最后的战役被命名为“暮光”，精疲力竭的亚特兰蒂斯人与以逸待劳的卓金虫族在卓金星上展开了殊死的战斗。
卓金虫族在科技方面远不如亚特兰蒂斯人，可它们胜在数量庞大而且繁殖速度极快，亚特兰蒂斯人刚刚清理出一块无虫区，却发现要不了几个小时，来自四面八方的虫子就会重新填满这一区域。
由于虫族的繁殖能力实在是太恐怖了，亚特兰蒂斯人想尽了一切办法都没能彻底清除卓金星上的虫族，虽然已经消灭了虫族所有的科技设施，使得这些虫族再也没有机会离开卓金星，可为了防止卓金虫族的再次崛起，绝望的亚特兰蒂斯人在近地轨道上发射了一枚星弹，灿烂无比的爆发之后，卓金星从此彻底的消失在太阳系的版图之中。
千年战争结束了，疲惫不堪的亚特兰蒂斯人再也无力回到自己的母星，飞马座的51PegasiD，他们选择在地球上进行休整。
让所有人没有想到的是，选择地球这个卓金星的邻居做为修正基地实在不是一个明智的选择，换句话说，是一个非常愚蠢的选择。
在全银河系都在遭到奎雅维洛人侵略的情况下，偏偏与卓金星一衣带水之隔的地球看上去却相安无事，这虽然让觉得有些难以理解，可当时的亚特兰蒂斯人所有的注意力都在卓金虫族身上，并没有注意到这一点。
很多情况下，一个小小的疏忽就会造成形势逆转。为了不影响地球本身的文明进程，亚特兰蒂斯人选择了一块与世隔绝的大陆，当时只有少量的人类活动的迹象。
在地球上，最后的亚特兰蒂斯人按照记忆中的母星建造了一座城市，并将其命名为亚特兰蒂斯城。在他们的科技理论中，宇宙宇宙的本源被浓缩到了一张小小的太极图上，就凭这这张小小的太极图，亚特兰蒂斯人才最终将卓金虫族赶回了老家，连同卓金星一同抹去。
太极图的作用在亚特兰蒂斯人这里并不是用来驱鬼辟邪，而是为了调动并吸收宇宙中最本源的能量供自己使用。与人类现在正在开发的核能相比，这种能源更加纯净更加稳定，而且取之不尽用之不竭。
经过数千年的努力，亚特兰蒂斯城终于初具规模，人口也开始缓缓的恢复。虽然亚特兰蒂斯人行事非常低调也很小心，可数千年的时间里总有出现在地球人类视线里的时候，由于当年的人类无法理解，因此形成了各种各样的神话、宗教等等，而高高在上的亚特兰蒂斯人则成为了那些人口中的“神”。
卓金虫族被消灭了，可狡兔三窟，狡猾的卓金虫族在它们的邻居家里埋下了一颗定时炸弹。
卓金虫族的足迹踏遍银河系的时候，它们一直在通过各种途径悄悄的将微量的虫族基因藏入人类的体内，就像蚊虫叮咬这种就是最常见的手法。
第一批被植入虫族基因的人类在第四太阳纪末期的时候，形成了一个特有的种族，奎雅维洛族。奎雅维洛人更像是卓金虫族与地球人类的结合体，金字塔式的社会分工，极富侵略性的生物群体本性，感染并控制一切接触到的生命，这一切的一切，除了人类的外表以外，完全就是卓金虫族了。
当亚特兰蒂斯人发现这些被我们人类称之为丧尸的卓金虫族新形态的时候，已经晚了。在地球上生活了数千年之久，他们之中不少人同样遭到了卓金虫族的感染，几乎在一夜之间，亚特兰蒂斯人辛辛苦苦建立起来的家园就几乎毁于一旦，无数人在这场浩劫中丧生。
幸存下来的亚特兰蒂斯人为了彻底解决这一危机，同样也试图寻找如何避免被卓金虫族感染的方案，他们选择了治愈那些被卓金虫族感染的同胞。利用关键基因定位法，地球上所有的奎雅维洛人都被传送并关押在了亚特兰蒂斯城各个不同的建筑里，等待着治愈方案。
经过研究发现，智慧生物转化成奎雅维洛人一分子以后，之前的大脑、小脑、脑干什么的消失不见，取而代之的是前脑、中脑和后脑，而这一改变则意味着之前所有的记忆几乎全部被抹杀，即使通过基因手段将身体恢复到之前的状态，可大脑的损伤却是不可逆转的。
得出这一结论的亚特兰蒂斯人绝望了，之前与卓金虫族的战争已经消耗了他们太多的元气，原以为经过数千年的恢复，他们可以重返家园，从此过上安静祥宁的生活，可是却在最后的时刻几乎被灭族，仅剩的几十个人已经远远没有办法重回飞马座了。
彻底绝望的亚特兰蒂斯人选择了自我毁灭，那些奎雅维洛人之前大多都是自己的同胞，因此要亲手消灭他们，善良的亚特兰蒂斯人怎么也无法下手，最后他们不得不选择了自我毁灭这条路，将整个亚特兰蒂斯大陆沉没，希望能够由时间来消灭这群宇宙中最危险的生物。
因为担心奎雅维洛人死灰复燃，几名志愿者被选了出来，他们通过改变自己的相貌，进入了劫后余生的人类世界。
经过上百年的观察，志愿者们终于在蚊子一类的吸血昆虫身上找到了卓金虫族存在的证据，这一发现让他们不得不放弃了不干涉其他星球文明发展进程的原则，将亚特兰蒂斯最重要的图腾，也是最高科技成果的太极图传授给了人类，希望他们能够在下一次奎雅维洛人回归的时候，不至于输得太快太惨。
随着时间的流逝，虽然亚特兰蒂斯人有着上千年的寿命，可随着最后一名志愿者的离世，奎雅维洛人的反攻仍旧没有出现，放心不下的志愿者再次做出了逆天的举动，在临死之前将自己的思维全部转移到了掌控整个亚特兰蒂斯城的主机当中，以另外一种形式继续着他的使命。
