秦王府的幕僚属官人人忧虑，个个恐惧，不知所措。行台考功郎中房玄龄对比部郎中长孙无忌说：“现在仇怨已经造成，一旦祸患暗发，岂只是秦王府不可收拾，实际上社稷的存亡都成问题。
不如劝说秦王采取与周公平定管叔、蔡叔相似的行动，以便安定皇室与国家。存亡的枢机，形势的危急，就是现在了！”
无忌说：“我有这一想法已经有很长时间了，只是不敢说出口。现在你说的这一席话，正好符合我的心愿。请让我代您禀告秦王。”
于是，长孙无忌进入李世民的卧室告诉了李世民。李世民把房玄龄召来商议此事，房玄龄说：“大王功盖天地，应当继承皇帝的大业。现在大王担心危机发生，正是上天在帮助大王啊。希望大王不要疑惑不定了。”于是，房玄龄与秦王府属官杜如晦共同劝说李世民诛杀李建成、李元吉。
李建成、李元吉因为秦王府拥有许多骁勇的将领，打算引诱他们为自己所用，便暗中将一车金银器物赠送给左二副护军尉迟恭，并且写了一封书信招引他说：“希望得到您的屈驾眷顾，以便加深我们之间的布衣之交。”
尉迟恭推辞说：“我是编蓬为户、破瓮作窗人家的小民，遇到隋朝末年战乱不息、百姓流亡的时局，长期沦落在抗拒朝廷的境地里，罪大恶极，死有余辜。
秦王赐给我再生的恩典，如今我又在秦王府注册为官，只应当以死报答秦王。
我没有为殿下立过功，不敢凭空接受殿下如此丰厚的赏赐。倘若我私自与殿下交往，就是对秦王怀有二心，就是见利忘义的小人，殿下要这种人又有什么用呢！”
李建成大怒，便与他断绝了往来。尉迟恭将此事告诉了李世民，李世民说：“明公对我的忠心就像山岳那样坚实牢靠，即使他赠送给您的金子堆积到了北斗星，我知道明公的忠心还是不会动摇的。他赠给您什么，您就接受什么，这又有什么值得猜疑的呢！况且，这样做能够了解他的阴谋，难道不是一个上好的计策吗！否则，祸事就将降临到您头上了。”
不久，李元吉指使勇士在夜间刺杀尉迟恭，尉迟恭得知这一消息以后，将层层门户敞开，自己安然躺着不动，刺客屡次来到他的院子，终究没敢进屋。于是，李元吉向高祖诬陷尉迟恭，把他关进奉诏命特设的监狱里审问处治，准备将他杀掉，由于李世民再三请求保全他的生命，这才得以幸免。
李元吉又诬陷左一马军总管程知节，高祖将他外放为康州刺史。程知节对李世民说：“大王的辅佐之臣快走光了，大王自身又怎么能够长久呢！我誓死不离开京城，希望大王及早将定下计策。”
李元吉又用金银丝帛引诱右二护军段志玄，段志玄不肯从命。李建成对李元吉说：“在秦王府有智谋才略的人物中，值得畏惧的只有房玄龄和杜如晦。”李建成与李元吉又向高祖诬陷他们二人，使他们遭到斥逐。
李世民的心腹只剩下长孙无忌还留在秦王府中，他与他的舅舅雍州治中高士廉、右候车骑将军三水人侯君集以及尉迟恭等人，日以继夜地劝说世民诛杀李建成和李元吉，李世民犹豫不决。
此外李世民可能还曾向灵州大都督李靖、行军总管李勣问计。
武德九年六月初一丁巳日（626年6月29日），太白金星在白天出现于天空正南方的午位， 按照古人的看法，这是“变天”的象征，是暴发革命或当权者更迭的前兆，代表要发生大事了。
适逢突厥郁射设带领数万骑兵驻扎在黄河以南，突入长城边塞，包围乌城，太子李建成便推荐齐王李元吉代替秦王李世民都督各路军马北征以抵抗突厥入侵。
高祖听从了他的建议，命令元吉督率右武卫大将军李艺、天纪将军张瑾等人援救乌城。
李元吉乘机请求让尉迟恭、程知节、段志玄以及秦王府右三统军秦琼等人与自己一同前往，检阅并挑选秦王帐下精锐的兵士以增强自己军队的实力。在太子的东宫中担任率更丞（主管计时的官员）职位的王晊，已被秦王李世民收买，成为李世民在东宫的眼线，他悄悄告诉李世民：“太子对齐王说：‘现在，你已经得到秦王骁勇的将领和精锐的士兵，拥有兵马数万之多了。我与秦王在昆明池为你饯行，让勇士在帐幕里将秦王杀死，上奏父皇时就说他暴病身亡，父皇应该不会不相信。我自当让人进言，逼父皇将国家大事交给我处理。尉迟恭等人已经落到了你的手中，应该将他们悉数坑杀，谁敢不服！’”
李世民将王姓官员的话告诉了长孙无忌等人，长孙无忌等人劝李世民先发制人。李世民叹息道：“骨肉相残，是古往今来的大罪恶。我当然知道祸事即将来临，但我打算在祸事发生以后，再举义讨伐他们，这不也是可以的吗！”
尉迟恭说：“作为人之常情，有谁能够舍得去死！现在大家誓死侍奉大王，这是上天所授。祸事马上就要发生，大王却仍旧神态自若，毫不担忧。即使大王把自己看轻，又怎么对得起宗庙社稷呢！如果大王不肯采用我的主张，我就准备逃身荒野草泽，不能留在大王身边，拱手任人宰割！”
长孙无忌说：“如果大王不肯听从尉迟恭的主张，事情肯定要失败了。尉迟恭等人肯定不会再追随大王，我也应当跟着他们离开大王，不能够再事奉大王了！”
李世民说：“我讲的意见也不能完全放弃，明公再计议一下吧。”
尉迟恭说：“如今大王处理事情犹豫不定，这是不明智的；面临危难，不能决断，这是不果敢的。况且，大王平时畜养的八百多名勇士，凡是在外面的，现在都已经进入宫中，他们穿好盔甲，手握兵器，起事的形势已经形成，大王怎么能够制止得住呢！”
