百万本金，五年后退股的能拿回一百五十万。
为了平息股东们对这事的不满，朝廷允许股东们自己私下转让股份，也允许他们把家中见不得光的存银分批换成银元。朝廷原来只把税银和参股银化了造银币，对来历不明的走私银不作兑换反而要严查，现在允许股东们分批兑换相当于帮他们洗黑钱，或者是允许他们在帮别人洗黑钱时捞一笔。对这种补偿股东们心知肚明也不再计较，有的人还欣喜若狂。
明朝立国初期流动银两数并不多，到了天启年间全国的银两总数大概翻了一翻多，多是从海外贸易中流回大明的。这些多出来的银子几乎都集中在商人手中，他们用生丝、茶叶、瓷器等换回了大量白银，据说做这些生意的人家里没有一百万都不好意思说自己有钱。当然凡事有利就有弊，种桑种茶的多了种粮的必然就少，这也是大明这几年发生粮食危机的原因之一。
大量的白银流进大明，但大明朝廷却没有得到什么好处，天启看到这种情况后下旨造银币，逐渐要禁止银币以外的白银流通。在造银币时只允许股本银两和税收银两造币，其余的银子要换银币不但要收两成火耗还要收两成税，这让很多家有存银的人很是心慌。其实不仅仅是有存银的人心慌，朝廷也有些担心，担心这些有钱人私下造币或者干脆作乱反对。现在趁着给股东们一些补偿，顺便把这事作个了断，不能收到走私税至少能收到两成火耗也不亏。
在钱庄的放贷利息上，政务院再次通告将两分利封顶的利息降为一分利封顶。至于那些说淡季亏损旺季被封顶平均下来没赚头的商人，朝廷不作理会，就一句话觉得亏你可以不做。
在这些互相妥协退让过程中，朝廷确定了与商人之间的新关系。商人有了商户的身份，根据在工商局登记的资本和项目进行经营活动，便于收税和便于管理，使商业活动均衡发展，避免出现在某些项目上群进群出，而某些项目上又无人问津的现象。所有人的意见和建议都得到了重视和回复，至少在表面上大家都是满意的，唯独在公路局的问题上有一点心结。
路商局和钱庄是天启当时搞的，总金额有六千万两但号称一万万两，现在被剥来剥去只剩下放在中央钱庄里的银元和公路局的项目。六千万银子收取了一成火耗又提前发了些让股东们高兴了两天的利息，现在只有五千万了，这还是大家心疼自己的钱只收实际火耗的结果。钱庄的放贷利息降为一分后，赢利能力大为下降，公路局更是个只见投入看不到产出的无底洞，也就是说风光一时的路商局和中央钱庄现在成了个烂摊子。
听到这个结果很多人都心慌了，南北商会的人没有办法加上得到了补偿还好些，持股的朝中官员、诸多皇族都有些心急如焚，纷纷前来打探消息。户部的态度不明，因为他们只出了五百万，还有五百万是跟天启借的，打的就是捡来娃儿用脚踢的主意，想的就是大不了把股份划给天启。当郑老贵妃和李康妃派人来向皇后打探了几次消息后，天启才知道烂摊子又推给了自己这个创始人身上了。
当政务院几天后才把经过呈报上来时，天启也不好说什么，因为这是他自己要求说没大事十天一报，偷懒就要付出偷懒的代价。政务院把责任退到了圣学院身上，说这一切都是圣学院的主意，圣学院说这样做是最好的结果，股份的事他们尽了最大努力实在是心有余而力不足，只有把问题交给皇帝圣裁，相信以天启的英明睿智一定能有好办法。
天启知道他们在胡扯，也知道他们主要对两成利润封顶和降利息有微词。反过来想一想自己也把事情看得简单了些，组建个班子然后只管躺在一边分红利，还要提出这样那样的要求，属于一厢情愿也让人感到为难。不过天启没有心慌，他认为问题肯定能得到解决，最多需要些时间。但是，当福王等诸位王爷陆续上奏表露出对股本的安全表示担忧时，天启知道不能再拖了，这帮大爷能不生事已是万幸，惹得他们掺和进来就麻烦。
这人的关系其实很简单，但是一掺杂进利益就复杂多了，夫妻成仇兄弟反目的事时有发生，今天的朋友明天变成敌人，昨日的敌人今天又搞合作，这些都是见惯不惊的事。这一开始是商人和朝廷的互相利用，商人需要朝廷的权力作保护伞，朝廷需要商人的银子支持，一开始都很愉快也很乐观。但后来就发生矛盾了，不过这也不奇怪，翻开历史书看看就知道，中国人历年来就不具备合作精神，真正通过合作做成事的少之又少。
本来是朝廷和商人之间的利益之争，现在他们互相满意了反而把矛盾集中在自己这个首创者身上，因为股东们一找上门询问，几个部门就互相推诿，充分展示出了善于踢皮球的官僚作风。大家一合计就找到天启诉苦要天启作主，因为他们是在天启的劝说下才参股的，就像很多人一害怕就叫妈，原因就是他认为是他妈把他带到这世上的，他妈必须对他对付不了的事负责到底。
