众大将见姬轩辕发话，自然也都各自收手。全部看着夸父手中的蚩尤，不知这蚩尤究竟是死是活，谁也难料。所以姬轩辕命人将夸父的手掰开，将蚩尤拖出来瞧一瞧。谁知这时忽然一个童子声音说道：“是何人在这里搅闹？”
众人向声音看去，见有两个童子过来，一个穿着紫衣，另一个穿着蓝衣。是个道童模样，长得倒也特体。正是蚩尤那日救下的两个小孩，如今是镇元子的小徒弟清风和明月。
姬轩辕看了看这里，发现已然在万寿山附近，知道蚩尤和五庄观的镇元子是结拜兄弟，生怕多出事端急忙道：“我等在此缉拿罪犯，跑到了此处刚刚被拿下，搅闹了这里的清净，我们这就离开。”
其中一个童子点点头道：“哦，原来是这样。既然事情已了，那你们就速速退去吧，免得我家师父回来说我们惹事。”
“是，是！”姬轩辕一边答应一边对部下人道：“快撤！”
部将们也不知首领为何对两个童子这么客气，但又不得不听首领的话，急忙将夸父抬起来，连着手中的蚩尤一起往回搬运。这时候那两个童子清风道：“明月你看，这个还真是个魔头，三头六臂浑身是血，辛亏被他们抓住了，不然咱们肯定要被师父骂。”
另一个也说：“对！还是让他们赶紧走才是！”
就这样蚩尤最后的希望也破灭了，被姬轩辕一众人等抬了回去，路上找了一处僻静所在将夸父的尸体埋了起来，将蚩尤带回了有熊。
清理完战场之后总结了一下战绩，歼灭了蚩尤大部分队伍，刑天和夸父自不必说，其中飞廉、屏翳、共工、庞牛、帝江、梼杌、穷奇全部战死。逃走的人有四神兽、银灵子、祝融。剩下的全部被俘虏，包括蚩尤的八十名弟兄和金猷，也都成为了姬轩辕的阶下囚。
最后姬轩辕命人将蚩尤抬出来，放在演武场上，命姬伯去探查蚩尤的生死，只听姬伯道：“蚩尤虽然没了血脉，但是生命迹象还在，应该是和那八十人有气血相连的关系，假以时日只怕他还会复活。”
众人面面相觑，姬轩辕问道：“可否有什么办法吗？”
姬伯闻听道：“将那八十人全部斩杀，再把蚩尤的身体分割开来，分到地界的四面八方，使其无法拼凑出来，可断绝其复活的可能！”
于是姬轩辕听从了姬伯的话，将蚩尤的八十名弟兄全部斩首分离尸身，断修也同样被斩杀。又将蚩尤的身体分成了五段，派出脚力长远的马车将蚩尤的尸身分别送到了华夏的四个方向，将蚩尤的心脏留下来被姬轩辕用禁制锁住，以防被人复活。
只要一个金猷则是被姬轩辕关了起来，也没有杀死，说道：“就让他坐一辈子的地牢吧！”
自此蚩尤的所有希望均被阻断，独留下蚩尤的魂魄在无尽的虚空之中徘徊，走着走着不知怎的走到了伏羲和女娲居住的山洞，见到了伏羲，只听伏羲道：“我早已料到你的结局不会太好，所以给你留了一件礼物，你为何不用？”
蚩尤这才恍然想起伏羲曾给自己那面小旗的时候说过，这个小旗可以在自己即将面临死亡的时候许下一个愿望。如今自己已然灵魂出窍，必然是死了，不知这旗子还能用否。
想到这里蚩尤的魂魄忽然转到了右臂上那朱星镯内，看到了自己的那面小旗。蚩尤魂魄抓住那族长令旗幽幽说道：“旗子啊旗子，假如你还能听我的话，那就保佑我的魂魄永不消散，好让我完成斗姥给我的任务，同时也让我的魂魄和那姬轩辕再战一场！也好彻底了却我的心愿。”
谁知蚩尤刚说罢，只见那旗子突然将蚩尤吸收到旗子里面，接着开始发出大量的红光，直接穿过朱星镯的限制来到外界，步步高升将蚩尤的魂魄和旗子的能量融合一体，飞入天际将天空给遮盖了起来，变成了一整片红云。
这一幕让世间所有人都看到了，只见天色突然变成一片血红色，一张大旗模样的红色云彩在空中摇曳不止。
姬轩辕问手下人这是怎么回事，众人也都不知道，最后姬轩辕急忙跑到女娲庙内求师父，女娲也不见轩辕，想必还是恼怒轩辕的做法。
姬轩辕在外面苦苦哀求，女娲心再次软下来便将事情的原委告诉了姬轩辕，对其说道：“这是蚩尤的魂魄，和族长令旗融合，看着架势势必还要与你有难。你以后小心的才是！”
姬轩辕听完教诲，随后和师父说道：“轩辕知道了，轩辕还有事跟师父相商。”
“算了吧，如今天下终于太平。再有什么事情也无需为师了，你自己真酌便是……”说罢女娲泥塑回归原形，女娲已然消失不见了。
姬轩辕依旧对着女娲的石像道：“如今蚩尤已灭，天下终于安定，炎帝退位我想再请师傅登基称帝，为我华夏辛劳一回，不知师父能否答应？”
等了半天不见女娲再次降临，姬轩辕这才欣欣然的离开了女娲庙。等回到营地之后开始发愁起来，自己又要登基又要安定天下，既要抵御外族侵略又要团结自身，上下事务大小繁杂，只把个姬轩辕累的忙不开交。
由常先算好时日，在三个月后登基称帝，因土是黄色，能生成物，故称黄帝，人称轩辕黄帝。改年份为纪元元年。之后又从师伯伏羲那里请来了四大神兽帮忙镇守四疆，防止外敌加固防御，更加有安稳一方的作用。
黄帝治理天下太过劳累，但功绩一直上不来。跟当初做首领是大不相同，随即听手下人道说：“崆峒山上住着一位道术高明的仙人道号广成子，此人修为颇高听说是三清的门徒。”黄帝钦佩，于是就带上文武官员前去问道。
那广成子为了试验他是否心诚，就把上山的路全部变成了悬崖绝壁。虽然轩辕黄帝能够飞行，但也听说过蚩尤拜一真道人的故事，所以不敢擅自飞行上山，只好带着兵马全部退下，耐心等了三个月，之后因天气变的苦寒，手下的一些普通人类如何抵挡这些严寒，只得回到有熊。
三个月后，等天气变暖到了春天时候，轩辕黄帝第二次带上人马又前来问道。这一次广成子没有难为他，轩辕见到了广成子。他双膝跪地虔城地说：“我听说先生您明达至道，请问至道的精粹。我想摄取天地的精华，使五谷丰登；我还想掌握阴阳的变化来顺应万物。您说我该怎么办？”
广成子听了他的话，便严肃地回答道：“你要问的东西乃是万物的本质；你要掌管的东西，只是万物的残渣。从你治理天下后，云气不待凝聚就下雨，飞鸟不待季候就迂翔，草木不待枯黄就凋落，日月的光辉越来越暗。你这样的人，心境这般浅陋，又怎能谈‘至道’呢？”
黄帝听了广成子的严厉指教，退回宫中，反复思考。于是，他抛弃政事，走出宫殿，辞去随从，盖了一间陋室，铺上草铺，独居了三个月。对广成子说的话思索品味，觉得自己没有治理好天下，就想掌管天下，改变阴阳，一则是由于骄狂，二则是由于孤陋寡闻。于是他怀着一定要亲聆“至道”的决心，第三次又去崆峒山请教广成子。
这一次广成子便将至道的道理讲给了轩辕黄帝，黄帝三次问道，得到广成子的指教，最后才领悟了最高的道理，一心投入到治理国家的事务中去，经过二十八年的奋斗，他以顺其自然的方法，使天下实现了大治。
轩辕黄帝又派人开采铜矿，并在荆山下铸造铜鼎，用来震慑天下。当铜鼎铸成那天，所有的事情也都发展壮大后，轩辕黄帝终于化成尊者。
世间的某一处，一位蓝色道袍之人，手中拿着一颗混元珠，正是元始天尊。观看着姬轩辕的治世情况，点点头对另外两个道人灵宝道君和太上老君说道：“我那小徒儿完成了最后的事情，现在这个轩辕倒是不错。”
太上老君道：“如今世间事情一了，斗姆让蚩尤去建地牢，我看着天也要改造一番才是，就让这轩辕去吧！”
另外两位跟着点点头，随即由太上老君派出自己的坐骑九龙沉香辇，去到有熊把黄帝接上天。
有熊黄帝朝堂上，忽见天上游下九条巨龙，垂着龙髯，来迎接黄帝上天。当时他的群臣们听说要将轩辕接上天庭，都不忍离开黄帝，有的抓住龙髯，有的抓住他的靴子和衣服，结果龙髯拔断了，衣靴拉掉了，轩辕黄帝还是乘龙升天而去……
不过这九龙沉香辇飞到半空之时忽然停下，只见天上的红色云旗突然动了起来，只听蚩尤的魂魄现身出来说道：“想要升天，先过我这一关！”
