黄巢军最初东攻沂州（今山东临沂）不克；转攻山东、河南等地，攻占阳翟（今河南禹县）、郏城（今河南郏县）等八县；进逼汝州（治今河南临汝）。乾符三年九月，攻克汝州，杀唐将董汉勋，俘汝州刺史王镣，直指东都洛阳。王镣是宰相王铎堂弟，王镣为王仙芝写信给蕲州刺史裴偓，表示愿意接受“招安”。是年年底裴偓诱降王仙芝，愿授左神策军押牙兼监察御史之职，黄巢坚决反对，大骂仙芝，随后以杖击伤仙芝头部，头破血流，其众喧哗不已。招安不成，蕲州刺史裴偓逃奔鄂州，不久两军分裂，三千余人从仙芝，仙芝乃大掠蕲州，黄巢引兵二千北上。乾符四年（公元877年）二月，黄巢率军攻陷郓州（今山东郓城），杀节度使薛崇。三月，又破沂州。仙芝一度攻破鄂州（今湖北武昌），王、黄又再度合兵攻宋州（今河南商丘南方），不久又分兵，仙芝转攻郢州，唐朝招讨副都监杨复光再次诱降，仙芝遣尚君长、楚彦威等人洽降，中途为唐招讨使宋威所劫持，宋威贪功，妄报战胜，尚君长等人移送长安被杀，仙芝大怒，降敌之事再次未遂。朝廷以宋威“杀尚君长非是”，镇压“无功”，解除其兵权，擢升曾元裕为招讨使，又调西川节度使高骈任荆南节度使。乾符五年初，张仙芝军攻破荆南（今湖北江陵）罗城，由于沙陀兵援军到达，焚掠江陵而去，转至申州。乾符五年（公元878年）二月，王仙芝在黄梅（今湖北黄梅西北）兵败被曾元裕部斩杀，余部奔亳州（治今安徽亳县）投靠黄巢，推黄巢为黄王，自称“冲天大将军”，转战黄淮流域，又进军长江下游一带。
乾符五年（878年）三月，黄巢军进攻汴（今河南开封）、宋（治今河南商丘）二州，为东南面行营招讨
使张自勉所阻，转攻卫南（今河南滑县东北）、叶（河南叶县）、阳翟（河南禹县）等地，朝廷征调义成兵三千人守卫东都附近的伊阙（今河南洛阳南）、武牢等地，河南一时势壮。黄巢率军渡江南下，与旧部王重隐相呼应，攻下饶、信等州。同年十二月，进入福州（今属福建），转入广东。乾符六年（879年）九月，攻克广州，俘唐岭南东道节度使李迢。又分兵西取桂州（广西桂林），控制岭南，自称“义军都统”，并发布檄文，斥责朝廷“宦竖柄朝，垢蠹纪纲，指诸臣与中人赂遗交构状，铨贡失才”。广州是唐朝最大的对外贸易港口和重要的财赋供应地之一，黄巢军在广州大肆滥杀无辜，阿拉伯、波斯等***商人被杀者有二十余万。
由于岭表气候湿热，黄巢军多患瘴疫死者，诸将“劝请北归，以图大利”，农民军士气低落，黄巢乃决意北还。是年自桂州编木筏，沿湘江而下，进逼江陵，北向襄阳。唐廷得知黄巢将北上，遣宰相王铎为南面行营招讨都统，屯兵江陵，又任命李系为行营副都统兼湖南观察使，统兵十万屯驻潭州（今湖南长沙），“以塞岭北之路，拒黄巢”。此时农民军连下永州（今湖南零陵）和衡州（今湖南衡阳），抵潭州城下，李系惊恐，紧闭城门。黄巢挥兵力战，一日而下潭州，唐军十万人血染湘江。尚让乘胜追击，以五十万军进逼江陵，王铎奔襄阳（今属湖北襄樊），黄巢兵不血刃占据江陵，北趋襄阳。山南东道节度使刘巨容和淄州刺史曹全晸合兵，大破之于荆门（今湖北荆门），俘斩十分之七八，黄巢与尚让收余众渡江东走，这时刘巨容以“朝廷无信”停止攻势，曹全晸正要渡长江时，朝廷命泰宁都将段彦谟代曹全晸为招讨使，全晸攻势亦止，段彦谟杀宋浩及其二子。诏任命段彦谟为朗州刺史。黄巢转掠江西，饶（治今江西波阳）、信、池（治今安徽贵池）、宣等十五州。
广明元年（公元880年）三月，高骈派骁将张璘渡江南下，狙击黄巢，黄巢退守饶州（治今江西鄱阳）。张璘乘胜进军，五月，黄巢又退守信州（治今江西上饶）。春夏之际，岭南大疫，黄巢军兵力损失惨重，“死者十三四”，张璘穷追不舍，黄巢佯降，又贿张璘大量黄金，恳求他手下留情，高骈上奏朝廷，声称黄巢军“不日当平，不烦诸道兵，请悉遣归”。宰相卢携以朝廷名义，遣散了诸道唐兵。黄巢得知唐诸道兵已北渡淮河，立即与高骈绝交，五月又北上，乘胜攻占了睦州（治今浙江建德）、婺州（治今浙江金华），张璘于信州战死，六月，相继攻克池州（治今安徽贵池）、睦州（治今浙江建德）、婺州（治今浙江金华）和宣州等地，七月强渡长江，兵势甚盛。
广明元年（公元880年）八月，黄巢军击败曹全晟，渡过淮河，淮北相继告急。高骈慑于其威势，坐守扬州（今江苏扬州），保存实力。各州县望风而降，十月，黄巢攻陷申州（今河南信阳），入颍州（治今河南阜阳）、宋州（治今河南商丘）、徐州（治江今苏徐州）、兖州（治今山东兖州）。十一月，黄巢至汝州，十七日攻下东都洛阳，留守刘允章率百官迎接；十多天后从洛阳挥兵西进，仅激战六日，十二月初三，攻下潼关（今陕西潼关东北），初四攻下华州（治今陕西华县），后抵霸上。初五（881年1月8日），唐僖宗带随从宦官田令孜等仓皇逃奔四川成都，田令孜恐僖宗见责，独归咎卢携，贬卢携为太子宾客。卢携仰药死。
称帝长安
中和元年（公元881年），黄巢军进入长安，金吾大将军张直方率众迎接黄巢大军进城不久，其部属“杀人满街，巢不能禁”，唐宗室留长安者几无遗类，唐室官员惶惶不可终日，《秦妇吟》言：“华轩绣毂皆销散，甲第朱门无一半”；“内库烧为锦绣灰，天街踏尽公卿骨”。又没收富家财产，号称“淘物”，宫室皆赤脚而行。中和二年（公元882年），唐军一度攻入长安，黄巢军贼露宿霸上，调知官军不整，且诸军不相继，引兵还袭之，自诸门分入，大战长安中，宗楚、弘夫死，军士重负不能走，是以甚败，死者什八九。这一次黄巢恨城民协助官军，于是纵兵屠杀，血流成河，谓之“洗城”。黄巢未派大军追击唐僖宗，让唐军有喘息机会。
中和二年（公元882年），四川的唐僖宗反攻，九月，齐军将领朱温在同州（今陜西大荔）与王重荣交战中，投降唐军，被任命为右金吾大将军，赐名全忠。沙陀族李克用又率援军助唐，率兵一万余人南下，齐军大将赵璋战死，华州、兰田相继失守。黄巢于中和三年四月撤出长安，逃入商山，沿途抛弃黄金珠宝，唐军争宝竟不急追。后以齐将孟楷为先锋，攻逼蔡州（今河南汝南），唐军守将秦宗权战败投降，六月围攻陈州（今河南淮阳），遭遇刺史赵犨顽强抵抗，大小数百战，始终未能攻拔其城。齐将孟楷挺进河南途中，中俘 黄巢起义
牺牲。黄巢闻知孟楷遇害，大怒，部队屯于溵水，“掘堑五重，百道攻之”，誓为孟楷报仇。为了应付全军粮食，黄巢以人肉为粮糗，数百巨锤，同时开工，成为供应军粮的人肉作坊，无论男女老幼，悉数纳入巨舂，称之为“捣磨寨”。黄巢围陈州几三百日，啖食数十万人。唐军在陈州附近的西华（今天河南境内）大败黄思邺，齐军退军故阳里（今淮阳北部）。陈州之围遂解。黄巢引兵向汴州行进，尚让以五千精锐直逼大梁（今河南开封）。
中和四年（公元884年）春天，李克用率兵五万，自河中南渡，连败齐军于太康、汴河、王满渡。黄巢只好转战山东。同年三月，朱温大败黄巢于王满渡（今河南中牟北），黄巢的手下李谠、葛从周、杨能、霍存、张归霸、张归厚、张归弁等投降朱温；而黄巢残部向东北逃亡，又遇李克用于封丘（今河南封丘），时遭大雨，黄巢集散兵近千人奔兖州，六月十五日，武宁节度使时溥派李师悦率兵万人，与降将尚让紧追其后。是年六月十七日，起义后续
黄巢战死后，黄巢从子黄皓率残部流窜，号“浪荡军”。昭宗天复初年，进攻湖南时，为湘阴土豪邓进思所伏杀。至此唐末农民起义结束。唐僖宗中和四年，秋七月，僖宗在大玄楼举行受俘仪式。武宁节度使时溥献上黄巢首级与黄巢姬妾二三十人。临刑前，执法人员可怜这些妇女，让她们喝醉后再执刑，女孩们边哭边喝，不久在醉卧中受死，独居首的女子不哭亦不醉，从容就死。黄巢起义失败后，唐朝又勉强维持了二十三年统治。哀帝天佑四年（公元907年）宣武节度使朱温受禅，建国号为梁。唐朝灭亡，进入五代十国时期。
