且说宋友亮大军一路势如劈竹之时，在遥远的云南发生了一件大事。
云南在整个明朝统治时期，管理体制和内地各省有很大的区别。除了在云南设立了都指挥使司、布政使司、按察司，后来又设立了巡抚以外，由于这一地区土司众多，自洪武年间起沐英（封西平侯，其次子晋爵为黔国公）世代镇守该地。沐氏家族不仅掌握了很大的兵权，在政治上和经济上也具有举足轻重的地位。换句话说，云南在明代处于世袭勋臣和地方流官的双重管辖之下，两者既互相配合，又常出现纠葛。1644—1645年，中华大地风云陡变，特别是张献忠部入川建立大西政权以后，黔国公沐天波同巡抚吴兆元、巡按吴文瀛会商征调汉族和土司军队，以防止大西军入滇，并准备接受南明朝廷的调遣。1645年九月，武定土司吾必奎趁机发动叛乱，声言：“已无朱皇帝，何有沐国公。”叛军先后攻下大姚、定远、姚安，全滇震动。沐天波等人急忙下令调集石屏土司龙在田、嶍峨土司王扬祖、蒙自土司沙定洲、宁州土司禄永命、景东土司刁勋等部，于九月间一举击败叛军，吾必奎及其党羽都被活捉。
沙定洲原是王弄土司沙源的儿子，阿迷州土司普名声死后，后，万彩云事实上就成了临安女土司，称霸一方。万彩云密令家丁专门劫掠外地男子，关押在密室里，晚上给自己充当面首。密室里总关着三四十个备用，有时一夜就得两三个方能过癮。要是不肯应承的，则必死无疑。有一个男子男具甚伟，万彩云极其爱惜，大多时候由那男子陪寝。儿子普服远不知听了谁的挑唆？说父亲是万彩云所害，万彩云只是他的养母，生母也因万彩云而死，这个十五岁的少年总想找机会报此大仇。有一回万彩云与面首折腾了一夜，万出去解手，回来就见面首被杀死在了床上，连那个男具也被割了去扔了喂狗。万彩云不由得嚎哭起来，伤心不已。明知道此事是普服远所为，却拿他没有办法。
从那以后，很长时间万彩云都闷闷不乐。有道是女人是三十如狼，四十如虎，万彩云比狼虎更贪，非要再寻到一个伟男子不可。老天开眼，把王弄官的二儿子沙定洲送到了她的怀里，这才使万彩云终于找到了自己的真正所爱。沙定洲是强奸了父妾被赶了出来饿倒在地，被万彩云所救。二人男贪女爱，各有所需，几乎一日也难以分开。沙定洲在交合时一定身旁有那么一个美女为伴，方能畅情尽意。万彩云对沙定洲是百依百顺，反正其金枪不倒，再搭上个婢女对自己也没什么损失。就这样，沙定洲逐步变成了临安土司真正的主子，万彩云倒是专宠夫人了。
谁知儿子普服远人小胆大，正在三人兴高采烈之时，拿刀冲了进来，大骂奸夫**等言语挥刀乱砍。沙定洲夺过刀来将普服远一刀杀死，同时将那婢女也杀死，埋在了无人之处，对外扬言服远拐带婢女逃出了大山。土司本无法律，谁来过问这些闲事？就这么沙定洲成了临安正式的主宰。其妻万氏改嫁沙定洲，两土司合而为一，势力大增，以临安府生员汤嘉宾（万氏的妹夫）为谋主，暗中筹划利用沐府同云南巡抚和三司官之间的矛盾、各土司的向背不一，发动一场夺取云南权力的政变。
于是，沙定洲夫妇统率的土司军在吾必奎叛乱已经平息后，仍滞留于省会昆明。沐天波因定洲之父沙源一贯表现忠贞，不疑有他，在黔国公府内多次设宴招待。沐府二百多年积累的财富使定洲垂涎欲滴，昆明守备力量单薄、汉族统治集团内部的摩擦，更使他感到有可乘之机。1645年十二月初一日，沙定洲部署已定，以告辞为名，亲自率领士卒攻入黔国公府，同时分派部众占领省城各门。由于变生意外，沐天波来不及组织有效的抵抗，在几名心腹卫士保护下带着官印、世袭铁券等物逃往西宁，途中由龙在田、禄永命保护来到楚雄，这里有金沧兵备道杨畏知镇守，才暂时安顿下来。沐天波的母亲陈氏和妻子焦氏未能随行，仓卒中逃入尼庵自尽。
沙定洲占领昆明以后，自称“总府”，“总府”是明黔国公世爵的一般称呼，这表明他已经企图取代沐天波的地位。其妻万氏称主母。“并舆出入，遍谒缙绅。滇中豪右投为谋划者甚众”。沙定洲派兵追拿沐天波，在楚雄被杨畏知集结的军队击败。他在西进失利之后，发兵收取云南各地，在不长时间里除了杨畏知、沐天波控制下的楚雄以西地区外，都归附了沙氏。沙定洲轻而易举地攫得了沐府累世蓄积的财富。沙定洲虽然发了一大笔横财，但他并不满足于此，取代黔国公世镇云南的合法地位才是他的主要目的。因此，沙定洲在策略上尽量争取明朝廷任命的云南官员和在籍的汉族官绅，他不仅下令凡是愿意接受自己指挥的各府县汉族流官一律留任，而且胁迫或伪造云南巡抚吴兆元、在籍大学士禄丰人王锡衮给隆武朝廷上疏，说：“天波反，定洲讨平之，宜以代镇云南。”
由于当时的政治局势动荡不宁，道路僻远，在南京的弘光对云南发生的事变弄不清楚，仅仅凭借吴兆元等人署名铃印的奏疏和某些传闻，就发出了“扫除沐天波”的谕旨。
沙定洲叛乱之后，吴兆元和巡按罗国献以及三司官已经没有实权。沙定洲则正在逐步巩固自己的地位，致力于扫灭继续在楚雄以西抗拒的杨畏知和沐天波征集的其他土司势力了。如果他的图谋得逞，势必成为割据自雄的云南王，暂时利用的汉族官绅将被逐步排挤掉，云南同中央朝廷的离心倾向将越来越明显，甚至将云南彻底分裂出去
沐天波哪里肯就此罢休？找来石屏土司龙在田商议对策，龙在田便想出了借刀杀人的办法——邀请大西军入云南
龙在田想出这个办法也不是无中生有的，虽然大西军的骨干多是陕西人，他们虽然长期流动作战于长江南北，还有一段经营四川的经验，可是云南在当时被看成是僻远烟瘴之地，没有对该地的基本了解不可能贸然进兵。早在崇祯十一年和十二年（1638—1639）张献忠受抚于湖北谷城期间，他和部下主要将领同从云南调来的官军就建立过相当密切的关系。当时，奉明朝廷调遣到湖广的总兵就是云南石屏土司龙在田。张献忠出于策略考虑，曾经拜龙在田为义父，并且从他那里得到了马匹、兵器和粮食。张献忠军同云南土司兵将的过从甚密，甚至在湖北荆州人士中引起不安，“谣言滇兵通贼”。这些材料表明，包括孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇在内的大西军高级将领同云南土司龙在田等人是老相识，在湖广时虽然未必会想到后来取云南为基地，但平时言谈笑语中势必对云南各方面的情况有较多的了解。当他们率部来到比较贫瘠的贵州时获悉云南被沙定洲叛军占领，立即决定进军云南，就不是偶然的事了。
孙可望等率部入滇时，为了减少进军的阻力，事先派出间谍前往云南，利用汉族官绅、部分土司对沙定洲的不满情绪和黔国公在云南长期享有的威望，散布假情报说行将入滇的大西军是沐天波妻子焦氏家族的武装，来云南为沐氏复仇。这一策略果然收到明显效果，“云贵人民深信，一路俱如此传播，故贼兵所至，悉开门降。长驱而来，全无梗阻。
大西军占领平彝（今富源县），进入云南省境。攻克交水；次日移兵曲靖，歼灭沙定洲所设守军五百名，俘获明云南巡按御史罗国献。为了迷惑沙定洲，孙可望等占领曲靖后，不是向西进攻省会昆明，而是南下直趋阿迷州（今开远），在蛇花口击败沙定洲援军一千名。沙定洲见兵力不敌，又误认大西军确系焦氏家族所召援兵方能熟知地理先攻其老家，就在四月十八日主动放弃昆明，逃回蒙自故里佴革龙。行前命部将杜其飞把软禁于贡院的明大学士王锡衮杀害。留在昆明城内的明朝巡抚吴兆元等人终于弄明白了入滇的并不是什么焦家救兵，而是大西军，然而他们手头无兵，只有听任绅民投降。四月下旬，大西军经宜良顺利地进入昆明。“二十四日，孙、李诸军入城，秋毫无犯”
大西军进入昆明以后，经营云南面临许多复杂情况，需要加强核心领导。五月，孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇“以事权不一，推孙可望为帅”。孙可望以“盟主”的身分不失时机地部署兵力平定云南各处叛（即依附沙定洲的势力）、顽（指效忠于明黔国公沐天波和杨畏知的势力）集团。
李定国带领一支精兵于五月十九日抵达沙定洲重点防御的临安府
刘文秀统兵由昆明北上，经富民收取武定州、和曲、禄劝等地，然后向西推进，占领鹤庆、丽江、剑川，平定了滇西北地区
孙可望在八月间亲自领兵经禄丰进攻杨畏知、沐天波据守的楚雄、大理等滇西地区。
