周树人到仙台医学专门学校学习医学，是出于一种尊重生命和爱护生命的宏愿，希望在学成之后能够博施于众。可是，一件意外的事情极强烈地刺激了他，使他毅然决定告别仙台放弃医学。
在霉菌学课堂上，中川教授给学生们讲课，常常利用影片演示细菌的形状和结构。一天，在一节课的内容讲完之后，还没到下课时间，于是，他便给学生们加放一段时事片。时值日俄战争刚刚结束，他便放一部日本战胜俄国的片子。然而，这次影片上却出现了中国人。影片中，一个中国人给俄国人做侦探，被日本军捕获绑赴刑场，要枪毙了，一群中国人走过来围观。这些围观的中国人神情麻木，对同胞遇害竟然无动于衷。
“万岁！”日本学生们都鼓掌欢呼起来。
这种欢呼，每看一部片子都是有的，但是今天，周树人听来，这一声欢呼特别刺耳，就像一支箭刺入他的心！这时，那个写匿名信的学生会干事趁机讥讽道：“只要看看中国人这副样子，哪有不亡国的道理！”在这间令人窒息的教室里再也呆不下去了，周树人怀着满腔痛苦、悲愤与怒火走出了教室。
几天来，周树人坐卧不安，那一幕令人痛心的画面不断出现在他的脑海中，那一声刺人心肺的欢呼声不停地响在他的耳畔。这一次，他的思想受到极大的震动，民族自尊心受到极大的挫伤。他反反复复思考着一个问题：怎样才能拯救自己的祖国，怎样才能改变中国人的愚昧麻木？“日本爱国学生”的歧视，中国同胞的被残杀和麻木，这一系列的残酷现实，使他深深地感到医学只能救治人们的身体，而救治不了人们的精神；要拯救自己的祖国，首先要救治人们的精神，唤醒沉睡麻木的人们。因此，医学救国的道路不通，周树人决定弃医从文，以文艺为武器唤醒中国人民拯救自己的祖国。这是他思想上的一次飞跃，也是他人生的一次重要转折。
到第二学年的终结，周树人找到藤野先生，告诉先生自己决定不再学医，将要离开仙台医学专门学校。藤野先生听了，脸上呈现出悲哀的表情，似乎想说什么，却又没说出来。
“我想去学生物学，先生教给我的学问，还是有用的。”周树人看到先生有些凄然，便说了一个安慰他的谎话，其实并没有决意要学生物学。
“为医学而教的解剖学之类，怕于生物学也没有什么大帮助。”先生叹息说。
周树人要离开仙台了。临行前，藤野先生请他到自己家里，送给他一张自己的照片，在照片背面写了两个字“惜别”。先生希望他也送一张照片，可惜当时他没有照片。先生便嘱咐他将来照了照片寄来，并要常写信谈谈日后的情况。
周树人从此与医学告辞了。周树人离开了藤野先生，但是，藤野先生给他改正过的那些讲义，他把它们订成三个厚本收藏着，本打算作为永久的纪念，不幸在一次迁居时一个书箱毁坏，那些讲义连同半箱书都遗失了，责成运送局去找寻杳无音信。但那张藤野先生“惜别”的照片，一直挂在周树人的书桌对面的墙上。后来，在同反动派激烈斗争的日子里，“只有他（藤野先生）的照相至今还挂在我北京寓居的东墙上，书桌对面。每当夜间疲倦，正想偷懒时，仰面在灯光中瞥见他黑瘦的面貌，似乎正要说出抑扬顿挫的话来，便使我忽又良心发现，而且增加勇气了，于是点上一枝烟，再继续写些为‘正人君子’之流所深恶痛疾的文字。”（《藤野先生》）这是后话。
清光绪三十二年五月（1906年6月），周树人从仙台回到了东京。他走出车站，乘车直奔东京高等师范学校，找他的好友许寿裳。
“寿裳，我退学了！”周树人像宣告一项重要消息似的说。
“什么？你退学了？”许寿裳惊诧地看着周树人，怀疑自己是不是听错了。
“是的，再不要学什么医学了！”
“为什么？医学，你不是学得很有兴趣吗？为什么要放弃呢？”
“是的，放弃医学，再不要学它了！”周树人将仙台医学专门学校的匿名信事件、影片事件等等前前后后发生的事情一口气讲完，并把自己打算通过文艺医治人们的心灵、唤醒沉睡麻木的人们的计划和盘托出。
许寿裳对好友深深理解，对他的计划表示完全赞同，当即安排他在自己的公寓里住下。
几天后，周树人找到本乡区汤岛二丁目的“伏见馆”公寓，在公寓的楼上租了一间房子搬进去。他决定不再正式进学校，一心考虑如何开始自己的文艺事业。首先，他打算先学好外国文，通过翻译介绍外国的现代作品，来唤醒中国人民去争取独立与自由。他把学籍加入“独逸语学协会”，以便继续享受官费，同时，他在这个协会所设立的德文学校学习德语，但平常多是自修，搜集和购买德文的新旧书报，在公寓里借助字典自己阅读。
在东京，南江堂是一家专卖德文书的书店，丸善书店也卖一些德文书，但那都是一些专门供大学师生用的哲学和医学的书，德文的文学新书现成的就更少了。周树人需要的是那些和中国一样的受欺侮求自由的民族文学（五四运动之后称为“弱小民族的文学”），如芬兰、波兰、捷克、匈牙利、保加利亚、塞尔维亚等正在殖民主义下挣扎着的民族，还有俄国虽说是独立国家，但这个国家的人民正在发动革命争取自由，这些国家的文学都是周树人准备翻译介绍的。周树人学习德文，后来又学习俄文，不过是把外文作为“敲门砖”去敲开那些求自由民族的文学之门。只可惜材料实在是难得，因为这些民族的文学作品译本非常少，德文译本还有一些，但在东京也是难买得到的，可能是东京的书店觉得没有销路而不愿意进货吧。周树人只好托熟人一本本地向丸善书店定购，等待两三个月之后才能远远地从欧洲寄来。他还常去旧书报摊，买来德文文学的旧杂志，从杂志上的出版消息去寻求需要的书。一次，他从旧书摊上买到一本瑞克阑姆文库小书，是匈牙利爱国诗人裴多菲的小说《绞吏的绳索》，他就像得到了一件宝贝似的爱不释手，非常高兴。这本书装订铁丝已经锈烂，书页也已经散了，但他却一直精心地保存着。他还得到一本描写菲律宾革命家列札尔的小说《社会的疮》，也是很珍重的，还想找一本英文译本来对照着翻译之。
周树人这次告别仙台来到东京，目的在于开展他的文艺事业，因此，生活安定下来以后，他便开始着手文艺事业的准备工作。可是，就在这时，突然接到一封紧急家信。信中说他的母亲病了，让他赶快回去。他对母亲感情笃深，见信心急如焚，急忙整理行装，便登上了回故乡的航船。
