新历前34年，有一名闻名世界的造船高手，名为诺亚，他打造的战船十分坚固，使用寿命也很长久海盗们都梦想着有一艘由诺亚打造的海盗船，九大海盗王便是这样的幸运儿。圣战前夕，诺亚被选中为天堂打造战船。于是他离开了自己的家园和亲人前往天堂。后来，诺亚曾这么说过，当他第一眼看见世界之树的庞大身影之时，他幡然醒悟，他是世界之树的一根枝干，而他来到这世上的唯一意义，就是打造生命之船——方舟。
新历前20年，诺亚正在打造天刃系战船，世界之树降下二十一根枝干，与一本《炼金术书》。在原本的世界之中，世界之树只降下了二十根枝干，诺亚对该怎么处理这二十根枝干毫无头绪。巨龙之巢扯断之后，诺亚来到断口，意图以自己为引，将巨龙之巢重新连接到世界之树上，却发现了打造方舟的正确方法。他化身枝干，引动其他的二十根枝干，化为二十一艘方舟。显然，这一次世界不会在如此发展。
在《炼金术书》中，诺亚看到了他从未见过的东西，一种名为炼金机器的东西，它能让方舟在空中悬停，让人类文明再次出现黄金时代那样的进步。但那些都是后话，若方舟不能成功打造，人类根本没有未来。
新历19年，圣战开始，主发布主之声，召集所有有能力的生命一齐对抗恶魔。大魔法师梅林顺应召唤而来，同时带来了《黑魔导书》。十年前梅林感受到神的魔女所释放的禁咒波动，于是他见到了摩西，后世他最亲近的挚友。他邀请摩西一同赶赴战场，摩西拒绝了，只是将《黑魔导书》交给了梅林。
当巨龙之巢折断之时，诺亚并没有开始建造方舟，因为他还没能理解那本《炼金术书》。他认为自己没能完成世界之树交给他的使命，于是他孤身前往巨龙之巢折断的地方，选择了和原本一样的道路：以自己为引，重新连接巨龙之巢。在这里，诺亚从折断的断面中看到了世界之树枝干的内部构造，于是他顿悟了原本还没能理解的那些知识，终于知道了打造方舟的方法。
但是，巨龙之巢已经折断，它化为遮天蔽日的海水，向大地上坠落，时间不允许诺亚完成他的使命。但是，有人推了他一把。
“祈求，无形无相岁月无痕时间之灵，以守护之名，时间为引，守卫吾爱，降临吧！三十环灭世禁咒，时间的守护！”
大魔法师梅林，以自身受到《黑魔导书》的诅咒被黑暗侵蚀为代价，以自己百年寿命为引，成功发动禁咒时间的守护，将由巨龙之巢所化的无尽海水下落速度减缓了百倍，为诺亚创造了时间，为人类与所有生灵创造了未来。
最终，二十一艘载着无数生灵的方舟赶在无尽海水落下之前升上了天空。
新历前十年，大洪水退去，方舟降落。在大洪水期间，有三艘承载着动植物的方舟沉入海水之中，其名为圣使号，天启号，所罗门号。另十八艘方舟平安降落，其名为圣山、圣林、圣光、圣光、圣徒、圣女、圣徒、圣神、拜占庭、不列颠、爱尔兰、巴黎、柏林、耶路撒冷、梵蒂冈、亚历山大、凯撒、天主、先知、藏龙。
这十八艘方舟降落在大陆各地，人类开始重建家园，世界联盟为巨龙额巨龙划定土地，并且作为日后处理种族矛盾的机构保留了下来。
大洪水退去后十年，人类文明重建，人民就这一年定为新历元年，纪元时代就此开始。新历二年，亚历山大一世建立神圣罗马帝国，定都亚历山大城。神圣罗马帝国以皇帝为中心，其下有百人参议会，百名参议将军为行政机构，万民法庭，特使其实为执法机构。
同年，教延于梵蒂冈方舟建起圣堂，建立教皇国，派遣圣殿骑士与神术师入驻皇室，教士前往大陆各地建立教堂。新历三年，耶和苏将主之名正式传给耶华，封诺亚为第八天使长，封号技天使，带领一众天使保护圣堂，而自己则前往世界之树的树洞之中，试图彻底消灭恶魔。撒旦将地狱安置在柏林号地下，并在柏林建立了地狱的入口，让三头犬作为看门人。
新历四年，随着人类不断的发展，他们发现当初坠落的三艘方舟之上所承载的动植物在海水中进化为全新的物种——魔兽。新历五年，基于研究魔兽的新兴职业——巫师应运而生，同时，曾参与建造方舟的一群工匠自称为炼金术士，铸造与药剂体系也相继成立。人类文明达到了第二个黄金时代。
此年，一名名为该隐的亚当直系后裔被一只蝙蝠魔兽咬伤，成为以血为食的怪物，他不断的咬伤并感染人类，最终引起教延异端审判庭的讨伐，身死圣彼得之手，但一个全新的种族，血族，就此诞生。
其实在新历开始这几年，天堂和教延对于赎罪令的态度一直暧昧不清。人们都知道，是一名法师拯救了所有人，他们似乎并不是如传言所说的那么邪恶。但这一切都在新历七年被一个人打破，新历七年，学者摩西发布《贤者之书》，公开表明赎罪令为主之误。
“主说，组建十字军，讨伐异教徒，组建审判庭，追捕魔女，是主允许的……主与神术不能做到的，魔女与魔法做到了，若如此，主还要说魔女该死。那我不禁怀疑，主的公正与公平……故，赎罪令为主之误，法师并非魔女，不该遭此厄运。”
这篇不到两百的字的文章，迫使耶华撤除赎罪令，沉寂六十多年的法师重见天日，与海盗佣兵骑士战士游侠并为六大体系，加上巫术炼金铸造药剂四大职业，一齐在这新生的文明中大放异彩。
